Development of fast multipole reaction field methods for accurate simulations of super biomolecules

• Project/Area Number: 18500226
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Bioinformatics/Life informatics
• Research Institution: Tottori University
• Principal Investigator: AMISAKI Takashi Tottori University, 医学部, 教授 (20231996)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): FUJIWARA Shin-ichi 鳥取大学, 医学部, 助教 (00362880)
• Project Period (FY): 2006 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,400,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2008: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2007: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000); Fiscal Year 2006: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000)
• Keywords: コンピュータシミュレーション / 分子動力学 / 分子動力学計算 / 生体超分子系 / 周期境界条件 / 高速多重極法 / 反作用場法

Research Abstract

コンピュータ上での分子シミュレーションは、生命現象の分子レベルでの研究において、ひとつの科学実験の手段として認識されつつある。生理現象の根幹的役割を担う分子機械は、蛋白質や生体膜の集合体である。このため、現在主流の計算法では、周期的境界条件に起因するアーチファクトの悪影響が危惧される。本研究では、遠くの領域を平均化して三次元の繰り返しによる影響を排除した計算方法を考案し、実際の生体分子に対して適用した。

Research Products

• [Journal Article] Identification of high affinity fatty acid binding sites on human serum albumin by MM-PBSA method (2008)
  • Author(s): S. Fujiwara and T. Amisaki
  • Journal Title: Biophys. J. 94 Pages: 95-103
  • NAID: 120006724722
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of High Affinity Fatty Acid Bindng Sites on Human Serum Albumin by MM-PBSA Method (2008)
  • Author(s): Fujiwara, S
  • Journal Title: Biophysical Journal 94 Pages: 95-103
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Implementation and Evaluation of Multiple GridRPC Services for Molecular Dynamics Simulations of Proteins (2006)
  • Author(s): T. Amisaki and S. Fujiwara
  • Journal Title: IPSJ Transactions on Advanced Computing Systems 47 Pages: 182-192
  • NAID: 130000058309
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids (2006)
  • Author(s): S. Fujiwara and T. Amisaki
  • Journal Title: Proteins 64 Pages: 730-739
  • NAID: 120006724724
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids (2006)
  • Author(s): Fujiwara, S.
  • Journal Title: Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics 64・3 Pages: 730-739
  • NAID: 120006724724
• [Journal Article] Implementation and evaluation of multiple GridRPC services for molecular dynamics simulations of proteins (2006)
  • Author(s): Amisaki, T.
  • Journal Title: IPSJ Transactions of Advanced Computing Systems 47・12 Pages: 182-192
  • NAID: 130000058309
• [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP間相互作用の解析 (2008)
  • Author(s): 藤原伸一
  • Organizer: 日本薬学会第128年会
  • Place of Presentation: 横浜市
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるhMTH1-8-oxo-dGMP 間相互作用の解析 (2008)
  • Author(s): 藤原伸一、石飛文規、片倉和哉、網崎孝志、山縣ゆり子
  • Organizer: 日本薬学会第128年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター
  • Year and Date: 2008-03-27
• [Presentation] MM-PBSA法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定 (2007)
  • Author(s): 藤原伸一
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜市
  • Year and Date: 2007-12-23
• [Presentation] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定 (2007)
  • Author(s): 藤原伸一、網崎孝志
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜会議センター
  • Year and Date: 2007-12-22
• [Presentation] MM-PBSA 法によるヒト血清アルブミンの脂肪酸強結合部位の同定 (2007)
  • Author(s): 藤原伸一、網崎孝志
  • Organizer: 日本薬学会第127 年会
  • Place of Presentation: 富山
  • Year and Date: 2007-03-29
• [Presentation] 酸化ヌクレオチド分解酵素ヒトMTH1の分子動力学シミュレーションによるダイナミクス解析 (2006)
  • Author(s): 石飛文規、片倉和哉、藤原伸一、網崎孝志、山縣ゆり子
  • Organizer: 第20回分子シミュレーション討論
  • Place of Presentation: 仙台国際センター
  • Year and Date: 2006-11-28