Development of the prediction method of ligand binding affinity in SBDD
| Project/Area Number |
18590096
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Drug development chemistry
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| Research Institution | Kinki University (2008)
Kyoto University (2006-2007) |
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Principal Investigator |
NAKANISHI Isao Kinki University, 薬学部, 教授 (10362576)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
KITAURA Kazuo 京都大学, 大学院薬学研究科, 教授 (30132723)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥3,540,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2008: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2007: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2006: ¥2,500,000 (Direct Cost: ¥2,500,000)
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| Keywords | 医薬分子設計 / フラグメント分子軌道法 / 結合エネルギー / 溶媒和エネルギー / 構造最適化 / FKBP / HIV-1プロテアーゼ / タンパク質 / SBDD / 溶媒和カネルギー / HIV-1 |
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| Research Abstract |
フラグメント分子軌道(FMO)法による相互作用エネルギーを用いた薬物活性予測法の開発を行った。水和エネルギーにPCM法用いたFMO/PCM法は、パラメータを用いないab initioな活性(結合自由エネルギー)予測法にもかかわらず、実験値のオーダーの再現性には非常に優れていた。今後、分子運動やエントロピー等を考慮することにより、実用レベルでの予測精度を達成できるものと期待される。
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Report
(4 results)
Research Products
(55 results)
