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TERT異常に着目した肝発癌モデルの樹立と第三世代シーケンサーを用いたゲノム解析

Research Project

Project/Area Number 18J00565
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Gastroenterology
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

竹田 治彦  千葉大学, 医学研究院, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2018-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords肝癌 / 次世代シーケンサー / 第三世代シーケンサー / ゲノム解析 / TERT
Outline of Annual Research Achievements

COVID-19による研究活動の制約により、実験活動の継続が困難となったことを受け、次世代シークエンサーおよび第三世代シークエンサーを用いてこれまでに得られたデータの解析に加え、The Cancer Genome Atlas (TCGA) やInternational Cancer Genome Consortium (ICGC) にデポジットされた公開データベース上の次世代シークエンスデータを用いて、肝発癌のメカニズムについて追究する方針とした。
まず、昨年までに行った一分子リアルタイムシークエンスのデータの解析手法確立の延長で、昨年同様肝癌の最大の原因である肝炎ウイルスのロングリード解析を行った。肝癌においてヒトゲノムに挿入されることが知られているB型肝炎ウイルスゲノムの一分子リアルタイムシークエンスデータから、構造異常を加味した経時的な分子系統樹解析を行い、極めて複雑な構造異常を有するウイルスクローン集団が経時的にそのポピュレーションを変動させながら持続感染することが明らかとなった。近年、実際にヒト肝癌ゲノムに組み込まれているB型肝炎ウイルスゲノム配列の複雑性が国内外から報告されており、それらとの関連性については未検討であるが、今後ウイルス側のゲノム異常とヒトゲノム上のウイルス断片配列との関連などは重要な検討事項になると考えられた。
次に、ICGCやTCGAといった国際的ながんゲノム解析プロジェクトで登録された公開データベースから得られる、多段階肝発癌に関わる早期肝癌・進行肝癌のシークエンスデータより、肝癌および肝臓非癌部(主に肝硬変)の変異データおよび遺伝子発現データを収集して解析した。サイズの大きなデータ解析となり、今年度で終了できる解析ではなく、採用終了後も引き続きデータ解析を続行する予定とする。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (1 results)

All 2020

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results)

  • [Journal Article] Single-molecular real-time deep sequencing reveals the dynamics of multidrug resistant haplotypes and structural variations in the hepatitis C virus genome.2020

    • Author(s)
      Yamashita T, Takeda H, Takai A, Arasawa S, Nakamura F, Mashimo Y, Hozan M, Ohtsuru S, Seno H,Ueda Y, Sekine A
    • Journal Title

      Sci. Rep,

      Volume: 10 Issue: 1 Pages: 2651-2651

    • DOI

      10.1038/s41598-020-59397-2

    • NAID

      120006844879

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-05-01   Modified: 2024-03-26  

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