Addressing a model of mycobacterium evolution via sexual reproduction: approaches by molecular genetics and population genomics
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18K06357
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 45020:Evolutionary biology-related
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
Yano Hirokazu 東北大学, 生命科学研究科, 講師 (20646773)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | 抗酸菌 / プラスミド / 集団ゲノミクス / ゲノム / 系統進化 / 非結核性抗酸菌 / 遺伝的集団構造 / 地域適応 / 接合 |
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| Outline of Final Research Achievements |
We revealed population structure of M.avium subsp.hominisuiss (MAH) using publicly available genomic data, then detected exchanges of chromosomal fragments between two lineages one carrying many recombination footprints and the other carrying little. We found a recombination-cold region on the MAH chromosome, wherein the polymorphism can be used as lineage markers for genotyping. We released complete genome sequences of 5 MAH strains after polishing sequences. We obtained evidence that MAH carry plasmids.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
抗酸菌の一種Mycobacterium avium (MAC菌) は難治性の肺MAC症の原因菌である。日本で社会問題となっているM.aviumが組換えを行う菌種であることはゲノム情報から推察されているものの、実験による再現が報告されていない。本研究は日本の M.aviumがどのような条件で何の遺伝子を交換しているのか解明することを見据え、それを実現するための実験系構築とデータセット構築を目指したものである。得られる情報は今後のM.aviumを用いた分子遺伝学実験や細菌GWAS研究に有用な知見を提供すると期待される。
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Report
(5 results)
Research Products
(12 results)
