Displacement WPCR for protein evolution via high-efficiency invitro genetic programming
| Project/Area Number |
18300100
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | Ritsumeikan Asia Pacific University |
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Principal Investigator |
ROSE John Anthony Ritsumeikan Asia Pacific University, アジア太平洋学部, 准教授 (00345125)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
陶山 明 東京大学, 総合文化研究科, 教授 (90163063)
萩谷 昌己 (萩谷 昌巳) 東京大学, 情報工学(系)研究科, 教授 (30156252)
小宮 健 東京工業大学, 総合理工学研究科, (研究院)助手 (20396790)
GHOTBI Nader 立命館アジア太平洋大学, アジア太平洋学部, 准教授 (90435173)
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| Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) |
KOMIYA Ken 東京工業大学, 総合理工学研究科(研究院), 助手 (20396790)
SUYAMA Akira 東京大学, 総合文化研究科, 教授 (90163063)
HAGIYA Masami 東京大学, 情報工学(系)研究科, 教授 (30156252)
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| Research Collaborator |
IBRAHIM Zuwairie University Technology Malaysia, Assistant Professor
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| Project Period (FY) |
2006 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥14,610,000 (Direct Cost: ¥12,900,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Fiscal Year 2008: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2006: ¥7,200,000 (Direct Cost: ¥7,200,000)
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| Keywords | DNA Computing / Genetic Program / Whiplash PCR / Displacement Whiplash PCR / Crossover / TAT System / Hybridization Error / Readout method / Efficiency / TAT system / Displacement WPCR / Real Time PCR / Readout / Automation |
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| Research Abstract |
本研究では、DisplacementWPCR(DWPCR)を実験により実証し、WhiplashPCRの等温・高効率プラットホームとして確立した。主な実績には以下が含まれる:(1)ルールプロテクト・バイオステップによるバックハイブリダイゼーション排除効果の実証、(2)マルチステップDWPCRの実行および最適化、(3)ルールスイッチ・バイオステップ実行のためのルールプロテクトの使用-これによりDWPCR ミクスチャの外部制御が可能となり、二次的生物学的・計算プロセスとの直接的統合への道が開かれる、(4)DWPCRクロスオーバー(EvolutionaryWPCR の基本演算)の基本的実行可能性の実証。その他、TaqmanプローブとリアルタイムPCR に基づく改良DNA読み出し法の開発、またDNAシステムをシミュレーションし、ハイファイDNAコード化を進化させるNucleicParkソフトウェアツールの改良も実績に含まれる
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Report
(4 results)
Research Products
(26 results)
