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ヒトゲノム解析から発見した注目すべき8個の新規遺伝子の機能解析と医療への応用

Research Project

Project/Area Number 18018037
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

清水 信義  Keio University, 医学部, 名誉教授 (50162706)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 塩濱 愛子  慶應義塾大学, 医学部, 助教 (40383731)
清水 厚志  慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30327655)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥9,300,000 (Direct Cost: ¥9,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,700,000 (Direct Cost: ¥4,700,000)
Fiscal Year 2006: ¥4,600,000 (Direct Cost: ¥4,600,000)
Keywordsゲノム / 遺伝子 / タンパク質 / 発生・分化 / 医療 / ヒトゲノム / 比較ゲノム解析 / 遺伝子疾患 / ディジョージ症候群 / コーエン症侯群 / 多発性嚢胞腎 / 家族性てんかん
Research Abstract

本研究では、永年のヒトゲノム解読から研究代表者らが発見した約300個の新規遺伝子の中から、特に興味深い疾患原因および疾患関連遺伝子8個(DGCR8、SGSM1、ZNF295、CSMD3、FFER1L6、PKHDIL1、DSCR4、VPS13B)を選抜し、比較ゲノム解析/トランスクリプトーム解析/プロテオーム解析/フェノーム解析に渡る総合的なアプローチを駆使して解析を行った。
DiGeorge症候群の原因遺伝子の一つとして我々が提唱してきたDGCR8に関しては。タンパクの強制発現と免疫染色の結果から、DGCR8がRNA干渉においてmiRNA形成過程で重要な役割を果たすというモデルを提唱した(Shiohama, A., et. al. Exp Cell Res.(2007))。
脳で強い発現を示すSGSMlについては、SGSMファミリーがいずれも脳で強い発現を示すこと、免疫沈降法の結果からRAPサブファミリーの全てとRAPIDモチーフを介して、RABサブファミリーの幾つかとTBCモチーフを介して結合することを明らかにした(Yang, H., et. al. Genomics.(2007))。
ZNF295は転写抑制因子であるが、ドーパミントランスポーター遺伝子の転写活性因子ZFP161と結合してその転写を抑制することを見出した。さらに、メダカのオルソログのノックダウン解析を行なったところ、脳全体の縮小と脳室の拡大が観察された。
ヒト胎盤にのみ検出されるDSCR4については、欠失変異体を用いたプロモーター活性を測定し、nt-800付近で著しい活性の上昇と抑制を示す塩基配列を見出した(Asai, S., et. al. Biochim Biophys Acta.(2008))。
その他3つの遺伝子に関しても進化上重要となる数種のゲノムを用いた比較ゲノム解析、ヒト・メダカを用いた発現解析、ノックダウン解析を行った。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2008 2007 2006

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Analysis of the promoter region of human placenta-specific DSCR4 gene.2008

    • Author(s)
      Asai S.
    • Journal Title

      Biocbim.Biophys Acta 1779

      Pages: 40-50

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of three novel proteins (SGSMl, 2, 3) which modulate small G protein (RAP and RAB) - mediated signaling pathway.2007

    • Author(s)
      Yang H.
    • Journal Title

      Genomics 90

      Pages: 249-260

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleolar localization of DGCR8 and identification of eleven DGCR8-associated proteins.2007

    • Author(s)
      Shiohama A.
    • Journal Title

      Exp. Cell Res. 313

      Pages: 4196-4207

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionary conservation of a unique amino acid sequence in human DICER protein essential for binding to Argonaute family proteins.2007

    • Author(s)
      Sasaki T.
    • Journal Title

      Gene 396

      Pages: 312-320

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutation View/ KMcancerDB: a database for cancer gene mutations.2007

    • Author(s)
      Shimizu N.
    • Journal Title

      Cancer Sci. 98

      Pages: 259-267

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MutationView/KMcancerDB : a database for cancer gene mutations2007

    • Author(s)
      Shimizu, N., et al.
    • Journal Title

      Cancer Sci 98

      Pages: 259-267

    • NAID

      10019481086

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Comparative Genomics of Medaka and Fugu2006

    • Author(s)
      Shimizu, N., et al.
    • Journal Title

      Comparative Biochem. & Physiol D1

      Pages: 6-12

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] The DNA Sequence of Medaka Chromosome LG222006

    • Author(s)
      Sasaki, T., et al.
    • Journal Title

      Genomics 89

      Pages: 124-133

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] miRNA生成に関与するDGCR8タンパクの新たな機能2007

    • Author(s)
      塩濱 愛子
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-12
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] RAP およびRAB ファミリーG タンパクと相互作用する新規タンパクSGSMファミリーの性状解析2007

    • Author(s)
      楊 浩
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-11
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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