• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Structural basis for nucleosome reconstitution mechanism by FACT

Research Project

Project/Area Number 18K06064
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43010:Molecular biology-related
Research InstitutionOsaka University (2022)
Yokohama City University (2018-2021)

Principal Investigator

Tsunaka Yasuo  大阪大学, 大学院工学研究科, 特任講師(常勤) (40551552)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
KeywordsFACT / クロマチンリモデリング / 構造生物学 / ヌクレオソーム
Outline of Final Research Achievements

I determined cryo-EM structures of 112-bp nucleosome complexed with the FACT-pAID (phosphorylated acidic intrinsically disordered) region. The structure discovered extensive contacts between the pAID region and histones H2A, H2B, and H3, suggesting that FACT is competent to direct functional replacement of a nucleosomal DNA end by pAID. Using NMR, I also clarified that the histone H3 N-terminal tails, unobserved in the cryo-EM structure, adopt two different conformations: one corresponds to the original nucleosome site buried in two DNA gyres, whereas the other, comprising pAID and DNA, is more exposed to the solvent. These findings highlight that accessible conformations of H3 tails are created by the replacement of nucleosomal DNA with pAID of FACT.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

電子顕微鏡構造の研究成果は、転写や複製などによるクロマチン構造変化で一時的にヌクレオソームDNAがヒストンからはがれても、FACTがその機能を補う事で、ヌクレオソーム構造を維持し、ヒストンのエピジェネティックな記憶を保持していることを示唆した。NMR解析の研究成果は、FACTはヌクレオソームと結合することでヒストンH3テイルをDNAから解放することが明らかとなった。これらの研究成果は、クロマチン構造変化を理解する上でこれまで想像もつかなかった新たな観点を与え、クロマチン構造変化やエピジェネティクス制御を研究する研究者に大きなインパクトを与えた。

Report

(6 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2022 2021 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] FACT modulates the conformations of histone H2A and H2B N-terminal tails within nucleosomes2022

    • Author(s)
      Tsunaka Yasuo、Ohtomo Hideaki、Nishimura Yoshifumi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 814-814

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03785-z

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamic structures of intrinsically disordered proteins related to the general transcription factor TFIIH, nucleosomes, and histone chaperones2022

    • Author(s)
      Okuda Masahiko、Tsunaka Yasuo、Nishimura Yoshifumi
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 14 Issue: 6 Pages: 1449-1472

    • DOI

      10.1007/s12551-022-01014-9

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Histone tail network and modulation in a nucleosome2022

    • Author(s)
      Tsunaka Yasuo、Furukawa Ayako、Nishimura Yoshifumi
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 75 Pages: 102436-102436

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2022.102436

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Partial Replacement of Nucleosomal DNA with Human FACT Induces Dynamic Exposure and Acetylation of Histone H3 N-Terminal Tails2020

    • Author(s)
      Tsunaka Yasuo、Ohtomo Hideaki、Morikawa Kosuke、Nishimura Yoshifumi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Issue: 10 Pages: 101641-101641

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101641

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural visualization of key steps in nucleosome reorganization by human FACT2019

    • Author(s)
      Mayanagi Kouta、Saikusa Kazumi、Miyazaki Naoyuki、Akashi Satoko、Iwasaki Kenji、Nishimura Yoshifumi、Morikawa Kosuke、Tsunaka Yasuo
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Issue: 1 Pages: 10183-10183

    • DOI

      10.1038/s41598-019-46617-7

    • NAID

      120007133123

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] クライオ電顕構造とNMR解析を組み合わせてFACTを介したヒストンテイルの動的構造変化にせまる2021

    • Author(s)
      津中 康央, 大友 秀明, 森川 耿右, 西村 善文
    • Organizer
      第39回染色体ワークショップ・ 第20回核ダイナミクス研究会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] FACTを介したヒストンH2A、H2Bテイルの動的構造変化の解明2021

    • Author(s)
      津中 康央, 大友 秀明, 森川 耿右, 西村 善文
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] FACT蛋白質はヌクレオソームの動的構造変化を誘導し、そのアクセスビリティを制御する2021

    • Author(s)
      津中 康央
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 相関構造生物学によるFACTを介したヒストンH3テイルの動的構造変化の解明2021

    • Author(s)
      津中 康央, 大友 秀明, 森川 耿右, 西村 善文
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] FACTによるクロマチンリモデリングで鍵となるヒストンH3テイルの動的挙動2021

    • Author(s)
      津中康央, 大友秀明, 森川耿右, 西村善文
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] FACT-ヌクレオソーム複合体の電顕構造では可視化できないヒストンテイルの動的挙動をNMRで明らかにする2020

    • Author(s)
      津中康央, 大友秀明, 森川耿右, 西村善文
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 津中 康央,真柳 浩太,七種 和美,宮崎 直幸,明石 知子,岩崎 憲治,西村 善文,森川 耿右2019

    • Author(s)
      FACTを介したクロマチンリモデリング機構のスナップショットを立体構造で可視化する
    • Organizer
      第13回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 津中 康央,真柳 浩太,七種 和美,宮崎 直幸,明石 知子,岩崎 憲治,西村 善文,森川 耿右2019

    • Author(s)
      電子顕微鏡構造からFACTを介したクロマチンリモデリングの分子機構にせまる
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 津中 康央,真柳 浩太,七種 和美,宮崎 直幸,明石 知子,岩崎 憲治,西村 善文,森川 耿右2019

    • Author(s)
      FACTによって引き起こされるヘキサゾーム構造の電子顕微鏡解析
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] ヌクレオソーム構造変換におけるFACT酸性天然変性領域の新たな分子機能2018

    • Author(s)
      津中 康央、真柳 浩太、七種 和美、宮崎 直幸、明石 知子、岩崎 憲治、西村 善文、森川 耿右
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Remarks] ヒストンテイルの動的構造変化を解明

    • URL

      https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2020/201022nishimurayoshihumi.html

    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2018-04-23   Modified: 2024-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi