Estimation of Large Phylogeny Using Maximum Composite Likelihood

• Project/Area Number: 18570217
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Evolutionary biology
• Research Institution: Tokyo Metropolitan University
• Principal Investigator: TAMURA Koichiro Tokyo Metropolitan University, 大学院・理工学研究科, 教授 (00254144)
• Project Period (FY): 2006 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,050,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥450,000); Fiscal Year 2008: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2007: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2006: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
• Keywords: 複合尤度 / 最尤法 / 系統解析 / 分子系統樹 / 分子進化 / 進化距離 / 近隣結合法 / 配列データ / コンピュータシミュレーション

Research Abstract

分子系統樹の推定は生命科学の様々な分野で利用される基本的な操作であるが、その方法は理論的側面に長ける最尤法と計算効率に長ける近隣結合法に二分される。そこで、新たに開発した最大複合尤度法を利用し、両者の優れた点を合わせることを試みた。効果はコンピュータ・シミュレーションによって評価した。その結果、最大複合尤度法の適用により、近隣結合法、最尤法のいずれにおいても推定精度、計算時間の改良に成功した

Research Products

• [Journal Article] MEGA : A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (2008)
  • Author(s): Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K.
  • Journal Title: Brief Bioinform 9 Pages: 299-306
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MEGA : A biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences (2008)
  • Author(s): Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K.
  • Journal Title: Briefings in Bioinformatics 9 Pages: 299-306
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MEGA4 : Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0 (2007)
  • Author(s): Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S.
  • Journal Title: Mol. Biol. Evol 24 Pages: 1596-1599
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis(MEGA)Software Version 4.0 (2007)
  • Author(s): Tamura K
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution 24 Pages: 1596-1599
  • Peer Reviewed
• [Presentation] MEGA4 による分子系統解析 (2008)
  • Author(s): 田村浩一郎
  • Organizer: 日本進化学会第10 回大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-08-24
• [Presentation] MEGA4による分子系統解析 (2008)
  • Author(s): 田村浩一郎
  • Organizer: 日本進化学会
  • Place of Presentation: 東京大学駒場キャンパス
  • Year and Date: 2008-08-24
• [Presentation] 巨大系統樹推定のための最尤法の適用 (2008)
  • Author(s): 田村浩一郎
  • Organizer: 日本進化学会第10 回大会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-08-22
• [Presentation] 巨大系統樹推定のための最尤法の適用 (2008)
  • Author(s): 田村浩一郎
  • Organizer: 日本進化学会
  • Place of Presentation: 東京大学駒場キャンパス
  • Year and Date: 2008-08-22
• [Presentation] Application of Maximum Likelihood Methods for Large Phylogeny (2008)
  • Author(s): Koichiro Tamura
  • Organizer: The international symposium " New Insight of Genome Evolution into Fundamental Activities of Life "
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-03-28
• [Presentation] Application of Maximum Likelihood Methods for Large Phylogeny (2008)
  • Author(s): Koichiro Tamura
  • Organizer: The international symposium "New Insight of Genome Evolution into Fundamental Activities of Life"
  • Place of Presentation: Tokyo
  • Year and Date: 2008-03-27
• [Presentation] Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 (2006)
  • Author(s): Tamura K.
  • Organizer: Annual Meeting for the Society for Molecular Biology and Evolution
  • Place of Presentation: Arizona
  • Year and Date: 2006-06-01
• [Remarks]
  • URL: http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/
• [Remarks]
  • URL: http://www.megasoftware.net/