A study of functional RNA biogenesis

• Project/Area Number: 18570157
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Molecular biology
• Research Institution: Hirosaki University
• Principal Investigator: USHIDA Chisato Hirosaki University, 農学生命科学部, 准教授 (50250593)
• Project Period (FY): 2006 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥690,000); Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2007: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2006: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
• Keywords: 遺伝情報複製 / 転写装置 / 再編 / 制御 / non-coding RNA / ncRNA / 転写 / 線虫 / PSE / ncRNA遺伝子 / プロモーター / イントロン

Research Abstract

多細胞生物における内在性ncRNAの合成や局在を決定する分子メカニズムの解明、制御機構の理解を目指し、またこれらについての新たなシステムの発見を期待して、線虫(Caenorhabditis elegans)の新規ncRNAの転写や局在を解析した。

Research Products

• [Journal Article] Distribution of U3 small nucleolar RNA and fibrillarin during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans (2008)
  • Author(s): Sasano, Y., Hokii, Y., Inoue, K., Sakamoto, H., Ushida, C., Fujiwara, T.
  • Journal Title: Biochimie 90 Pages: 898-907
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Distribution of U3 small nucleolar RNA and fibrillarin during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans (2008)
  • Author(s): Sasano, Y., Hokii, Y., Inoue, K Sakamoto, H., Ushida, C., Fujiwara, T.
  • Journal Title: Biochimie 90 Pages: 898-907
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Distribution of U3 small nucleolar RNA and fibrillarin during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans (2008)
  • Author(s): Sasano, Y., Hokii, Y., Inoue, K., Sakamoto, H., Ushida, C., *Fujiwara, T.
  • Journal Title: Biochimie (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Twelve novel C. elegans RNA candidates isolated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2005)
  • Author(s): Yusuke Hokii, Akiyoshi Kubo, Takahiro Ogasawara, Yuhkou Nogi, Akito Taneda, Risa Arai, Akira Muto, Chisato Ushida.
  • Journal Title: Gene 365 Pages: 83-87
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 線虫pre-rRNAプロセッシングに働く線虫新規ncRNA関連タンパク質の解析 (2009)
  • Author(s): 保木井悠介, 笹野有未, 武藤呈, 藤原俊伸, 牛田千里
  • Organizer: 第3回無細胞生命科学研究会
  • Place of Presentation: 弘前大学創立50周年記念会館
  • Year and Date: 2009-03-16
• [Presentation] C. elegansにおけるsnoRNA結合タンパク質のノックダウンと核内構造体の形成 (2008)
  • Author(s): 保木井悠介、菅原由起、笹野有未、藤原俊伸、武藤呈、牛田千里
  • Organizer: RNAフロンティアミーティング2008
  • Place of Presentation: 関西セミナーハウス(京都市)
  • Year and Date: 2008-06-05
• [Presentation] Expression and localization of C. elegans CeR-5 RNA (2008)
  • Author(s): Chisato Ushida, Yuki Sugawara and Yusuke Hokii
  • Organizer: Keystone symposia RNAi, microRNA, and non-coding RNA
  • Place of Presentation: Whistler Resort, Whistler
  • Year and Date: 2008-03-29
• [Presentation] 核小体局在を示す線虫新規ncRNA (2008)
  • Author(s): 保木井悠介、佐藤洋旭、武藤〓、牛田千里
  • Organizer: 第10回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター
• [Presentation] Expression and localization of C (2008)
  • Author(s): Chisato Ushida, Yuki Sugawara and Yusuke Hokii
  • Organizer: elegans CeR-5 RNA. Keystone symposium, RNAi, Micro RNA, and Non-coding RNA
  • Place of Presentation: Whistler Resort, Whistler, British Columbia, Canada
• [Presentation] 線虫新規低分子ncRNAの局在解析 (2007)
  • Author(s): 牛田千里、保木井悠介、菅原由起、遠藤優子、佐藤洋旭、武藤 〓
  • Organizer: BMB2007(第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会)
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] 線虫snoRNPタンパク質遺伝子ノックダウン株におけるsnoRNAの局在変化 (2007)
  • Author(s): 菅原由起、保木井悠介、武藤 〓、牛田千里
  • Organizer: 第9回 日本RNA学会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] 受精前後の卵における線虫Caenorhabditis elegans核小体低分子RNAの動態 (2007)
  • Author(s): 保木井悠介、笹野有未、藤原俊伸、坂本 博、武藤〓 、牛田千里
  • Organizer: 第9回 日本RNA学会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
  • Year and Date: 2007-07-30
• [Presentation] 線虫の機能RNomics (2007)
  • Author(s): 牛田千里、小笠原隆広、天川純一、遠藤優子、菅原由起、武藤 〓、保木井悠介
  • Organizer: 第40回日本発生生物学会 第59回日本細胞生物学会 合同大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
  • Year and Date: 2007-05-29
• [Presentation] 線虫新規低分子ncRNAの局在解析 (2007)
  • Author(s): 牛田千里、保木井悠介、菅原由起、遠藤優子、佐藤洋旭、武藤〓
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
• [Presentation] 線虫snoRNPタンパク質遺伝子ノックダウン株におけるsnoRNAの局在変化 (2007)
  • Author(s): 菅原由起、保木井悠介、武藤 〓、牛田千里
  • Organizer: 第9回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] 受精前後の卵における線虫Caenorhabditis elegans核小体低分子RNAの動態 (2007)
  • Author(s): 保木井悠介、笹野有未、藤原俊伸、坂本博、武藤 〓、牛田千里
  • Organizer: 第9回日本RNA学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場
• [Presentation] 線虫の機能Rnomics (2007)
  • Author(s): 牛田千里、小笠原隆広、天川純一、遠藤優子、菅原由起、武藤〓、保木井悠介
  • Organizer: 第40回日本発生生物学会・第59回日本細胞生物学会合同大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場
• [Presentation] Spatio temporal distribution patterns of C. elegans small ncRNAs (2006)
  • Author(s): Hokii, Y., Sugawara, Y., Endo, Y., Mizuki, Y., Harada, F., Konno, T., Himeno, H., Muto, A., Ushida, C.
  • Organizer: East Asia C. elegans Meeting
  • Place of Presentation: Hoam Convention Center, Seoul National University, Seoul, Korea.
• [Presentation] C.elegans 低分子RNACeR-2RNAの細胞内局在と生合成 (2006)
  • Author(s): 保木井悠介, 笹野由未, 藤原俊伸, 坂本博, 種田晃人, 武藤〓, 牛田千里
  • Organizer: 日本RNA学会
  • Place of Presentation: 淡路夢舞台国際会議場
• [Presentation] Characterization of Cen21/CeR-2 RNA, small ncRNA localized in Caenorhabditis elegans nucleoli (2006)
  • Author(s): Yusuke Hokii, Masayoshi Shimoyama, Akira Muto, Chisato Ushida.
  • Organizer: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology
  • Place of Presentation: Kyoto, Japan.
• [Presentation] Expression of C. elegans novel ncRNAs (2006)
  • Author(s): Chisato Ushida, Yusuke Hokii, Yuki Sugawara, Yuko Mizuki, Yuko Endo, Akira Muto
  • Organizer: Regularoty RNAs,the LXXI Cold Spring Harbor Symposium
  • Place of Presentation: Cold Spring Harbor, New York, U. S. A
• [Book] Isolation and characterization of small RNAs in Caenorhabditis elegans John Rossi and Rajesh K. Gaur eds. Regulation of Gene Expression by Small RNAs (2009)
  • Author(s): Chisato Ushida, Yusuke Hokii
  • Publisher: CRC Press, Florida, U. S. A. Chapter 7
• [Book] Isolation and characterization of small RNAs in Caenorhabditis elegans, in Regulation of gene expression by small RNAs. Gaur, R. K. and Rossi, J. J. eds (2009)
  • Author(s): Chisato Ushida and Yusuke Hokii
  • Publisher: CRC Press, Florida, U.S.A.
• [Book] 線虫にみるRNA機能の多様性、河合剛太、金井昭夫(編集)、機能性Non-coding RNA、第1部第2章 (2006)
  • Author(s): 牛田千里
  • Publisher: クバプロ
• [Book] 機能性Non-coding RNA(河合剛太、金井昭夫編)、線虫に見るRNA機能の多様性 (2006)
  • Author(s): 牛田 千里
  • Total Pages: 255
  • Publisher: クバプロ
• [Remarks]
  • URL: http://nature.cc.hirosaki-u.ac.jp/kohou2/public/oyo/c.ushida/index.htm
• [Remarks]
  • URL: http://rna.eit.hirosaki-u.ac.jp/rrc/
• [Remarks]
  • URL: http://nature.cc.hirosaki-u.ac.jp/kohou2/public/oyo/c.ushida/index.htm