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架橋型アンチセンス核酸による転写活性制御法の開発

Research Project

Project/Area Number 18750147
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Chemistry related to living body
Research InstitutionKyoto Institute of Technology

Principal Investigator

小堀 哲生  Kyoto Institute of Technology, 工芸科学研究科, 助教 (00397605)

Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,700,000 (Direct Cost: ¥3,700,000)
Fiscal Year 2007: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2006: ¥3,000,000 (Direct Cost: ¥3,000,000)
Keywordsアンチセンス核酸 / 核酸プローブ / エテノアデノシン / 過酸化脂質 / DNA / RNA / クロスリンク
Research Abstract

アンチセンス核酸は人間の体内において、標的遺伝子のみを特異的に不活性化することができるため、様々な分野で応用され、現在では医薬品化されるにいたっている。しかしながら、これら核酸誘導体による標的遺伝子の認識能力は、形成された二重鎖の安定性だけに依存しているため、安定性に大きな差のない配列を誤認識するオフターゲット効果が起こることがあり、問題となっている。そこで我々は、標的遺伝子を共有結合を介して配列選択的に捕捉することのできる遺伝子発現制御法の開発を本研究の目的と定めた。
細胞中に存在するの過酸化脂質が核酸塩基部と付加体を形成することに着目し、その部分構造をモチーフとした4-オキソアルケナール基を導入した機能性核酸の開発を前年度に引き続き行った。4-オキソァルケナール基の保護方法を検討した結果、2-メトキシメチルフラン誘導体を与えることが明らかとなった。2-メトキシメチルフラン誘導体は、脱保護条件において、速やかに4-オキソアルケナール基を与えることから、これまでにない保護気を開発することができたといえる。この誘導体を導入したプローブと、相補鎖とのクロスリンク能を評価した結果、4-オキソアルケナール基の正面にシトシンが位置する配列の際に最も効率よく相補鎖とのクロスリンク反応が起こることを明らかとした。また、アデノシンが相補的な位置にきた際にもクロスリンク反応が起こり蛍光性の誘導体が精製することが明らかとなった。
本研究期間に得られた結果については、American Chemical Society national meeting、日本化学会春期年会、生体機能関連シンポジウムにおいて発表を行った。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2008 2007 2006

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Naphthyridine-tethered Oligonucleotides: Dye/DNA Conjugates for SNPs Assays2008

    • Author(s)
      A., Kobori・T., Mori・M., Ubayashi・A., Murakami
    • Journal Title

      Chemistry Letters 37

      Pages: 354-355

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microarray-based label-free detection of RNA using bispyrene-modified 2'-O-methyl oligoribonucleotide as capture and detection probe.2008

    • Author(s)
      T., Sakamoto・A., Kobori・A., Murakami
    • Journal Title

      Bioorg Med Chem Lett. 18

      Pages: 2590-2593

    • NAID

      120001856660

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis of naphthyridine-conjugated DNA probes and their application to SNPs typing.2008

    • Author(s)
      A., Kobori・T., Mori・M., Ubayashi・A., Murakami.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp Ser 51

      Pages: 309-310

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Journal Article] Synthesis and cross-linking activities of oligodeoxynucleotides containing a 4-oxoalkenal group.2007

    • Author(s)
      A.Kobori, T.Kobuchi, M.Ikeda, A.Murakami
    • Journal Title

      Nucleic acids symp. ser. 50

      Pages: 59-60

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Detection of L-DNA-tagged PCR products by surface plasmon resonance imaging.2007

    • Author(s)
      G.Hayashi, M.Hagihara, A.Kobori, K.Nakatani
    • Journal Title

      ChemBioChem 8

      Pages: 169-171

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Solid-phase detection of RNA using bispyrene-modified RNA probe2007

    • Author(s)
      T.Sakamoto, A.Kobori, A.Murakami
    • Journal Title

      Nucleic acids symp. ser. 50

      Pages: 215-216

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Various properties of polymeric carriers improved the transfection efficiency2007

    • Author(s)
      T.Hashimoto, A.Mahara, A.Kobori, A.Murakami, T.Yamaoka
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symp. Ser. 50

      Pages: 333-334

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Evaluation of mismatch-binding ligands as inhibitors for Rev-RRE interaction.2006

    • Author(s)
      K.Nakatani, S.Horie, Y.Goto, A.Kobori, S.Hagihara
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry 14

      Pages: 5384-5388

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] フランを導入した機能性核酸のクロスリンク能の評価2008

    • Author(s)
      小堀哲生・池田真人・山吉麻子・村上章
    • Organizer
      日本化学会春期年会
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2008-03-29
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] フランを導入したクロスリンク核酸の合成と評価2007

    • Author(s)
      小堀哲生・小渕喬・池田真人・村上章
    • Organizer
      生体機能関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2007-09-28
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Syntheses and cross-linking activities of furan-conjugated oligodeoxynucleotides.2007

    • Author(s)
      A., Kobori・T., Kobuchi・M., Ikeda・A., Murakami
    • Organizer
      American Chemical Society national meeting
    • Place of Presentation
      Boston
    • Year and Date
      2007-08-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

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