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第一原理分子動力学法の反応経路地図解析と励起ダイナミクスへの展開

Research Project

Project/Area Number 18J20856
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Physical chemistry
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

堤 拓朗  北海道大学, 大学院総合化学院, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2018-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥2,800,000 (Direct Cost: ¥2,800,000)
Fiscal Year 2020: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2019: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Keywords固有反応座標 / 反応経路地図 / Ab initio分子動力学法 / 動的反応過程 / 古典的多次元尺度構成法 / 次元縮約反応空間 / 励起状態ダイナミクス / スチルベン / ab initio分子動力学法 / 反応経路自動探索法 / グローバル反応経路地図 / 動的反応経路 / 可視化 / SN2反応 / 経路分岐 / IRC-jump
Outline of Annual Research Achievements

固有反応座標(IRC)はポテンシャルエネルギー曲面(PES)において反応物、遷移状態構造、生成物を結ぶ最小エネルギー経路であり、IRCに沿った構造変化やエネルギー変化から化学反応に関する直観的描像が得られる。近年、反応経路自動探索法により複数の異性体がIRCで結ばれた反応経路地図が構築され、反応機構解析へと展開されている。しかし、実際の分子系は運動量を持って反応するためダイナミクスの効果も重要である。経験的なパラメータを必要としないab initio分子動力学法は運動量が考慮された動的反応過程を与えるが、膨大な時系列データであるため恣意性なしに反応に関与する情報を抜き出すことは困難であった。PES上のエネルギー的に重要な領域である反応経路地図上で反応ダイナミクスを表現できれば、複雑な動的反応過程を複数のIRCを参照しながら解析可能になる。昨年度までに、多次元データ縮約法(古典的多次元尺度構成法)による化学反応空間の可視化に取り組み、反応ダイナミクスを表現するための舞台を構築してきた。
本年度は可視化された反応空間へ動的反応過程を埋め込む方法論を整備し、二分子衝突反応や金5量体の分岐反応、異性化反応へ適用することで、従来の反応ダイナミクス解析では見落とされていたIRCから他のIRCへ乗り移るようなIRC-jump過程を見出した。特に金5量体の分岐反応では、IRC-jumpによって到達可能な生成物領域が決定づけられることを明らかにした。さらに当該年度では、本手法をcis-スチルベンの光化学反応解析へ拡張した。本研究では、基底状態及び励起状態PESにおける重要な座標領域を含む多状態反応空間を構築し、光励起後から基底状態へ失活するまでの動的反応過程を可視化した。これにより、本手法は励起状態ダイナミクスと基底状態への失活ダイナミクスを包括的に議論可能なツールであることが実証された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (34 results)

All 2021 2020 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results) Presentation (24 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results,  Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Copenhagen(デンマーク)

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      2020 Annual Research Report
  • [Journal Article] Real-Time Probing of an Atmospheric Photochemical Reaction by Ultrashort Extreme Ultraviolet Pulses: Nitrous Acid Release from o-Nitrophenol2021

    • Author(s)
      Nitta Yuki、Schalk Oliver、Igarashi Hironori、Wada Satoi、Tsutsumi Takuro、Saita Kenichiro、Taketsugu Tetsuya、Sekikawa Taro
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 674-679

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c03297

    • NAID

      120007181812

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Visualization of the Dynamics Effect: Projection of on-the-Fly Trajectories to the Subspace Spanned by the Static Reaction Path Network2020

    • Author(s)
      Tsutsumi Takuro, Ono Yuriko, Arai Zin, Taketsugu Tetsuya
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 16 Issue: 7 Pages: 4029-4037

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.0c00018

    • NAID

      120007044513

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Geometric analysis of anharmonic downward distortion following paths2020

    • Author(s)
      Ebisawa Shuichi、Tsutsumi Takuro、Taketsugu Tetsuya
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 42 Issue: 1 Pages: 27-39

    • DOI

      10.1002/jcc.26430

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      2020 Annual Research Report
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  • [Journal Article] A Report of the Science Experimental Lecture at Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University: pH Measurement Experiment Using Paper Device2020

    • Author(s)
      彦樺, 愉; 雄士, 小松; 優華, 文野; 拓朗, 堤; 雄大, 小川;
    • Journal Title

      科学技術コミュニケーション

      Volume: 26 Pages: 17-28

    • DOI

      10.14943/92750

    • NAID

      120006814301

    • ISSN
      1881-8390
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      2019 Annual Research Report
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  • [Journal Article] On-the-fly molecular dynamics study of the excited-state branching reaction of α-methyl-cis-stilbene2018

    • Author(s)
      Takuro, Tsutsumi; Yu, Harabuchi; Rina, Yamamoto; Satoshi, Maeda; Tetsuya, Taketsugu;
    • Journal Title

      Chemical Physics

      Volume: 515 Pages: 564-571

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2018.08.017

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A visualization of the intrinsic reaction coordinate and global reaction route map by classical multidimensional scaling2018

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 14 Issue: 8 Pages: 4263-4270

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00176

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      2018 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Analyses of trajectory on-the-fly based on the global reaction route map2018

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yu Harabuchi, Yuriko Ono, Satoshi Maeda, and Tetsuya Taketsugu
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 20 Issue: 3 Pages: 1364-1372

    • DOI

      10.1039/c7cp06528k

    • NAID

      120006549168

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  • [Presentation] 次元縮約反応空間におけるon-the-fly古典軌道解析2021

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学2021」
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      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 多次元データ縮約法による反応経路地図の可視化:光励起反応への適用2020

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 武次徹也
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      化学反応経路探索のニューフロンティア2020
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  • [Presentation] 次元縮約反応経路地図に基づくon-the-fly古典軌道解析2020

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      分子科学会 オンライン討論会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 静的反応経路に基づく動的反応過程の直観的描像2020

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      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
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      日本化学会 第100春季年会 (2020)
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 多次元データ縮約法によるon-the-fly古典軌道のIRC空間への射影2020

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      凝縮系の理論化学2020
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 時間分解光電子分光法によるo-ニトロフェノールの超高速光解離反応の観測2020

    • Author(s)
      新田優輝, Schalk Oliver, 和田諒, 堤拓朗, 武次徹也, 金島圭佑, 関川太郎
    • Organizer
      レーザー学会第40回年次大会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 主座標分析による静的反応経路の可視化と動的反応経路の埋め込み2019

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      第42回ケモインフォマティクス討論会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Analysis of dynamical reaction mechanisms based on projected IRC pathway2019

    • Author(s)
      Takuro, Tsutsumi; Yuriko, Ono; Zin, Arai; Tetsuya, Taketsugu;
    • Organizer
      International & Interdisciplinary Workshop on Chemical Reaction Dynamics Mathematics Informatics, and Physics Meet Chemistry
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 時間分解光電子分光法によるo-ニトロフェノールの超高速光解離反応の観測2019

    • Author(s)
      新田優輝, Schalk Oliver, 和田諒, 堤拓朗, 武次徹也, 金島圭佑, 関川太郎
    • Organizer
      第13回分子科学討論会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 次元縮約法による ab initio MD 古典軌道の射影と動力学効果に関する理論的研究2019

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      化学反応経路探索のニューフロンティア2019
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Visualization of static and dynamic reaction pathways based on dimensionality reduction method2019

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu;
    • Organizer
      10th Graduate School of Chemical Sciences and Engineering and Ambitious Leader’s Program International Summer School
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualization technique of dynamical reaction pathways: application to non-IRC pathways of SN2 reaction2019

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu;
    • Organizer
      XV International Workshop on Quantum Reactive Scattering (QRS2019 Workshop)
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      2019 Annual Research Report
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  • [Presentation] How to visualize chemical reaction pathways into 2-dimensional space: methodology and application2019

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu;
    • Organizer
      The National Taiwan University of Science & Technology-Hokkaido University Workshop
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] How to visualize chemical reaction pathways into 2-dimensional space: methodology and application2019

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu;
    • Organizer
      National Taipei University of Technology Hokkaido University Students joint symposium in 2019
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] How to visualize chemical reaction pathways into 2-dimensional space: methodology and application2019

    • Author(s)
      Takuro Tsutsumi, Yuriko Ono, Zin Arai, Tetsuya Taketsugu;
    • Organizer
      National Central University-Hokkaido University Joint Symposium on Materials Chemistry and Physics 2019
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] From static to dynamic picture: elucidation of dynamics effects from on-the-fly trajectory analyses2019

    • Author(s)
      Takuro, Tsutsumi; Yuriko, Ono; Zin, Arai; Tetsuya, Taketsugu;
    • Organizer
      35th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
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      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 多次元データ縮約法による動的反応経路の可視化2019

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
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      第22回理論化学討論会
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      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 多次元データ縮約法に基づいた固有反応座標及び反応経路ネットワークの可視化2019

    • Author(s)
      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会(2019)
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  • [Presentation] 古典的多次元尺度構成法に基づく反応経路地図の可視化2018

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      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
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      ポスト「京」重点課題5「エネルギーの高効率な創出、変換・貯蔵、利用の新規基盤技術の開発」第5回公開シンポジウム
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  • [Presentation] 多次元尺度構成法に基づく固有反応座標および反応経路ネットワークの可視化2018

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      堤 拓朗, 小野ゆり子, 荒井 迅, 武次徹也
    • Organizer
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      堤 拓朗, 山本梨奈, 原渕 祐, 前田 理, 武次徹也
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      Takuro, Tsutsumi; Yu, Harabuchi; Yuriko, Ono; Satoshi, Maeda; Tetsuya, Taketsugu;
    • Organizer
      Geometry of Chemical Reaction Dynamics in Gas and Condensed Phases
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      2018 Annual Research Report
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  • [Presentation] Analyses of AIMD Trajectory based on the global reaction route map: application to the structural transformations of gold cluster2018

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      Takuro, Tsutsumi; Yu, Harabuchi; Yuriko, Ono; Satoshi, Maeda; Tetsuya, Taketsugu;
    • Organizer
      2018 The 9th CSE Summer School
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      2018 Annual Research Report
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  • [Presentation] 静的反応経路網に基づくAIMD古典軌道解析2018

    • Author(s)
      堤 拓朗, 原渕 祐, 小野ゆり子, 前田 理, 武次徹也
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
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      2018 Annual Research Report
  • [Remarks] PM2.5から光化学スモッグ原因物質が発生するメカニズムを解明

    • URL

      https://www.hokudai.ac.jp/news/2021/01/pm25.html

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      2020 Annual Research Report
  • [Remarks] 数理科学的手法に基づいた反応経路ネットワークの可視化法をJCTCに発表

    • URL

      https://ambitious-lp.sci.hokudai.ac.jp/report/research/research-introduction/repo_10962.html

    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2018-05-01   Modified: 2024-03-26  

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