• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

環境細菌のカタボライト調節分子メカニズムの解明

Research Project

Project/Area Number 18780051
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Applied microbiology
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

大坪 嘉行  Tohoku University, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)

Project Period (FY) 2006 – 2007
Project Status Completed (Fiscal Year 2007)
Budget Amount *help
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2006: ¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Keywords土壌細菌 / 環境細菌 / カタボライト調節メカニズム / PCB分解細菌 / 二成分調節系 / カタボライト調節 / beta-pretobacteria
Research Abstract

PCB分解菌であるAcidovorax sp. KKS102株と類縁の土壌細菌であるBurkholderia
multivorans ATCC 17616株のカタボライト調節をおこす炭素源について33種類の有機化合物について抑制炭素源となるかどうかについて解析を行った。その結果、抑制炭素源はKKS102株ではモノカルボン酸およびジカルボン酸である一方で、ATCC 17616株ではグルコースおよび関連する糖であることが見いだされた。すなわち二つの株で抑制炭素源となる炭素源が明瞭に異なることを見いだした。またATCC 17616株においてもKKS102株と同様にBphQホモログがカタボライト調節に関与することを見いだした。すなわち基質認識メカニズムが異なるにもかかわらず最終的にはシグナルは相同な因子に伝達されることが推測された。
生育速度が速いことは細胞のエネルギー状態が良好であることと密接に関連していると思われるが、細胞のエネルギー状態が良いことそのこと自体はカタボライト調節を引き起こすシグナルではないことを示唆する結果を得た。また、抑制基質と代謝経路上密接に関連する物質がかならずしも抑制炭素源ではないことがあることから抑制炭素源が抑制炭素源となるには抑制炭素源が細胞の外部に存在することが重要であることが示唆された。
これらと平行してカタボライト調節に関わる遺伝子が類縁菌ゲノムにおいてどのような遺伝子領域に存在するかについて効率よく解析するためのソフトウエアを作成した。

Report

(2 results)
  • 2007 Annual Research Report
  • 2006 Annual Research Report
  • Research Products

    (38 results)

All 2008 2007 2006 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (26 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Complete sequence determination combined with analysis of transposition/site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements2007

    • Author(s)
      Yano, H., et. al.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol. 369

      Pages: 11-26

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification and characterization of genes encoding a putative ABC-type transporter essential for the utilization of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT262007

    • Author(s)
      Endo, R., et. al.
    • Journal Title

      J. Bacteriol. 189

      Pages: 3712-3720

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Degradation of β-hexachlorocyclohexane by haloalkane dehalogenase LinB from γ-hexachlorocyclohexane-utilizing bacterium Sphingobium sp. MI12052007

    • Author(s)
      Ito, M., et. al.
    • Journal Title

      Arch. Microbiol. 188

      Pages: 313-325

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aerobic degradation of lindane (γ-hexachlorocyclohexane) in bacteria and its biochemical and molecular basis2007

    • Author(s)
      Nagata, Y., et. al.
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. and Biotechnol. 76

      Pages: 741-752

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 自然環境で実際に機能する微生物遺伝子の遺伝学的手法による検索と解析2007

    • Author(s)
      津田雅孝, ら
    • Journal Title

      化学と生物 45

      Pages: 557-563

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches.2007

    • Author(s)
      Ono A, Miyazaki R, Sota M, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
    • Journal Title

      Appl Microbiol Biotechnol. 74(2)

      Pages: 501-510

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Identification and Characterization of Genes Encoding a putative ABC-type Transporter Essential for the Utilization of {gamma}-Hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26.2007

    • Author(s)
      Endo R, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y.
    • Journal Title

      J Bacteriol. (in press)

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Growth inhibition by metabolites of gamma-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26.2006

    • Author(s)
      Endo R, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y
    • Journal Title

      Biosci Biotechnol Biochem 70(4)

      Pages: 1029-1032

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading beta-proteobacteria, Acidovorax sp. KKS102.2006

    • Author(s)
      Ohtsubo Y, Goto H, Nagata Y, Kudo T, Tsuda M
    • Journal Title

      Mol Microbiol. 60(6)

      Pages: 1563-1575

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Journal Article] Free in PMC Complete nucleotide sequence of an exogenously isolated plasmid, pLB1, involved in gamma-hexachlorocyclohexane degradation.2006

    • Author(s)
      Miyazaki R, Sato Y, Ito M, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
    • Journal Title

      Appl Environ Microbiol 72(11)

      Pages: 6923-6933

    • Related Report
      2006 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome Matcher比較ゲノム用ソフトウエア2008

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Pseudomonas putida KT2440株のゲノミックアイランドに存在するparAホモログのIncP-7群プラスミドによる転写誘導2008

    • Author(s)
      宮腰昌利, ら
    • Organizer
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] プラスミドの接合伝達に関与する受容菌側因子の同定2008

    • Author(s)
      宮崎亮, ら
    • Organizer
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] スフィンゴモナス属類縁細菌群の多彩な難分解性物質分解能を支えるゲノム的基盤2008

    • Author(s)
      永田 裕二, ら
    • Organizer
      第2回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] gamma-HCH分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの解析2008

    • Author(s)
      田端理朗, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] モデル土壌の有機塩素系殺虫剤gamma-HCHによる人工的汚染化に関する研究2008

    • Author(s)
      府中玄樹, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Signature-tagged mutagenesisによるBurkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境生残必須遺伝子の同定2008

    • Author(s)
      宮腰昌利, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の同定2008

    • Author(s)
      宮崎亮, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 2種の土壌細菌においてカタボライト調節をおこす抑制基質の解析2008

    • Author(s)
      石塚真祐子, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ハロアルカン脱ハロゲン酵素LinBの数アミノ酸の分岐を促した環境要因の探索2008

    • Author(s)
      伊藤通浩, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 比較ゲノム解析用ソフトウエアGenomeMatcherの開発2008

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Pseudomonas putida mt-2由来のTn3型トランスポゾンTn4651のcointegrate-resolutionに関与するシス・エレメントの解析2008

    • Author(s)
      矢野大和, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] スフィンゴビウム属細菌の細胞外膜安定性に関わるABCトランスポーター2008

    • Author(s)
      遠藤諒, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Pseudomonas putidaHS1株由来のトルエン分解プラスミドpDK1のゲノム解析2008

    • Author(s)
      長田和也, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名城大学天白キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 生態系での細菌ゲノム情報発現-遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索-2007

    • Author(s)
      津田雅孝, ら
    • Organizer
      極限環境微生物学会第8回シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学すずかけ台キャンパス
    • Year and Date
      2007-07-03
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional screening of genes for aromatic ring-hydroxylating oxyenases from soil metagenomic libraries2007

    • Author(s)
      A. Ono, ら
    • Organizer
      Metagenomics 2007
    • Place of Presentation
      San Diego, California, USA
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of the traD gene cluster involved in the conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH72007

    • Author(s)
      R. Miyazaki, ら
    • Organizer
      ASM Conference on Pseudomonas 2007
    • Place of Presentation
      Seattle, Washington, USA
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得2007

    • Author(s)
      永田裕二, ら
    • Organizer
      日本微生物生態学会第23回大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛媛大学城北キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHによる土壌の試験的汚染化に関する研究2007

    • Author(s)
      府中玄樹, ら
    • Organizer
      日本微生物生態学会第23回大会
    • Place of Presentation
      愛媛大学城北キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Signature-tagged mutagenesis法によるBurkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境必須遺伝子の同定2007

    • Author(s)
      宮腰昌利, ら
    • Organizer
      第23回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      愛媛大学城北キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] カイメン共在細菌メタゲノム由来のメタ開裂酵素遺伝子の取得と解析2007

    • Author(s)
      渡邊洋平, ら
    • Organizer
      第23回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      愛媛大学城北キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] メタゲノム的手法による土壌からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得と解析2007

    • Author(s)
      小野玲, ら
    • Organizer
      第23回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      愛媛大学城北キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析2007

    • Author(s)
      津田雅孝, ら
    • Organizer
      第59回日本生物工学会大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] カイメン共在細菌メタゲノム中のハロアルカン脱ハロゲン酵素遺伝子相同配列の解析2007

    • Author(s)
      荒井保亮, ら
    • Organizer
      第59回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] インドの高濃度HCH汚染根圏土壌から取得されたγ-HCH分解資化細菌Sphingomonas sp. MM-1株のγ-HCH分解関与遺伝子群に関する研究2007

    • Author(s)
      田端理朗, ら
    • Organizer
      第59回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] スフィンゴモナス属細菌の細胞膜の安定性に関わる新規ABCトランスポーター2007

    • Author(s)
      遠藤諒, ら
    • Organizer
      第30回分子生物学会年会・第80回生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      横浜市 パシフィコ横浜
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Book] 比較ゲノム学から読み解く生命システム〜基本概念から最新ゲノム情報まで(部分執筆)2007

    • Author(s)
      津田雅孝, ら
    • Publisher
      秀潤社
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks] GenomeMatcherプロジェクトホームページ

    • URL

      http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gm/gmhome.html

    • Related Report
      2007 Annual Research Report

URL: 

Published: 2006-04-01   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi