オントロジーと深層学習の融合による生命情報推論システム
| Project/Area Number |
18K11522
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
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| Research Institution | Fujitsu Limited (Fujitsu Research) |
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Principal Investigator |
村上 勝彦 富士通株式会社(富士通研究所), その他部局等, 研究員 (30344055)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高松 邦彦 東京工業大学, 企画本部, マネジメント教授 (80392017)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | ナレッジグラフ / オントロジー / 遺伝子 / 推論 / 分散表現 / 自然言語処理 / 疾患 / 薬剤 / 深層学習 / 知識表現 / 遺伝子変異 / セマンティックウェブ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
この研究の主な目指すところは、新しい推論技術の開発であり、そのためには専門家が策定したオントロジー（用語とその関係性）と、テキストから自動的に生成される分散表現（多次元ベクトル）を結合的に利用する。これまでに、テストケースとして採用される分野を厳選し、「がん」と「アルツハイマー」を選択した。これらの特定の領域で、テキストデータ、オントロジーデータ、そして主に知識を表現することに注目したデータベースの使用を考慮している。
分散表現の取得手法は大きく二つに分けられる。一つは自然言語のコーパスデータを活用して分散表現を取得する「自然言語志向」の方法であり、もう一つはより体系的に整理された情報が格納されたグラフデータベースからエンティティと関連性を抽出する「グラフ志向」の方法である。この研究では、これらの二つのアプローチを平行して推進している。
昨年度までで、自然言語志向のアプローチとして、PubMed Central (PMC) のテキストデータの一部を自動取得した。また、アルツハイマーのGWASや疾患の分子機序に関するデータベースのデータを用いて、グラフ志向の手法で分散表現の構築を行った。Alzheimer's disease ontology (ADO)やAlzPathwayなどの複数のデータベースから抽出可能な関係性を収集し、ComplExなどの方法を使用して、グラフに基づく知識グラフの分散表現の学習を進めた。さらに、テキストから得られる分散表現とグラフから得られる分散表現を比較し、一部の不一致を自動修正した。本年度は、これらの結果を多角的な視点から評価することをおこなった。
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Report
(5 results)
Research Products
(20 results)
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[Journal Article] ゲノム医療を推進するAI技術 : 文献検索AI,病原性を予測するXAI(説明可能なAI)2021
Author(s)
村上, 勝彦 森田, 一 光石, 豊 馬場, 謙介 マルティネス, アンデル グェン, レ アン 多湖, 真一郎 小林, 賢司 阿部, 修也 富士, 秀
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Journal Title
オペレーションズ・リサーチ
Volume: 66
Pages: 422-429
Related Report
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[Journal Article] 遺伝子情報の意味解析2018
Author(s)
村上勝彦
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Journal Title
Farumashia
Volume: 54
Issue: 9
Pages: 862-866
DOI
NAID
ISSN
0014-8601, 2189-7026
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Open Access
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[Presentation] Report on the First Knowledge Graph Reasoning Challenge 2018 Toward the eXplainable AI System2019
Author(s)
akahiro Kawamura, Shusaku Egami, Koutarou Tamura, Yasunori Hokazono, Takanori Ugai, Yusuke Koyanagi, Fumihito Nishino, Seiji Okajima, Katsuhiko Murakami, Kunihiko Takamatsu, Aoi Sugiura, Shun Shiramatsu, Xiangyu Zhang, Kouji Kozaki
Organizer
Proceedings of the 9th Joint International Semantic Technology Conference (JIST2019)
Related Report
Int'l Joint Research
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