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RNPによる人工遺伝子ネットワークの試験管内進化

Research Project

Project/Area Number 18048027
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

齊藤 博英  Kyoto University, 生命科学研究科, 助教 (20423014)

Project Period (FY) 2006 – 2008
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥11,300,000 (Direct Cost: ¥11,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥5,800,000 (Direct Cost: ¥5,800,000)
Fiscal Year 2006: ¥5,500,000 (Direct Cost: ¥5,500,000)
KeywordsRNP / 試験管内進化 / 合成生物学 / ナノバイオロジー / 分子設計 / 生命の起源 / RNA / 翻訳 / シンセティックバイオロジー / 人工蛋白質 / 進化分子工学 / 人工細胞
Research Abstract

生命の起源において、核酸や蛋白質などの化学物質から、進化する生命システムがいかにして誕生したのかという問題の解決は、生命科学が目指す大きな目標の一つである。機能性核酸や蛋白質を人工的につくることは可能になりつつある。しかしながら現在、生体分子複合体や、それらの相互作用が形成する人工遺伝子発現制御システムを構築する必要性が高まっている。本研究では、RNA-蛋白質複合体(RNP)を利用した人工分子のデザインや試験管内進化、またそれら人工分子を活用した新規翻訳制御システムの構築を目的とする。本年度は、コンピュータモデルによるRNA分子設計法と試験管内進化法を融合した独自の技術、「分子デザイン・セレクション法」を開発し、論文として発表した(Shiohara et al ; Nucleic Acids Research,2009)。さらに、古細菌に存在するリボソーム蛋白質と、それに特異的に相互作用するRNAモチーフを利用して、新たなRNP型人工分子のデザイン、及び人工リボスイッチの構築をおこなった。具体的には、一辺が10nmのRNPから構成される三角形状のナノ構造体を分子設計し、実際にその構造体形成を原子間力顕微鏡(AFM)により観察することに成功した。これは、ナノスケール構造体の設計・構築にRNPを用い、タンパク質によりRNAの構造を人工的に制御できるという結果を直接観察することに成功した、世界で初めての例である。分子設計におけるRNPの有効性をさらに示すため、より複雑なRNP構造体の設計・構築を現在進めている。また同様のRNPモチーフを活用して、目的遺伝子の翻訳をON/OFF制御するシステムを試験管内で再構築することに成功した。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2009 2008 2007 2006 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (5 results) Book (2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (7 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Journal Article] Synthetic biology with RNA motifs2009

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tan Inoue
    • Journal Title

      The International Journal of Biochemistry & Cell Biology 41

      Pages: 398-404

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      2007 Annual Research Report
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  • [Journal Article] A designed RNA selection : establishment of a stable complex between a target and selectant RNA via two2009

    • Author(s)
      Tomoaki Shiohara, Hirohide Saito, Tan Inoue
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 37

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Motif-programmed artificial protein induces apoptosis in several cancer cells by disrupting mitochondria2008

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tamiko Minamisawa, Takao Yamori, Kiyotaka Shiba
    • Journal Title

      Cancer Science 99

      Pages: 398-406

    • NAID

      10024002827

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA and RNP as new molecular parts in synthetic biology2007

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tan Inoue
    • Journal Title

      Journal of Biotechnology 132

      Pages: 1-7

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  • [Journal Article] Motif programming : a microgene-based method for creating synthetic proteins containing multiple functional motifs2007

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tamiko Minamisawa, Kiyotaka Shiba
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 35

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The role of peptide motifs in the evolution of a protein network2007

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Shunichi Kashida, Tan Inoue, Kiyotaka
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 35

      Pages: 6357-6366

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  • [Journal Article] Motif programming : A microgene-based method for creating synthetic proteins containing multiple functional motifs2007

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tamiko Minamisawa, Kiyotaka Shiba
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 35・6

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      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] A synthetic approach for protein evolution and cell engineering2006

    • Author(s)
      Hirohide Saito, Tan Inoue, Kiyotaka Shiba
    • Journal Title

      IEEE Micro-NanoMechatronics and Human Science, 2006 International Symposium on 10・1109

      Pages: 320321-320321

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  • [Journal Article] 合成生物学の医療展開2006

    • Author(s)
      齊藤 博英, 芝 清隆
    • Journal Title

      Bionics 3・3

      Pages: 40-45

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  • [Journal Article] モチーフ・プログラミング~複数種マイクロ遺伝子のコンビナトリアル重合から機能性人工タンパク質を創る~2006

    • Author(s)
      齊藤 博英
    • Journal Title

      バイオテクノロジージャーナル 6・2

      Pages: 193-196

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  • [Presentation] RNP-based nanostructures and translational regulatory switches in vitro2008

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory meeting : Engineering Principles in Biological Systems
    • Place of Presentation
      コールドスプリングハーバーLab、アメリカ合衆国
    • Year and Date
      2008-12-12
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  • [Presentation] RNA-タンパク質相互作用モチーフを用いたナノスケール構造体の分子設計および構築2008

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      大野 博久
    • Organizer
      BMB2008
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2008-12-09
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  • [Presentation] Synthetic Translational Regulation with RNP Motifs2008

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      First International Frontiers in Synthetic Biology -2008- Meeting on Synthetic Biology : Engineering Genes, Genomes & Cells for Drug Discovery
    • Place of Presentation
      ハーバード大学、アメリカ合衆国、ボストン
    • Year and Date
      2008-12-02
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  • [Presentation] Synthetic Biology with RNA Motifs2008

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      The First Annual Meeting of the Japanese Society for Researchers on Cell Synthesis (細胞を創る研究会1.0)
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2008-10-17
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  • [Presentation] RNP相互作用モチーフを活用したシンセティック・バイオロジー2008

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      第10回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
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      2007 Annual Research Report
  • [Book] ゲノム中に潜むRNA機能構造モチーフ2009

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      細胞工学,秀潤社
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  • [Book] ナノブロックとしてのRNA分子、バイオナノプロセス2008

    • Author(s)
      齊藤博英, 井上丹
    • Total Pages
      10
    • Publisher
      シーエムシー出版
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/seika/

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      2007 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 機能性RNA-蛋白質複合体の分子デザイン2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 倉光 祥平, 菊田 雅之, 井上 丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-11-21
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      2007 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNPモチーフを利用した、蛋白質応答型shRNA/RNAi制御システムの構築2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 樫田俊一, 林香倫, 井上 丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-12-09
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      2007 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNPナノ構造体の作成法2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 大野 博久, 井上 丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-07-22
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  • [Patent(Industrial Property Rights)] 低分子RNAによる細胞または人工細胞モデルでの翻訳制御システム2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 加藤祐章, 吉川研一, 山田彩子, 山中透, 井上丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-11-21
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      2007 Annual Research Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNP翻訳制御システムの作成法2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 小林哲大, 原知明, 井上 丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-11-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNP翻訳制御システムの作成法2008

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 小林哲大, 原知明, 井上 丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2008-07-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 低分子RNAによる細胞または人工細胞モデルでの翻訳制御システム2007

    • Inventor(s)
      齊藤 博英, 加藤祐章, 吉川研一, 山田彩子, 山中透, 井上丹
    • Industrial Property Rights Holder
      JST
    • Filing Date
      2007-11-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

URL: 

Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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