| Project/Area Number |
18055026
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Biological Sciences
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| Research Institution | Kyushu Institute of Technology |
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Principal Investigator |
皿井 明倫 Kyushu Institute of Technology, 情報工学部, 教授 (20221286)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥7,000,000 (Direct Cost: ¥7,000,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
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| Keywords | 転写因子 / 遺伝子発現制御 / 蛋白質・DNA認識 / ゲノム / 協同性 |
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| Research Abstract |
本年度は以下の項目について解析を行った。
(1)蛋白質・DNA認識の特異性の定量化:蛋白質・DNA複合体の構造データを更新し、蛋白質・DNA認識における直接認識と間接認識に対応する統計ポテンシャルを更新した。また、更新した統計ポテンシャル用いて、直接認識と間接認識の特異性を計算した。
(2)転写因子構造ネットワークの解析:これまでに開発した構造データに基づく分子相互作用ネットワークのデータベース/検索ツール、PDBnet、のデータを更新するとともに、構造中に含まれるドメインの相互作用を解析し、ドメインレベルでのネットワークが解析できるように機能を強化した。また、相互作用領域での構造特性、物理化学的特性、ネットワーク特性の間の関係について解析を行った。
(3)転写因子の協同性の解析:転写因子・DNA複合体構造を解析し、転写因子によるDNA配列認識の協同性が認識の特異性を高め予測精度を上げることがわかった。
(4)酵母ゲノムの転写制御情報のデータベース構築:これまでに開発をすすめてきた酵母の転写制御に関するさまざまな情報を集めたデータベースのデータ更新を行うとともに、転写因子やそのターゲットの予測結果もデータベースに統合した。
(5)転写制御ロジックの解析:プロモータ上での転写因子の既知および予測された結合サイトを解析し、転写因子のコンテクスト(文脈)と遺伝子発現データなどとの比較を行い、転写制御ロジックの解析をすすめる。
(6)転写制御ポータルの整備:転写制御に関係するデータベースや解析ツールのポータルサイトの更新と機能強化を行った。
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Report
(2 results)
Research Products
(21 results)
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[Presentation] 蛋白質・DNA複合体構造の分類2007
Author(s)
Ponraj Prabakaran, Shandar Ahmad, M. Michael Gromiha, Maria G. Singarayan, Akinori Sarai
Organizer
第7回日本蛋白質科学会
Place of Presentation
仙台
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