Determination of protein structure by a unified method of stochastic embedding and Gaussian global optimization

• Project/Area Number: 18500172
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Sensitivity informatics/Soft computing
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: DOI Shinji Osaka University, 大学院・工学研究科, 准教授 (50217600)
• Project Period (FY): 2006 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥2,980,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2008: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2007: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2006: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
• Keywords: 距離幾何問題 / 大域的最適化 / 確率アルゴリズム / タンパク質立体構造

Research Abstract

タンパク質の立体構造を, 構成する原子間距離から効率的に推定する方法を考案した. この方法は, 最適化問題(誤差を最小にする問題)を極めて単純な確率的手法で解くものであり, 大規模なタンパク質の立体構造推定にも応用可能な効率の良いアルゴリズムである.

Research Products

• [Journal Article] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data, Proc. The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems (2008)
  • Author(s): N.Nishikawa, S. Doi
  • Journal Title: Computers and Communications Pages: 1125-1128
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • Author(s): 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告NLP Pages: 39-44
  • NAID: 110006623249
• [Journal Article] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data (2008)
  • Author(s): N. Nishikawa, S. Doi
  • Journal Title: Proc. The 23rd International Technical Conferenceon Circuits/Systems, Computers and Communications 無 Pages: 1125-1128
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • Author(s): 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告NLP 2007-145 Pages: 39-44
  • NAID: 110006623249
• [Journal Article] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • Author(s): N.Nishikawa, S. Doi, S. Kumagai
  • Journal Title: Proc. 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems Pages: 325-328
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • Author(s): 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告NLP Pages: 35-40
  • NAID: 110006344208
• [Journal Article] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • Author(s): 西川尚斗, 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会総合大会講演論文集 Pages: 64-64
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • Author(s): N. Nishikawa, S. Doi, S. Kumagai
  • Journal Title: Proc. 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems 無 Pages: 325-328
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • Author(s): 西川尚斗, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告NLP 2007-6 Pages: 23-28
  • NAID: 110006344208
• [Journal Article] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • Author(s): 西川尚斗, 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会総合大会講演論文集 (印刷中)
• [Journal Article] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • Author(s): 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告NLP Pages: 39-44
  • NAID: 110006163532
• [Journal Article] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • Author(s): H. Kashima, S.Doi, S. Kumagai
  • Journal Title: Proc. SICE-ICASE International Joint Conference 2006 Pages: 4451-4456
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • Author(s): H.Kashima, S.Doi, S.Kumagai
  • Journal Title: Proc. SICE-ICASE International Joint Conference 2006 1 Pages: 4451-4456
• [Journal Article] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • Author(s): 加嶋浩之, 土居伸二, 熊谷貞俊
  • Journal Title: 電子情報通信学会技術研究報告 NLP2006-96 Pages: 39-44
  • NAID: 110006163532
• [Presentation] Optimization of Distances for a Stochastic Embedding and Clustering of High-Dimensional Data (2008)
  • Author(s): N. Nishikawa
  • Organizer: The 23rd International Technical Conference on Circuits/Systems, Computers and Communications
  • Place of Presentation: Yamaguchi, Japan
  • Year and Date: 2008-07-07
• [Presentation] 確率的埋め込み法によるデータクラスタリング (2008)
  • Author(s): 西川尚斗
  • Organizer: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • Place of Presentation: 北海道大学学術交流会館
  • Year and Date: 2008-02-01
• [Presentation] Embedding of high-dimensional data in low-dimensional space by a simple stochastic method (2007)
  • Author(s): N. Nishikawa
  • Organizer: The 15th IEEE International Workshop on Nonlinear Dynamics of Electronic Systems
  • Place of Presentation: Tokushima Japan
  • Year and Date: 2007-07-26
• [Presentation] 確率的手法による高次元データの低次元埋め込み (2007)
  • Author(s): 西川尚斗
  • Organizer: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • Place of Presentation: 広島工業大学広島校舎
  • Year and Date: 2007-06-08
• [Presentation] 確率的手法を用いた高次元データの低次元埋め込み地図の作成 (2007)
  • Author(s): 西川尚斗
  • Organizer: 電子情報通信学会総合大会
  • Place of Presentation: 名城大学天白キャンパス
  • Year and Date: 2007-03-21
• [Presentation] 距離幾何学問題における確率的近接データ埋め込み法の拡張 (2006)
  • Author(s): 加嶋浩之
  • Organizer: 電子情報通信学会非線形問題研究会
  • Place of Presentation: 北海道湯の川温泉KKRはこだて
  • Year and Date: 2006-12-13
• [Presentation] Application of Stochastic Proximity Embedding to Distance Geometry Problems (2006)
  • Author(s): H. Kashima
  • Organizer: SICE-ICASE International Joint Conference, Bexco
  • Place of Presentation: Busan, Korea
  • Year and Date: 2006-10-19