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Elucidation of the Fibrillization Mechanism of an ALS-Related Protein SOD1

Research Project

Project/Area Number 18J22192
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeSingle-year Grants
Section国内
Research Field Biophysics
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

岩川 直都  京都大学, 工学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2018-04-25 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2020: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2019: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2018: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywordsアミロイド線維 / Rheo-NMR / 構造変化 / ALS / SOD1 / アミロイド / 高分子混雑 / NMR / superoxide dismutase 1 / せん断力 / 構造安定性
Outline of Annual Research Achievements

細胞内を模倣した混雑環境におけるアミロイド形成機構の解析
昨年度までの研究により、細胞内を模倣した混雑環境ではoff-pathway状態が安定化されることによりSOD1のアミロイド線維形成が抑制されることを明らかにしている。
本年度は、このoff-pathway状態、特に混雑分子との結合状態についてより詳細に解析するために、NMR滴定実験を行った。NMR滴定実験の結果、SOD1は混雑分子と弱く相互作用していることが明らかとなった。さらに、変性構造のSOD1について同様のNMR滴定実験を行うことで、比較的強い相互作用が存在することを明らかにした。これらの相互作用が、線維の前駆体である混雑分子と結合していない変性状態の存在比を低下させ、アミロイド線維形成を抑制する機構を明らかにした。以上の研究成果をまとめ、国際学術雑誌へ論文を投稿した。

Rheo-NMR法を用いたアミロイド形成機構の解析
アミロイド線維形成過程におけるSOD1のNMRシグナルの時間変化を解析した。アミロイド形成に伴い、多くのピークは一様なピーク強度減少を示す一方、一部の残基において特徴的な強度変化を示すピークが見られた。特徴的な強度変化として、①遅延時間で他のピークよりも大きくシグナル強度が減少するもの、②線維形成終了後にシグナル強度が0にならずNMRシグナルとして観測可能なものの2点が挙げられる。これらの知見は、①アミロイド形成に先立ち構造が壊れる領域および②アミロイド線維またはオリゴマー中で柔軟な構造を有する領域であることを示唆している。さらに、CLEANEX-PM測定により、遅延時間において水素交換速度が抑制される残基を特定した。これは、これらの残基を介した分子間相互作用により線維の核が形成することを示唆している。これらは、SOD1のアミロイド形成に関する初めての残基分解能での構造変化情報であると考えている。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(3 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2021 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Stockholm University(スウェーデン)

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Journal Article] Transient Diffusive Interactions with a Protein Crowder Affect Aggregation Processes of Superoxide Dismutase 1 β-Barrel2021

    • Author(s)
      Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Leeb Sarah、Shirakawa Masahiro、Danielsson Jens、Sugase Kenji
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Issue: 10 Pages: 2521-2532

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11162

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Conformational exchange in the potassium channel blocker ShK2019

    • Author(s)
      Iwakawa Naoto、Baxter Nicola J.、Wai Dorothy C. C.、Fowler Nicholas J.、Morales Rodrigo A. V.、Sugase Kenji、Norton Raymond S.、Williamson Mike P.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1038/s41598-019-55806-3

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Rheo-NMR法を用いたSOD1アミロイド形成機構の高分解能構造解析2019

    • Author(s)
      岩川 直都、森本 大智、Erik Walinda、白川 昌宏、菅瀬 謙治
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamic Analysis of Amyloid Formation of Superoxide Dismutase 1 Using Rheo-NMR Spectroscopy2019

    • Author(s)
      Naoto Iwakawa、Daichi Morimoto、Erik Walinda、Masahiro Shirakawa、Kenji Sugase
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Elucidation of the Fibrillization Mechanism of an ALS-Related Protein SOD1 by Using Novel Rheo-NMR Spectroscopy2018

    • Author(s)
      Naoto Iwakawa, Daichi Morimoto, Erik Walinda, Masahiro Shirakawa, Kenji Sugase
    • Organizer
      28th International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-05-01   Modified: 2024-03-26  

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