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High sensitive and comprehensive liquid biopsy by digital NGS

Research Project

Project/Area Number 18K07999
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 53010:Gastroenterology-related
Research InstitutionUniversity of Yamanashi

Principal Investigator

Shinichi Takano  山梨大学, 大学院総合研究部, 講師 (80377506)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsリキッドバイオプシー / 分子バーコード / 次世代シークエンス / 膵癌 / 遺伝子解析 / ct DNA / デジタル次世代シークエンス / 消化器癌 / 体液生検
Outline of Final Research Achievements

We assessed the utility of precise tag sequencing that eliminates PCR and sequence error-derived noises. Digital PCR was conducted for 45 patients with KRAS mutation in the EUS-FNA samples. Tag sequence of cfDNA was performed for patients with >2% allele frequency in KRAS by digital PCR. Tag sequence could detect mutations in KRAS (44%) and TP53 (28%) as well as copy number alterations in CCND2 (1 case), FGFR1 (1 case), and MYC (2 cases). Tag sequence for cfDNA and EUS-FNA samples was possible and could be informative for the clinical implication and therapeutic decisions. These results would lead to further development toward the improvement of prognosis of pancreatic cancer.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

採血検体から組織と同じ変異が高率に検出可能であった。実際の臨床検体を用いて、単一遺伝子のみならず網羅的な遺伝子解析が可能であったことを確認できた点が有意義である。さらに、変異DNA量が少ない検体で次世代シークエンスを行う場合、配列の読み間違い、ノイズが発生するが、分子バーコードを使用することでそれを大幅に軽減できたことを確認した点、および治療標的となりうる遺伝子異常が検出可能であった点、変異遺伝子の割合を追うことで、治療のモニタリングが可能であることを示せた点で、将来への臨床応用の可能性が近付いた。

Report

(4 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 6 results) Presentation (15 results)

  • [Journal Article] MiR-10a in Pancreatic Juice as a Biomarker for Invasive Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm by miRNA Sequencing2021

    • Author(s)
      Kuratomi Natsuhiko、Takano Shinichi、Fukasawa Mitsuharu、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Issue: 6 Pages: 3221-3221

    • DOI

      10.3390/ijms22063221

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Digital next‐generation sequencing of cell‐free DNA for pancreatic cancer2021

    • Author(s)
      Takano Shinichi、Fukasawa Mitsuharu、Shindo Hiroko、Takahashi Ei、Fukasawa Yoshimitsu、Kawakami Satoshi、Hayakawa Hiroshi、Kuratomi Natsuhiko、Kadokura Makoto、Maekawa Shinya、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      JGH Open

      Volume: 5 Issue: 4 Pages: 508-516

    • DOI

      10.1002/jgh3.12530

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Clinical significance of genetic alterations in endoscopically obtained pancreatic cancer specimens2021

    • Author(s)
      Takano Shinichi、Fukasawa Mitsuharu、Shindo Hiroko、Takahashi Ei、Hirose Sumio、Fukasawa Yoshimitsu、Kawakami Satoshi、Hayakawa Hiroshi、Kuratomi Natsuhiko、Kadokura Makoto、Maekawa Shinya、Sato Tadashi、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      Cancer Medicine

      Volume: 10 Issue: 4 Pages: 1264-1274

    • DOI

      10.1002/cam4.3723

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Form-Vessel Classification of Cholangioscopy Findings to Diagnose Biliary Tract Carcinoma’s Superficial Spread2020

    • Author(s)
      Fukasawa Yoshimitsu、Takano Shinichi、Fukasawa Mitsuharu、Maekawa Shinya、Kadokura Makoto、Shindo Hiroko、Takahashi Ei、Hirose Sumio、Kawakami Satoshi、Hayakawa Hiroshi、Yamaguchi Tatsuya、Nakayama Yasuhiro、Inoue Taisuke、Sato Tadashi、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Issue: 9 Pages: 3311-3311

    • DOI

      10.3390/ijms21093311

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fractionated small cell‐free DNA increases possibility to detect cancer‐related gene mutations in advanced colorectal cancer2020

    • Author(s)
      Ishida Yasuaki、Takano Shinichi、Maekawa Shinya、Yamaguchi Tatsuya、Yoshida Takashi、Kobayashi Shoji、Iwamoto Fumihiko、Kuno Toru、Hayakawa Hiroshi、Matsuda Shuya、Fukasawa Mitsuharu、Shindo Hiroko、Inoue Taisuke、Nakayama Yasuhiro、Ichikawa Daisuke、Sato Tadashi、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      JGH Open

      Volume: 4 Issue: 5 Pages: 978-986

    • DOI

      10.1002/jgh3.12379

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mutational Patterns in Pancreatic Juice of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms and Concomitant Pancreatic Cancer2019

    • Author(s)
      Takano Shinichi、Fukasawa Mitsuharu、Kadokura Makoto、Shindo Hiroko、Takahashi Ei、Hirose Sumio、Fukasawa Yoshimitsu、Kawakami Satoshi、Hayakawa Hiroshi、Maekawa Shinya、Mochizuki Kunio、Kawaida Hiromichi、Kono Hiroshi、Itakura Jun、Sato Tadashi、Ichikawa Daisuke、Enomoto Nobuyuki
    • Journal Title

      Pancreas

      Volume: 48 Issue: 8 Pages: 1032-1040

    • DOI

      10.1097/mpa.0000000000001371

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Carcinoembryonic antigen level in the pancreatic juice is effective in malignancy diagnosis and prediction of future malignant transformation of intraductal papillary mucinous neoplasm of the pancreas2019

    • Author(s)
      Hayakawa, H. Fukasawa, M. Sato, T. Takano, S. Kadokura, M. Shindo, H. Takahashi, E. Hirose, S. Kawakami, S. Fukasawa, Y. Maekawa, S. Inoue, T. Yamaguchi, T. Nakayama, Y. Kawaida, H. Kono, H. Mochizuki, K. Kondo, T. Ichikawa, D. Enomoto, N.
    • Journal Title

      J Gastroenterol

      Volume: 54 Issue: 11 Pages: 1029-1037

    • DOI

      10.1007/s00535-019-01592-8

    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 治療標的探索を目指した膵癌の EUS-FNA検体による遺伝子解析2021

    • Author(s)
      高野伸一、深澤光晴、榎本信幸
    • Organizer
      第107回日本消化器病学会総会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 個別化医療を目指した分子バーコード併用次世代シークエンスによる膵癌リキッドバイオプシー2020

    • Author(s)
      高野伸一, 深澤光晴, 榎本信幸
    • Organizer
      第106回日本消化器病学会総会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 腫瘍分画濃縮cfDNAの次世代シークエンスによる高感度網羅的リキッドバイオプシーの開発2020

    • Author(s)
      石田泰章、高野伸一、榎本信幸
    • Organizer
      第106回日本消化器病学会総会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 膵液での悪性IPMN診断を目指した次世代シークエンスによる網羅的microRNA解析2020

    • Author(s)
      倉富夏彦、高野伸一、榎本信幸
    • Organizer
      第106回日本消化器病学会総会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 膵癌の個別化医療を目指したEUS-FNA検体による次世代シークエンス解析2020

    • Author(s)
      高野伸一、深澤光晴、榎本信幸
    • Organizer
      第98回 日本消化器内視鏡学会総会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 予後不良な膵癌の個別化医療を目指したEUS-FNA検体による次世代シークエンス解析2020

    • Author(s)
      高野伸一、深澤光晴、榎本信幸
    • Organizer
      第28回 JDDW
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸癌の個別化治療をめざした腫瘍由来濃縮cfDNAによる高感度リキッドバイオプシーの開発2019

    • Author(s)
      石田泰章, 高野伸一, 榎本信幸
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      第105回 日本消化器病学会総会
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 膵癌の個別化医療を目指したデジタル次世代シークエンスによるリキッドバイオプシー2019

    • Author(s)
      高野伸一, 深澤光晴, 榎本信幸
    • Organizer
      第105回 日本消化器病学会総会
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 膵癌のPrecision medicineを目指したEUS-FNA検体の次世代シークエンス解析2019

    • Author(s)
      高野伸一, 深澤光晴, 榎本信幸
    • Organizer
      第105回 日本消化器病学会総会
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 切除不能膵癌の予後予測および治療標的同定を目指したEUS-FNA検体の次世代シークエンス解析2019

    • Author(s)
      高野伸一, 深澤光晴, 榎本信幸
    • Organizer
      第97回 日本消化器内視鏡学会総会
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸癌の個別化治療をめざした腫瘍由来濃縮cfDNAによる次世代シークエンス解析の試み2019

    • Author(s)
      石田泰章, 高野伸一, 榎本信幸
    • Organizer
      第27回 JDDW
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      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 膵癌の個別化医療を目指したデジタル次世代シークエンスによるリキッドバイオプシー2019

    • Author(s)
      高野伸一、深澤光晴、榎本信幸
    • Organizer
      第105回日本消化器病学会総会
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  • [Presentation] 膵癌のPrecision medicineを目指したEUS-FNA検体の次世代シークエンス解析2019

    • Author(s)
      高野伸一、深澤光晴、榎本信幸
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      第105回日本消化器病学会総会
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  • [Presentation] 新しい経口胆道鏡所見分類法の生検病理と遺伝子解析による妥当性評価2019

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      深澤佳満、高野伸一、榎本信幸
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      第105回日本消化器病学会総会
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      2018 Research-status Report
  • [Presentation] 大腸癌の個別化治療をめざした腫瘍由来濃縮cfDNAによる高感度リキッドバイオプシーの開発2019

    • Author(s)
      石田泰章、高野伸一、榎本信幸
    • Organizer
      第105回日本消化器病学会総会
    • Related Report
      2018 Research-status Report

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Published: 2018-04-23   Modified: 2022-01-27  

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