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異分野科学データベースからの大量情報統合技術の開発

Research Project

Project/Area Number 18049053
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

松田 秀雄  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 教授 (50183950)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 竹中 要一  大阪大学, 大学院情報科学研究科, 助教授 (00324830)
Project Period (FY) 2006
Project Status Completed (Fiscal Year 2006)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Keywordsデータグリッド / 情報検索 / 情報システム / 大規模ファイルシステム / 異種データベース
Research Abstract

いくつかの科学の分野で、データの激烈な増大と多様化により、その解析に極めて多くの計算時間や記憶領域などの資源が費やされていることから、本研究では、データの急激な増大に耐えうるスケーラブルなデータ処理基盤を構築することを目的として、広域に分散した多数のデータ資源を一箇所にデータを転送して集約するのではなく、そのままの位置において仮想的に統合された共有ファイルシステムとしてまとめることで、アクセスできる方式を開発した。本方式では、ファイルはグリッド上でグローバルな名前での管理が可能なファイルシステムに格納している。
さらに、データアクセスのパターンに応じて、複数のデータベースにまたがるワークフローを作成し、ワークフローをもとにデータ解析を行うことで、従来のWeb上でのデータベース検索インターフェースでは困難だった、多数のデータベースにまたがるデータアクセスのワークフローをベースとした、データ解析処理の方式を開発した。
データベース間の、データの表現形式や用語の違いなどは、個別のデータベースごとにデータの持つ意味情報を格納したメタデータで管理し、このメタデータにより複数のデータベースにまたがる半自動的なデータの関連付けを行った。
以上の方式に基づくシステムを開発し、公開されているWebサービスを使って実際に情報統合を行ったところ、特に大量のデータ転送を必要とするワークフローにおいて、個別にWebサービスを呼び出して結果を集約する従来の方式と比べて、全体のデータ転送量の削減と処理時間の短縮が見られ、本方式の有効性が確認できた。

Report

(1 results)
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2006 Other

All Journal Article (5 results)

  • [Journal Article] 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの応用2006

    • Author(s)
      瀧浩平, 竹中要一, 松田秀雄
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 47・15

      Pages: 118-128

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] A Method for Exploring Tissue-Specific Functions based on Information Content of Gene Ontology Terms using CAGE Tags2006

    • Author(s)
      S.Maekawa, A.Matsumoto, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • Journal Title

      Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Inference of Transcriptional Regulatory Networks using CAGE Transcriptome Dataset of Mus musculus2006

    • Author(s)
      K.Taki, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • Journal Title

      Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering (CD-ROM)

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Extraction of Functionally Similar Bioinformatics Workflows2006

    • Author(s)
      J.Seo, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • Journal Title

      Proceedings of International Workshop on Dstibute Applications, Web Services, Tools and GRID Infrastructures for Bioinformatics 6

      Pages: 70-74

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows using TF-IDF Filtering

    • Author(s)
      J.Seo, S.Seno, Y.Takenaka, H.Matsuda
    • Journal Title

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006595438

    • Related Report
      2006 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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