Fold prediction from protein of one-dimensional structure using inductive logic programming
| Project/Area Number |
18500120
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Intelligent informatics
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
OHWADA Hayato Tokyo University of Science, 理工学部・経営工学科, 教授 (30203954)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
MATSUI Tohgoroh 東京理科大学, 理工学部・経営工学科, 助教 (90366443)
朽津 和幸 東京理科大学, 理工学部, 教授 (50211884)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥4,230,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2008: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | 帰納論理プログラミング / バイオインフォマティクス / たんぱく質 / フォールド予測 / ドメイン / 機械学習 / 帰納論理プロブラミング / 機能予測 / データ・マイニング / たんぱく質構造予測 / ILP |
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| Research Abstract |
本研究ではプログラム細胞死に影響を与えるBcl-2ファミリーのたんぱく質を対象にして, シロイヌナズナの中から発見することを目的とした.たんぱく質の二次構造予測ツールを用いて二次構造を予測し, 帰納論理プログラミング(ILP)を用いて予測された二次構造に基づいた背景知識から仮説を構築した.それを, Bcl-2ファミリーたんぱく質のフォールド予測に適用した.実験の結果, 提案手法は予測精度, 特に再現率を向上させることが実証された.
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Report
(4 results)
Research Products
(16 results)
