Origin of the genetic code from a viewpoint of operational RNA code and riboswitches

• Project/Area Number: 18379001
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Evolutionary biology
• Research Institution: Tokyo University of Science
• Principal Investigator: TAMURA Koji Tokyo University of Science, 基礎工学部, 准教授 (30271547)
• Project Period (FY): 2006 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥16,600,000 (Direct Cost: ¥15,100,000、Indirect Cost: ¥1,500,000); Fiscal Year 2008: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000); Fiscal Year 2007: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000); Fiscal Year 2006: ¥10,100,000 (Direct Cost: ¥10,100,000)
• Keywords: 生命起源 / 生命の起源 / 遺伝暗号 / 進化

Research Abstract

本研究は、これまで謎のままとされてきた遺伝暗号の成立過程に果敢にチャレンジするものである。現在の生物系における、tRNAのアミノアシル化とリボスイッチに実際に見られる形態をもとに、そこから過去にさかのぼって、遺伝暗号システムの進化を探る立場を取る。具体的には、(1) Operational RNA Codeとして典型的であるtRNAAlaのAla特異性とG-U塩基対の存在の必然性、および、(2) Glyを認識するリボスイッチをもとにした遺伝暗号システムの進化、をメインに研究を進め、分子認識メカニズムに迫った

Research Products

• [Journal Article] Role of poly-glycine binding RNA in RNA world (2009)
  • Author(s): Kodera, S., Tamura, K.
  • Journal Title: Viva Origino 37Supplement Pages: 20-20
• [Journal Article] Recognition mechanism of tRNA^<Gly> by Nanoarchaeota GlyRS : Searching for the origin of the genetic code (2009)
  • Author(s): Miyake, H., Tamura, K.
  • Journal Title: Viva Origino 37Supplement Pages: 21-21
• [Journal Article] Mechanism of chiral-selective tRNA aminoacylation and the origin of amino acid homochirality (2008)
  • Author(s): Tamura, K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Symp. Ser. 52 Pages: 415-416
• [Journal Article] Origin of amino acid homochirality : Relationship with the RNA world and origin of tRNA aminoacylation (2008)
  • Author(s): Tamura, K.
  • Journal Title: BioSystems 92 Pages: 91-98
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The relationship between the origin of the genetic code and riboswitches. (2008)
  • Author(s): Yamaji, Y. and Tamura, K.
  • Journal Title: Viva Origino 36Supplement Pages: 36-36
• [Journal Article] Stereochemical basis for an operational RNA code. (2008)
  • Author(s): Tamura, K.
  • Journal Title: Viva Origino 36Supplement Pages: 37-37
• [Journal Article] Origin aminoacylation of tRNA and L-amino acids (2007)
  • Author(s): Koji Tamura
  • Journal Title: Viva Origino 35・1 Pages: 29-29
• [Journal Article] Chiral-selective aminoacylation of an RNA minihelix : Mechanistic features and chiral suppression (2006)
  • Author(s): Tamura, K. and Schimmel, P. R.
  • Journal Title: Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 103 Pages: 13750-13752
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Chiral-selective aminoacylation of an RNA minihelix : Mechanistic features and chiral suppression (2006)
  • Author(s): Koji Tamura
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United states of America 103・37 Pages: 13750-13752
• [Presentation] Poly-glycine binding RNAのRNAワールドにおける役割 (2009)
  • Author(s): 小寺彰吾, 田村浩二
  • Organizer: 生命の起原および進化学会第34回学術講演会
  • Place of Presentation: 京都大学原子炉実験所
  • Year and Date: 2009-03-18
• [Presentation] ナノアーキアGlyRSによるtRNA^<Gly>認識機構から遺伝暗号の起源に迫る (2009)
  • Author(s): 三宅秀明, 田村浩二
  • Organizer: 生命の起原および進化学会第34回学術講演会
  • Place of Presentation: 京都大学原子炉実験所
  • Year and Date: 2009-03-18
• [Presentation] Molecular basis for chiral-selective aminoacylation of an RNA minihelix (2008)
  • Author(s): Koji Tamura
  • Organizer: International Meeting on Fluorinated-Peptide Chemistry
  • Place of Presentation: お茶の水女子大学
  • Year and Date: 2008-11-04
• [Presentation] Mechanism of chiral-selective tRNA aminoacylation and the origin of amino acid homochirality (2008)
  • Author(s): Tamura, K.
  • Organizer: Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids (IRTXVIII) and 35^<th> International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • Place of Presentation: 京都大学
  • Year and Date: 2008-09-08
• [Presentation] 原始tRNAのキラル選択的アミノアシル化 (2008)
  • Author(s): 田村浩二
  • Organizer: 平成20年度日本生化学会関東支部例会
  • Place of Presentation: 群馬大学
  • Year and Date: 2008-06-21
• [Presentation] オペレーショナルRNAコードの立体化学的基盤 (2008)
  • Author(s): 田村浩二
  • Organizer: 生命の起原および進化学会第33回学術講演会
  • Place of Presentation: 東京薬科大学
  • Year and Date: 2008-03-18
• [Presentation] 遺伝暗号の起源とリボスイッチの関わり (2008)
  • Author(s): 山路唯巴、田村浩二
  • Organizer: 生命の起原および進化学会第33回学術講演会
  • Place of Presentation: 東京薬科大学
  • Year and Date: 2008-03-18
• [Presentation] Mechanism of chiral-selective tRNA aminoacylation and the origin of amino acid homochirality (2008)
  • Author(s): Koji Tamura
  • Organizer: Joint Symposium of 18^<th> International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids(IRTXVIII)and 35^<th> International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • Place of Presentation: 京都大学
• [Presentation] tRNAのアミノアシル化の起源とアミノ酸のホモキラリティーの誕生 (2007)
  • Author(s): 田村浩二
  • Organizer: 無細胞生命科学研究会第2回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学柏キャンパス
  • Year and Date: 2007-10-19
• [Presentation] tRNAのアミノアシル化の起源とアミノ酸のホモキラリティーの誕生 (2007)
  • Author(s): 田村浩二
  • Organizer: 無細胞生命科学研究会 第2回研究会
  • Place of Presentation: 東京大学柏キャンパス
  • Year and Date: 2007-10-19
• [Book] 9月号「RNAワールドから見たアミノ酸のホモキラリティーの誕生」 (2008)
  • Author(s): 田村浩二
  • Publisher: 株式会社エヌ・ティー・エス生物の科学遺伝
• [Book] 生物の科学 遺伝 9月号 (2008)
  • Author(s): 田村浩二
  • Total Pages: 5
  • Publisher: 株式会社エヌ・ティー・エス
• [Remarks]
  • URL: http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/OPFU/TAMU/kojitamuralab.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/OPFU/TAMU/kojitamuralab.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/OPFU/TAMU/kojitamuralab.html