| Project/Area Number |
18017011
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
石田 健一郎 University of Tsukuba, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (30282198)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥9,300,000 (Direct Cost: ¥9,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,800,000 (Direct Cost: ¥4,800,000)
Fiscal Year 2006: ¥4,500,000 (Direct Cost: ¥4,500,000)
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| Keywords | ゲノム / 進化 / 細胞内共生 / ヌクレオモルフ / 葉緑体 / クロララクニオン藻 / 二次共生 / オルガラ |
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| Research Abstract |
新規クロララクニオン藻のヌクレオモルフ(Nm)ゲノムサイズの推定:昨年度1.OMb程度のNmゲノムを持つことが予測された新規クロララクニオン藻RCC365株(新属新種として論文発表予定)にっいて、より正確な染色体サイズ推定を行なった。パルスフィールドゲル電気泳動条件の最適化を行なうことにより各染色体DNAの分解能を向上させ、Nmのテロメア配列をプローブとしてサザンハイブリダイゼーションを行なった。その結果、染色体数は3本であり、各染色体DNAのサイズはおよそ443.9kb、333.2kb、281.6kbで、全部で約1.058Mbのサイズであった。これは既知のNmゲノムサイズの2〜3倍で、クロララクニオン藻のNmゲノムの進化を理解する上で重要な発見である。また、昨年度行なったクロララクニオン藻群内のNmゲノムサイズの多様性に関するデータは、カナダ・ダルハウジー大学のArchibald博士と共同で論文にまとめ、国際誌Journal of Eukaryotic Microbiologyに掲載された。
クロララクニオン藻2種(L. vacuolata, L. amoebiformis)のヌクレオモルフゲノム全配列の決定:これまでに調査された中で最も小さなヌクレオモルフゲノム(約330Kb)を持つL. amoebiformisについて、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製した。それを本領域の支援班へ送付し、ドラフト配列として、886,639bp、(552断片)を得た。現在、さらなるアッセンブルを進めており、これまでに全断片数を93(うち主要断片は12本)まで減少させた。このうち23本(305,958bp)はおそらくヌクレオモルフDNAの断片であり、4本がミトコンドリア、3本が葉緑体DNAであると思われ、残る63本が由来不明の断片となっている。今後はヌクレオモルフ由来の23本に焦点を当て、完全配列の取得に努めるとともに、B. natansの既知のゲノム配列との比較を行なう予定である。また、L. vacuolataについては、パルスフィールドゲル電気泳動により分離されたヌクレオモルフ染色体DNAをゲルより精製し、支援班によりドラフト配列の決定がほぼ終了した。
Paulinella chromatophoraのEST解析:Paulinella chromatophoraの培養株より純度の高い全RNAの抽出法を検討し、最終的に2μgの高純度のRNAを得た。民間の受託サービスによりcDNAライブラリーの作成と3,500EST配列の取得を完了した。
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