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粘菌アルゴリズム:制約条件付き最適化問題の生物模倣型解法

Research Project

Project/Area Number 18650054
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Sensitivity informatics/Soft computing
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

中垣 俊之  Hokkaido University, 電子科学研究所, 准教授 (70300887)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小林 亮  広島大学, 理学研究科, 教授 (60153657)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,300,000 (Direct Cost: ¥3,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2006: ¥2,000,000 (Direct Cost: ¥2,000,000)
Keywords粘菌 / ネットワーク / 輪送ネットワーク / スタイナー問題 / 最短経路探索 / 生物計算 / 細包ダイナミクス / 組み合わせ最適化 / 輸送ネットワーク / 最短経路 / 細胞ダイナミクス / 組合わせ最適化
Research Abstract

アメーバ生物である粘菌変形体は、何ら分化した器官を持たないので、環境のセンシング・判断・運動を体全体で渾然一体となって行う。感じる体、判断する体である。その体は高度に均質なサブシステムからなっている。したがって、均質な要素からなる系の集団運動から情報機能が創発するしくみを解明するにはまたとないモデル系である。この利点を最大限に活かして、粘菌の最適化アルゴリズムの抽出に取り組み、以下の成果を得た。
1)小さい餌場所を数個程度あちこちに配置すると粘菌はネットワーク形態を成して全ての餌場所にありついた。このネットワークは、全長が短くなるような性質を有しており、時々、真に最短なルートしめした。これにヒントを得て、一般的なスタイナー問題(平面上に任意の個数の点が任意の場所にある場合、全ての点を結ぶ最短経路を求める問題)を解く計算法を考案し、パラメタサーチと性能評価をくりかえし、ソルバーを提案できた。
2)都市間交通(道路や鉄道など)ネットワークの持つべき性質である、全長の最短性、任意の二つの餌場所間の連絡性、事故による管の断線に対する連結補償性に関して、これら三つの性質の重みを変えて自在に設計するような粘菌型計算法を提案できた。
粘菌の計算能力はまだまだ底が知れないこともわかった。今後、この実験系をさらに利用することにより、新たな生物型計算法のヒントが得られるものと期待できる。そのような発展的糸口を与えることが、本萌芽研究により成し遂げられた。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2008 2007 2006

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] A method inspired by Physarum for solving the Steiner problem2008

    • Author(s)
      Atsushi Tero, et. al.
    • Journal Title

      International Journal of Unconventional Computing (印刷中)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Flow-network adaptation in Physarum amoebae2008

    • Author(s)
      Atsushi Tero, et. al.
    • Journal Title

      Theory in Bioscience 127

      Pages: 89-94

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Failure to the shortest path decision of an adaptive transport network with double edges in Plasmodium system2008

    • Author(s)
      Tomoyuki Miyaji, et. al.
    • Journal Title

      International Journal of Dynamical Systems and Differential Equations (印刷中)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intelligent behaviors of amoeboid movement based on complex dynamics of soft matter2008

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Journal Title

      Soft Matter 4

      Pages: 57-67

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Minimum-risk path finding by an adaptive amoebal network2007

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Journal Title

      Physical Review Letters 99

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of amount of food on path selection in the transport network of an amoeboid organsim2007

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Journal Title

      Proceedings of Int. Symp. On Topological Aspects of Critical Systems and Networks

      Pages: 94-100

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mathematical model for rhythmic amoeboid movement in the true slime mold2007

    • Author(s)
      Atsushi Tero, Ryo Kobayashi, Toshiyuki Nakagaki
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology 244

      Pages: 553-564

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Mathematical model for rhythmic amoeboid movement in the true slime mold2006

    • Author(s)
      Ryo Kobayashi, Atsushi Tero, Toshiyuki Nakagaki
    • Journal Title

      Journal of Mathematical Biology 53

      Pages: 273-286

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] 粘菌の作る輸送ネットワークのダイナミクス2006

    • Author(s)
      中垣俊之, 手老篤史, 小林亮
    • Journal Title

      第21回生体・生理工学シンポジウム論文集

      Pages: 97-100

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamical Synchronization in True Slime Mold -Maze Solving Amoeba-2007

    • Author(s)
      R. Kobayashi, et. al.
    • Organizer
      The 23rd Symposium of the Society of Population Ecology
    • Place of Presentation
      定山渓ビューホテル、日本
    • Year and Date
      2007-10-20
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Optimization in an amoeboid system -Networking multiple food-locations-2007

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Organizer
      European Conference on Complex Systems
    • Place of Presentation
      ドレスデン工科大学、ドイツ
    • Year and Date
      2007-10-01
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] A Biologically Motivated Shortest Path Finding Algorithm2007

    • Author(s)
      Ryo Kobayashi, et. al.
    • Organizer
      Mathematical Modeling and Analysis in Biological and Chemical Systems
    • Place of Presentation
      Institut des Hautes Etudes Scientifiques、フランス
    • Year and Date
      2007-09-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Cell behaviors in hetergeneous media in an amoeba of true slime mold2007

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Organizer
      6th Int Congress on Industrial and Applied mathematics
    • Place of Presentation
      連邦工科大学、スイス
    • Year and Date
      2007-07-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Solving network problem by amoeba: dynamics and computation2007

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki, et. al.
    • Organizer
      Conference on Unconventional Computing
    • Place of Presentation
      Univ. of the west of England、連合王国
    • Year and Date
      2007-07-13
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Modeling of the adaptive network of true slime mold2007

    • Author(s)
      Atsushi Tero, et. al.
    • Organizer
      SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems
    • Place of Presentation
      Snowbird Cliff Lodge, USA
    • Year and Date
      2007-05-31
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

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