Development of fast multipole reaction field methods for accurate simulations of super biomolecules
| Project/Area Number |
18500226
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Bioinformatics/Life informatics
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| Research Institution | Tottori University |
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Principal Investigator |
AMISAKI Takashi Tottori University, 医学部, 教授 (20231996)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
FUJIWARA Shin-ichi 鳥取大学, 医学部, 助教 (00362880)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥4,400,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2008: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2007: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2006: ¥500,000 (Direct Cost: ¥500,000)
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| Keywords | コンピュータシミュレーション / 分子動力学 / 分子動力学計算 / 生体超分子系 / 周期境界条件 / 高速多重極法 / 反作用場法 |
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| Research Abstract |
コンピュータ上での分子シミュレーションは、生命現象の分子レベルでの研究において、ひとつの科学実験の手段として認識されつつある。生理現象の根幹的役割を担う分子機械は、蛋白質や生体膜の集合体である。このため、現在主流の計算法では、周期的境界条件に起因するアーチファクトの悪影響が危惧される。本研究では、遠くの領域を平均化して三次元の繰り返しによる影響を排除した計算方法を考案し、実際の生体分子に対して適用した。
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Report
(4 results)
Research Products
(12 results)
