• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

相同DNA対合活性を利用した高精度マルチプレックスPCR法の確立

Research Project

Project/Area Number 18651095
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field 基礎ゲノム科学
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

美川 務  The Institute of Physical and Chemical Research, 城生体金属科学研究室, 研究員 (20321820)

Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2006: ¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Keywordsバイオテクノロジー / ゲノム / 核酸
Research Abstract

一検体のDNAに対して多数のPCR反応を同時に行う"マルチプレックスPCR法"が確立されればその増幅パターン解析のみで増幅元DNAの同定が可能になる.この系の確立は,医療分野における新たな検査・診断法や環境・食品分野での簡便な検定試験法への応用など,産業界に大きなインパクトを与えうる.本研究課題では,DNA相同組換えを行う酵素群を利用してPCRの初期反応を制御することにより,高精度なマルチプレックスPCR法を確立することを目的としている.
平成19年度は主にRecA蛋白質の対合反応を調節しているRecF,RecO,RecR,SSB蛋白質を調製し,それらのPCR反応に対する効果を調べた.特にSSBはDNAの二次構造を緩和する性質があるため,二次構造を形成しやすいDNA領域に対する効果が期待された.しかしながら,SSBは強くPCR反応を阻害し,期待された効果は得られなかった.この問題を解決すべく,RecO,RecRの単鎖DNA上に存在するSSBに対する効果について解析したところ,1)RecOは単鎖DNA上でSSBと入れ替わること.2)入れ替わったSSBはRecOを介して単鎖DNA上に留まっていること.3)単鎖DNA上のRecOにRecRが相互作用するとRecOからSSBが解離すること.4)その結果生じたRecOR複合体はSSBで覆われた単鎖DNA上にRecAフィラメントの形成を促すことが明らかになった.これらのことから,これら蛋白質群を適した比率でPCR反応に加えることにより,これまで不可能であった高次構造を取りやすい領域のPCR増幅が可能になることが示唆された.

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2008 2007 2006

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (4 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Journal Article] The process of displacing the single stranded DNA binding protein from single stranded DNA by RecO and RecR proteins2008

    • Author(s)
      Jin Inoue
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 36

      Pages: 94-109

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification and characterization of the Thermus thermophilus HB8 RecX protein2007

    • Author(s)
      Koutaro Jimbo
    • Journal Title

      Protein Expression and Purification 51・2

      Pages: 320-323

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Identification of the RecR Toprim domain as the binding site for both RecF and RecO : A role of RecR in RecFOR assembly at dsDNA-ssDNA junctions2006

    • Author(s)
      Masayoshi Honda
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistory 281・27

      Pages: 18549-18559

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Improvements of rolling circle amplification (RCA) efficiency and accuracy using Thermus thermophilus SSB mutant protein2006

    • Author(s)
      Jin Inoue
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 17・3

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Heteronuclear multidimensional NMR and homology modelling studies of the C-terminal nucleotide-binding domain of the human mitochondrial ABC transporter ABCB6.2006

    • Author(s)
      Kaori Kurashima-Ito
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR 35・1

      Pages: 53-71

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] RecO,RecR蛋白質によるSSBのssDNAからの解離のメカニズム2008

    • Author(s)
      井上 仁
    • Organizer
      第19回DNA複製・分配ワークショップ合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      修善寺
    • Year and Date
      2008-03-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] The rearrangement of SSB on ssDNA by the RecF pathway proteins2007

    • Author(s)
      Tsutomu Mikawa
    • Organizer
      FASEB Summer Research Conferences, Genetic Recombination & Genome Rearrangements
    • Place of Presentation
      Snowmass Village,CO,USA
    • Year and Date
      2007-07-28
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] RecRによるRecOの機能変換がSSBのssDNAからの解離に貢献する2007

    • Author(s)
      井上 仁
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2007-05-24
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] A Role of RecF,RecO,RecR proteins in SSB displacement from single-stranded DNA2007

    • Author(s)
      Tsutomu Mikawa
    • Organizer
      Experimental Biology 2007
    • Place of Presentation
      Washington,DC,USA
    • Year and Date
      2007-04-28
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 特許権2006

    • Inventor(s)
      重森康司, 美川 務, 柴田武彦
    • Industrial Property Rights Holder
      アイシン精機(株,独)理化学研究所
    • Industrial Property Number
      2006-315790
    • Filing Date
      2006-11-22
    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 特許権2006

    • Inventor(s)
      重森康司, 美川 務, 柴田武彦
    • Industrial Property Rights Holder
      アイシン精機(株,独)理化学研究所
    • Industrial Property Number
      2006-203810
    • Filing Date
      2006-07-26
    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 特許権2006

    • Inventor(s)
      重森康司, 美川 務, 柴田武彦
    • Industrial Property Rights Holder
      アイシン精機(株,独)理化学研究所
    • Industrial Property Number
      2006-158881
    • Filing Date
      2006-06-07
    • Related Report
      2006 Annual Research Report

URL: 

Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi