Development of statistical methods for phylogeny reconstruction using multilocus sequence data
Project/Area Number |
18770216
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Research Category |
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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Allocation Type | Single-year Grants |
Research Field |
Evolutionary biology
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
SEO Tae-kun The University of Tokyo, 大学院農学生命科学研究科, 特任助教 (60401189)
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Project Period (FY) |
2006 – 2008
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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Budget Amount *help |
¥3,770,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2006: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
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Keywords | 分子系統樹 / 距離行列法 / 分子進化 / ブートストラップ確率 |
Research Abstract |
複数の遺伝子の塩基配列を結合せずに、個別に解析する新しい分子系統樹推定法を開発した。また遺伝子と配列サイトを再抽出する2段階サンプリング方式を提案し、この方法の妥当性を哺乳類の核遺伝子の解析で検証した。新しい方法の適用により、遺伝子ごとに違う進化的特徴を保ちながら系統樹の不確実性を測ることができるようになった。分子進化モデルと分岐年代推定法の開発も並行して行い、哺乳類の分岐年代とミトコンドリアタンパク質コード遺伝子の同義置換・非同義置換の変動パタンを推定した。
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Report
(4 results)
Research Products
(27 results)
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[Journal Article] Rates of nucleotide substitution in Cornaceae (Cornales)-correlation between molecular variation and morphological change, Mol2008
Author(s)
Xiang, Q-Y, Thorne, J, Seo, T-K, Zhang, W., Thomas, D.,Ricklefs, R
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Journal Title
Phylogenet. Evol. 49
Pages: 327-342
Related Report
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[Journal Article] Rates of nucleotide substitution in Cornaceae (Cornales)-correlation between molecular variation and morphological change2008
Author(s)
Xiang, Q-Y, Thorne, J, Seo, T-K, Zhang, W., Thomas, D.,Ricklefs, R.
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Journal Title
Molecular Phylogenetics and Evolution 49
Pages: 327-342
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Peer Reviewed
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