Genome-wide model to regulate the wide diversity of fruit shape in persimmon
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18H02199
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 39030:Horticultural science-related
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
Akagi Takashi 岡山大学, 環境生命科学学域, 研究教授 (50611919)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥16,510,000 (Direct Cost: ¥12,700,000、Indirect Cost: ¥3,810,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2019: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2018: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
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| Keywords | 果実 / バイオインフォマティクス / ゲノム進化 / 形状多様性 / カキ / 選択圧 / 共発現ネットワーク / 果実形状 / GWAS / 遺伝子倍化 / 新機能獲得 / 倍数体 / 果実形 / 倍数化 / 進化学 / 果樹 / トランスクリプトーム / 成熟期 / 進化 / ゲノムワイド解析 / 倍数性 |
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| Outline of Final Research Achievements |
We here attempted to identify genetic factors and evolutionary mechanisms to drive fruit shape diversity, which is specific to persimmon cultivars, from a genome-wide viewpoint. The draft whole-genome in a wild relative close to cultivated persimmon (Diospyros lotus) was assembled. With this reference genome, we identified gene co-expression networks associated with the fruit shape diversity, quantified with principal components of elliptic Fourier descriptors. Some cytokinin-related transcription factors, including KNAT1, exhibited persimmon-specific expression fluctuation in fruit, which was not observed in other fruit crops. This persimmon specific expression behaviors may be a key to express dynamic fruit shape diversities amongst the cultivars.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
「形」は作物の価値を決定する大きな要因であるとともに、その植物独自の進化過程を強く反映するものである。これまで葉や花といった器官における形の多様性研究はモデル植物を中心に活発に進められてきた。しかし「果実」器官の形状多様性については種間を横断する機構において遺伝子レベルでの共通性が無いことも多い。本研究におけるカキ果実の発現特異性の獲得機構は、この種特異的な形状多様性が生まれる根本的な要因に迫るものであり、将来的には、進化学的観点から見た際の系統特異的な果実進化の本質に至るものであると思われる。
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Report
(5 results)
Research Products
(4 results)
