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生物に学ぶ動的ネットワーク最適化問題の研究

Research Project

Project/Area Number 18654022
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field General mathematics (including Probability theory/Statistical mathematics)
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

小林 亮  Hiroshima University, 大学院・理学研究科, 教授 (60153657)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (70300887)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,600,000 (Direct Cost: ¥1,600,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,600,000 (Direct Cost: ¥1,600,000)
Keywords真正粘菌 / 変形体 / 最短経路探索問題 / Physarum / Physarum Solver / スタイナー問題 / NP完全 / カーナビゲーション
Research Abstract

真正粘菌変形体は原始的な神経系さえ持たない、単純な体制を持った多核単細胞生物であるが、迷路を解いたり最短経路問題を解く能力があることが、中垣らによって示されている。彼らが迷路を解く際には最終的なルートに管を残すという形を取るが、単純に迷路を解くというだけでなく、餌の量の多さによって多重にルートを残したり、単独の管を残したりと、状況に応じた反応をしている。我々はこのことを実験的に明らかにし、それを再現する数理モデルを提出した。
また、真正粘菌変形体は多くの餌を提示された場合には、それらをできるだけ総長が短い経路でつなぐが、これは数理的にいえばスタイナー問題を近似的に解いていることに他ならない。NP完全問題であるスタイナー問題は、最短経路探索問題よりも遙かに困難な問題であり、まともに解けば計算時間の指数的発散という問題に直面するわけであるが、ここでも真正粘菌変形体は「知性」を発揮している。我々はPhysarum Solverを以下のように拡張することにより、スタイナー問題を近似的に解く方法を開発した。まず与えられた点を含む凸包を細かいネットワークで覆い、短い時間間隔ごとに2頂点のペアをランダムに選び(実際はまず一方を選び、他方はそれからなるべく遠い頂点を選ぶ)、それにPhysarum Solverを適用するのである。このようにすると、スタイナー最小木ではないが、それと位相的に等価な経路を求めることができる。これを元にスタイナー点の位置を緩和することにより、スタイナー最小木に到達できるのである。少なくとも正解がわかる程度に頂点数が少ない場合についてはほぼ確実に正解に到達することがシミュレーションによって確かめられた。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2007 2006

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Minimum-risk path finding by an adaptive amoebal network2007

    • Author(s)
      T. Nakagaki
    • Journal Title

      Phys. Rev. Lett. 99

      Pages: 68104-68104

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 粘菌による迷路の解法2007

    • Author(s)
      小林 亮
    • Journal Title

      細胞工学 26

      Pages: 769-773

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] Effects of food amount on path selection in transport network of an amoeboid organism2007

    • Author(s)
      T. Nakagaki
    • Journal Title

      Topological Aspects of Critical Systems and Networks (Proceedings of the international conference on Topological Aspects of Critical Systems and networks)

      Pages: 94-100

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A mathematical model for adaptive transport network in path finding by the true slime mold2007

    • Author(s)
      A.Tero
    • Journal Title

      J. Theor. Biol. 244

      Pages: 553-564

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Mathematical model for rhythmic protoplasmic movement in the true slime mold2006

    • Author(s)
      R.Kobayashi
    • Journal Title

      J. Math. Biol. 53

      Pages: 273-286

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Physarum solver : -a biologically inspire method of road-network navigation-2006

    • Author(s)
      A.Tero
    • Journal Title

      Physica A 363

      Pages: 115-119

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamical Synchronization in True Slime Mold - Maze Solving Amoeba-2007

    • Author(s)
      R. Kobayashi
    • Organizer
      The 23rd Symposium of the Society of Population Ecology "Spatial Structure and Dynamics of Ecological System"
    • Place of Presentation
      Sapporo, Japan
    • Year and Date
      2007-10-19
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] A Biologically Motivated Shortest Path Finding Algorithm2007

    • Author(s)
      R. Kobayashi
    • Organizer
      Mathematical Modeling and Analysis in Biological and Chemical Systems
    • Place of Presentation
      Orsay, France
    • Year and Date
      2007-09-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Sovling network problem by amoeba: dynamics and computation2007

    • Author(s)
      T. Nakagaki
    • Organizer
      Conference on Unconventional Computiong
    • Place of Presentation
      Bristol, UK
    • Year and Date
      2007-07-12
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

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