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立体構造を基にしたヒストン修飾酵素の認識機構の解明

Research Project

Project/Area Number 18055027
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

清水 敏之  Yokohama City University, 国際総合科学研究科, 准教授 (30273858)

Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥7,100,000 (Direct Cost: ¥7,100,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
KeywordsPAD4 / アルギニン / シトルリン / ヒストン / βターン
Research Abstract

PADは,Ca2+依存的にタンパク質中のアルギニン残基を脱イミノ化(シトルリン化)して,シトルリン残基を産出する反応を触媒するタンパク質修飾酵素である。ヒトでは5種類存在するが,その中の一つヒトPADタイプ4(PAD4)は,663アミノ酸残基からなり核内に優先的に局在する。PAD4はヒストン修飾による遺伝子発現の制御,慢性関節リウマチの発症と関連していることが示唆されている。PADは未修飾のアルギニン以外にもモノメチル化アルギニンの脱イミノ化が可能であることが示唆されている。メチル化アルギニンにはモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンなどのメチル化誘導体が存在する。そこで,PAD4がどのメチル化アルギニンを認識するかを明らかにするために,ベンゾイルリグシルモノメチルアルギニン及びベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンとPAD4との複合体結晶を浸漬法で調製してX線結晶構造解析を行を行なった。その結果,ベンゾイルグリシルモノメチルアルギニン電子密度は明瞭に確認できたが,ベンゾイルグリシル(非対称&対称)ジメチルアルギニンの電子密度は確認できなかった。以上の結果から,PAD4はモノメチル化アルギニンは認識するが,(非対称&対称)ジメチル化されたアルギニンは認識しないことが明らかとなった。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2007 2006 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for substrate recognition and dissociation by human transporin 12007

    • Author(s)
      Imasaki, et. al.
    • Journal Title

      Molecular Cell 27

      Pages: 57-67

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Biochemical Characterization of a Cyanobacterium Circadian Clock-modifier Protein2007

    • Author(s)
      Imasaki, et. al.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem 282

      Pages: 1128-1135

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 創薬を指向した関節リウマチ関連遺伝子PAD4の構造科学研究2007

    • Author(s)
      清水
    • Journal Title

      Pharma VISION NEWS 9

      Pages: 21-23

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] X線結晶構造解析?タンパク質の結晶構造解析?2007

    • Author(s)
      清水
    • Journal Title

      実験医学(生命科学のための機器分析実験ハンドブック)

      Pages: 198-202

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] Structural basis for histone N-terminal recognition by human peptidylarginine deiminase 42006

    • Author(s)
      Arita et al.
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci., USA 103

      Pages: 5291-5291

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] A pentatricopeptide repeat protein is a site-recognition factor in chloroplast RNA editing2006

    • Author(s)
      Okuda et al.
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. 281

      Pages: 37661-37661

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] The common phospholipid binding activity of the N-terminal domains of PEX1 and VCP/p972006

    • Author(s)
      Shiozawa et al.
    • Journal Title

      FEBS J. 273

      Pages: 4959-4959

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of transportin 1 in complex with nucleocytoplasmic shuttling and nuclear localization fragments2006

    • Author(s)
      Imasaki et al.
    • Journal Title

      Acta Cryst. F62

      Pages: 785-785

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] シロイヌナズナ由来AtCBL2とAtCIPK14の複合体構造2007

    • Author(s)
      清水, et. al.
    • Organizer
      日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター
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  • [Presentation] The crystal structure of N-terminal domain of plant NADPH oxidase2007

    • Author(s)
      Oda, et. al.
    • Organizer
      The 8th Conference of the Aisian Crystallographic Association
    • Place of Presentation
      Howard International House(Taipei)
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Pierisin-1の触媒ドメインのX線結晶構造解析2007

    • Author(s)
      平林, et. al.
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] TLSポリメラーゼSPCNAの相互作用に関する構造生物学研究2007

    • Author(s)
      菱木, et. al.
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal/index.html

    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2018-03-28  

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