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エージェントの協調による染色体画像からの領域抽出・同定法に関する研究

Research Project

Project/Area Number 18650075
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

阿部 亨  Tohoku University, 情報シナジー機構, 准教授 (80222652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木下 哲男  東北大学, 情報シナジー機構, 教授 (20282006)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
Keywordsバイオインフォマティクス / 染色体 / 画像処理 / エージェント
Research Abstract

本研究課題は,画像から染色体領域を抽出し,各染色体領域を同定する二つの処理を高精度に行う新たな手法『1本の染色体領域を複数の部分領域の連なりと見なし,画像中で各部分領域を特異的に探索するエージェントを相互に協調させ,染色体領域の抽出・同定を同時に行う』の確立を目指している.本年度は,より多様な染色体画像へ提案手法を適応させるたに以下の検討を行い,その結果を,前年度実装した試作システムへ反映し,提案手法に対する評価実験を実施した.
●小領域の探索精度は,染色体のフェーズ,染色状態など種々の要因に左右される.そこで,これらの要因が探索精度に与える影響を分析し,参照用部分バンドパターンを補正する手法を検討した.具体的には,対象画像の状態に応じ,探索に用いる参照用部分バンドパターンの輝度値と長さを補正する手法を提案した.
●探索に用いる参照用部分バンドパターンは,分割の仕方により種々のものが考えられ,その中のどれを探索に用いるかは探索精度に大きな影響を与える.そこで,ある参照用部分バンドパターンを対象画像に適用した場合の探索誤りを事前に推定する手法を検討した.これに基づき,対象画像に応じて,探索に適した参照用部分バンドパターンを事前に推定する手法の提案を行った.
●改良・拡張を行った試作システムを用いて,種々の状態(染色体領域が相互に重なる場合,染色体に構造異常が生じている場合など)をシミュレートした画像を対象とした評価実験を実施し,それらの画像に対する提案手法の有効性を確認した.

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2008 2007 2006 Other

All Journal Article (8 results) Presentation (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 染色体画像解析のための輝度値の局所的な正規化法2008

    • Author(s)
      濱田 智栄子
    • Journal Title

      2008年電子情報通信学会総合大会講演論文集

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] 部分バンドパターンに基づく染色体領域の抽出・同定2007

    • Author(s)
      山口 傑
    • Journal Title

      第10回 画像の認識・理解シンポジウム MIRU2007 講演論文集

      Pages: 1384-1389

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] 染色体領域の抽出・同定に適した部分バンドパターンの決定方法2007

    • Author(s)
      濱田 智栄子
    • Journal Title

      平成19年度電気関係学会東北支部連合大会講演論文集

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] 部分バンドパターンを単位とした染色体領域の抽出・同定2007

    • Author(s)
      濱田 智栄子
    • Journal Title

      2007年第6回情報科学技術フォーラム講演論文集

      Pages: 45-47

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] 部分バンドパターンに基づく染色体領域の抽出・同定手法2007

    • Author(s)
      濱田 智栄子
    • Journal Title

      2007年電子情報通信学会総合大会講演論文集

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] マルチエージェントによる染色体領域の抽出・同定手法の提案2006

    • Author(s)
      山口 傑
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告 PRMU2006-180

      Pages: 55-60

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Region extraction with cooperative active contours2006

    • Author(s)
      Takatoshi Muramatsu
    • Journal Title

      情報科学技術レターズ 5

      Pages: 215-217

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] 染色体画像処理のためのマルチエージェント協調方式2006

    • Author(s)
      山口 傑
    • Journal Title

      平成18年度電気関係学会東北支部連合大会講演論文集

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] Chromosome region extraction and classification with local band patterns2007

    • Author(s)
      Toru Abe
    • Organizer
      The IEEE 7th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering
    • Place of Presentation
      Boston, MA, USA
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks] 公開予定

    • URL

      http://www.ka.riec.tohoku.ac.jp/~beto/chromosome.html

    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

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