大規模全ゲノム関連解析によるアトピー性喘息疾患遺伝子の探索

• Project/Area Number: 18018003
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 野口 恵美子 University of Tsukuba, 大学院・人間総合科学研究科, 講師 (40344882)
• Project Period (FY): 2006 – 2007
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2007)
• Budget Amount: ¥8,500,000 (Direct Cost: ¥8,500,000); Fiscal Year 2007: ¥4,300,000 (Direct Cost: ¥4,300,000); Fiscal Year 2006: ¥4,200,000 (Direct Cost: ¥4,200,000)
• Keywords: 喘息 / 全ゲノム関連解析

Research Abstract

本研究では一塩基置換多型(SNP)よる喘息全ゲノム関連解析の結果から陽性となったSNP(一次解析)をさらに家系およびケースコントロールのサンプルを用いて関連解析(二次解析、三次解析)を行うことにより疾患感受性遺伝子を探索することを目的とする。本年度は気管支喘息のSNPの全ゲノム解析により気管支喘息発症と関連するSNPとして同定されたPEX19-1073C/A(rs2820421)の機能解析実験およびin silico analysisを行った。疾患との関連が認められたrs2820421は50kbにまたがる大きな連鎖不平衡ブロックの中にありこのブロック内には4遺伝子が存在する。SNP発現解析ソフトウェアであるmRNA by SNPソフトウェアによるin silico analysisではrs2820421はWDR42R およびPEX19遺伝子の発現を調節しているという結果が示唆された。ルシフェラーゼアッセイによる転写解析ではrs2820421のCアレルの転写活性はAアレルと比較して有意に高く、さらにゲルシフトアッセイでは、Aアレルを含むオリゴヌクレオチドはCアレルを含むものよりも結合能が高いことが観察された。以上の結果から、rs2820421領域になんらかの転写因子が結合し、下流の遺伝子発現を調節することにより喘息の疾患感受性に関わっている可能性が示唆された(Fujimotoら、論文投稿中)。

Research Products

• [Journal Article] Genetic polymorphism regulating ORM1-like 3 (Saccharomyces cerevisiae) expression is associated with childhood atopic asthma in a Japanese population (2008)
  • Author(s): Hirota T, Harada M, Sakashita M, Doi S, Miyatake A, Fujita K, Enomoto T, Ebisawa M, Yoshihara S, Noguchi E, et. al.
  • Journal Title: J Allergy Clin Immunol 121 Pages: 769-770
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Alpha-1-antitrypsin and complement component C7 are involved in asthma exacerbation. (2008)
  • Author(s): Nishioka T, Uchida K, Meno K, Ishii T, Aoki T, Imada Y, Makino Y, Hirata K, Matsumoto Y, Arinami T, Noguchi E
  • Journal Title: Proteomics Clin Appl 2 Pages: 46-54
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Single nucleotide polymorphism-based genome-wide linkage analysis in Japanese atopic dermatitis families (2007)
  • Author(s): Enomoto H, Noguchi E, Iijima S, Takahashi T, Hayakawa K, Ito M, Kano T, Aoki T, Suzuki Y, Koga M, Noguchi E
  • Journal Title: BMC Dermatology 7 Pages: 5-8
  • NAID: 120007138747
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 喘息の薬理遺伝学 (2007)
  • Author(s): 野口恵美子
  • Journal Title: International Review of Asthma 9 Pages: 56-65
• [Journal Article] アレルギー疾患の遺伝要因 (2007)
  • Author(s): 野口恵美子
  • Journal Title: 日本小児アレルギー学会雑誌 21 Pages: 69-74
  • NAID: 10024133293
• [Journal Article] Determination of structure and transcriptional regulation of CYSLTR1 and an association study with asthma and rhinitis (2006)
  • Author(s): Zhang J, Migita O, Koga M, Shibasaki M, Arinami T, Noguchi E
  • Journal Title: Pediatr Allergy Immunol 17 Pages: 242-249
• [Journal Article] ADAM33 polymorphisms are associated with asthma susceptibility in a Japanese population. (2006)
  • Author(s): Noguchi E, Ohtsuki Y, Tokunaga K, Yamaoka-Sageshima M, Ichikawa K, Aoki T, Shibasaki M, Arinami T
  • Journal Title: Clin Exp Allergy 36 Pages: 602-608
• [Journal Article] Failure to find an association between CD14-159C/T polymorphism and asthma : a family-based association test and meta-analysis (2006)
  • Author(s): Nishimura F, Shibasaki M, Ichikawa K, Arinami T, Noguchi E
  • Journal Title: Allergol Int 55 Pages: 55-58
  • NAID: 10020557549
• [Journal Article] Monoallelic and unequal allelic expression of the HTR2A gene in human brain and peripheral lymphocytes. (2006)
  • Author(s): Fukuda Y, Koga M, Arai M, Noguchi E, Ohtsuki T, Horiuchi Y, Ishiguro H, Niizato K, Iritani S, Itokawa M, Arinami T
  • Journal Title: Biol Psychiatry 60 Pages: 1331-1335
• [Journal Article] An association between asthma and TNF-308G/A polymorphism : meta-analysis (2006)
  • Author(s): Aoki T, Hirota T, Tamari M, Ichikawa K, Takeda K, Arinami T, Shibasaki M, Noguchi E
  • Journal Title: J Hum Genet 51 Pages: 677-685
  • NAID: 10019285915
• [Presentation] アレルギー疾患の遺伝子配列解析研究の進歩と現状 (2007)
  • Author(s): 野口恵美子
  • Organizer: 第44回日本小児アレルギー学会総会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2007-12-08
• [Presentation] 全ゲノム関連解析による気管支喘息疾患感受性遺伝子の同定 (2007)
  • Author(s): 藤本正弥・野口恵美子, ら
  • Organizer: 第57回日本アレルギー学会秋季学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-11-02
• [Presentation] 網羅的遺伝子発現解析による喘息関連遺伝子の同定 (2007)
  • Author(s): 青木健・野口恵美子, ら
  • Organizer: 第57回H本アレルギー一学会秋季学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-11-01