| Project/Area Number |
18710174
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Applied genomics
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| Research Institution | Nara Institute of Science and Technology |
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Principal Investigator |
栗田 奈津子 Nara Institute of Science and Technology, バイオサイエンス研究科, 研究員 (00379570)
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| Project Period (FY) |
2006 – 2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
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| Keywords | 大腸菌 / 必須遺伝子 / 並列 / スクリーニング / マイクロアレイ / 化合物 / 標的遺伝子 / 遺伝子発現 / 生育速度 |
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| Research Abstract |
必須遺伝子の発現調節株の作製については、シングルコピープラスミドベクターへのクローニングをほぼ終了し、約300のプラスミドクローンを作製した。このクローンによる遺伝子産物の供給下で、染色体上の遺伝子を欠失して約130遺伝子分の発現調節株を作製した。残りの遺伝子は、約50は現在欠失構造の確認中であり、約75はプラスミドクローンの存在下でも染色体から遺伝子を欠失することができなかった。これらの遺伝子は、オペロン単位での操作等、本研究の方法とはべつの欠失手法が必要と考えられる。非必須遺伝子の発現調節株については、すでに作製されている単一遺伝子欠失株コレクション(Keio collection)に、欠失されている遺伝子のプラスミドクローンを導入して作製することを計画した。約100遺伝子のクローン化を前述のベクターで行ったが、最終的には約4,000遺伝子を標的とするため、接合によってプラスミドを導入するなどの効率のよいベクターが必要と考え、接合による移動能を備えたベクターを現在作製している。マイクロアレイによる発現調節株の並列的な検出系の開発は、前述の必須遺伝子の発現調節株セットを用いて行った。マイクロアレイスライドは当研究室ですでに準備されていた全ORFのN末端数十塩基分の合成オリゴをスポットしたものを使用した。昨年度に実施したプラスミドクローンDNAを個別に抽出してから混合し、マイクロアレイで検出する場合には、各プラスミドクローンの濃度をよく反映していたが、株を混合して生育させ、ここからプラスミドを抽出した場合には、個別の生育度から推定されるのとは異なったパターンの株濃度の検出が見られた。個別に生育させた場合と、混合培養での競争的生育の場合とでは、生育度合いが異なるのかもしれないが、検出系のアーティファクトとの区別ができないため、現在薬剤等の感受性が既知の株セットを作製して検出系の精度を検証することを試みている。
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