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クロマチン構造変換のナノスケール3次元電子顕微鏡解析

Research Project

Project/Area Number 18657035
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Structural biochemistry
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

森川 耿右  Osaka University, 蛋白質研究所, 寄附研究部門教授 (80012665)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 青田 聖恵 (浦 聖恵)  大阪大学, 医学系研究科, 助教 (80289363)
Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Keywords生体分子 / 転写制御 / 電子顕微鏡 / 可視化 / ナノバイオ
Research Abstract

昨年度のテトラヌクレオソームの電子顕微鏡観察に引き続き、今年度はヌクレオソームの数を増やして15個、20個連なったオリゴヌクレオソームの、負染色法による電顕観察を行い、新たにクライオ電子顕微鏡観察も試みた。
構造解析に適したDNA配列601からなるプラスミドDNAを構築し、大腸菌で発現、精製したコアヒストンを用いてオリゴヌクレオソームを再構成した。2%酢酸ウラニルを用いて負染色した試料を、電子顕微鏡によって観察し、15個、20個のモノヌクレオソームが数珠状に連なったオリゴヌクレオソームの形成が確認できた。また、金属イオンの存在下で、高度にパッキングした30nm fiber様の形態も観察できた。更にクロマチンリモデリング因子であるFACTと、このオリゴヌクレオソームの相互作用を観察するため、FACTのSSRP1とSPT16の二つのサブユニットを共発現させ、複合体の精製を行った。FACT複合体の電子顕微鏡観察を行ったところ、様々なサイズの粒子が観察され、FACTがオリゴマー状態で存在する事が示唆された。一部15nmほどの大きさの分子が検出され、これがFACTモノマーであると推定された。このFACT複合体を上記のオリゴヌクレオソーム溶液に加え、その形態の時間変化を負染色法によって電顕で観察した。しかしながら現在のところ、有意な変化を見いだすには至っていない。現在、溶液中の状態をより正確に反映するクライオ電子顕微鏡観察を開始しており、オリゴヌクレオソームの凍結試料の観察に既に成功し、負染色法と同様の数珠状に連なった形態を観察できた。電子分光法を用いることで無染色であるにも関わらず、良質の画像の記録に成功し、DNAも明確に可視化する事ができた。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2008 2007

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Structural insights into the PIP2 recognition by syntenin-1 PDZ domain2008

    • Author(s)
      Sugi, T.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      Pages: 373-378

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron microscopic single particle analysis of a tetrameric RuvA/RuvB/Holliday junction DNA complex2008

    • Author(s)
      Mayanagi, K.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 365

      Pages: 273-278

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional significance of octameric RuvA for a branch migration complex from Thermus thermophilus2008

    • Author(s)
      Fujiwara, Y.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      Pages: 426-431

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cracking the enigmatic linker histone code.2008

    • Author(s)
      Godde, J. S.
    • Journal Title

      J. Biochem (in press)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regugulation.2007

    • Author(s)
      Sugi, T.
    • Journal Title

      EMBO J. 26

      Pages: 2192-2205

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of the extracellular regions of the group II/III metabotropic glutamate receptors2007

    • Author(s)
      Muto, T.
    • Journal Title

      PNAS 104

      Pages: 3759-3764

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the ligand-binding domain of metabotropic glutamate receptor 7.2007

    • Author(s)
      Muto, T.
    • Journal Title

      Acta. Crystallogr. Sect. F 63

      Pages: 627-630

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary crystallographic study of DNA polymerase from Pyrococcus furiosus2007

    • Author(s)
      Nishida, H.
    • Journal Title

      Protein and Peptide Letters 14

      Pages: 403-405

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Visualization of intrinsically disordered regions of protein by high-speed atomic force microscopy2007

    • Author(s)
      宮城篤
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-23
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] DNA ligase/PCNA/DNA複合体の単粒子解析2007

    • Author(s)
      真柳浩太
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Differential Chromatin Dynamics Following Embryonic and Somatic Linker Histone Binding2007

    • Author(s)
      Godde, J. S.
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-14
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural View of the clamp-loading mechanism onto DNA2007

    • Author(s)
      Morikawa, K.
    • Organizer
      Albany 2007, The 15th Conversation
    • Place of Presentation
      Albany, USA
    • Year and Date
      2007-06-19
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural View of metabotropic glutamate receptor activation2007

    • Author(s)
      Morikawa, K.
    • Organizer
      INPEC meeting
    • Place of Presentation
      Jaca, Spain
    • Year and Date
      2007-06-13
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] PCNAを中心としたDNA複製装置複合体の形成と再編に関する研究2007

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      生体超分子構造 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Book] 生化学辞典 第4版2007

    • Author(s)
      今堀和友・山川民夫/監修
    • Total Pages
      1616
    • Publisher
      東京化学同人
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

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