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Rapid identification of candidate genes affecting egg production in Japanese indigenous chickens

Research Project

Project/Area Number 18K14564
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 42010:Animal production science-related
Research InstitutionObihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine

Principal Investigator

Goto Tatsuhiko  帯広畜産大学, 畜産学部, 助教 (30619391)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2020: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2018: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywords集団ゲノミクス / ニワトリ / 産卵性能 / 遺伝 / ゲノム科学 / 産卵率 / 日本鶏 / 次世代シークエンサー / 集団ゲノム解析 / マッピング / 選抜の痕跡 / 遺伝子 / バイオインフォマティクス
Outline of Final Research Achievements

Using population genomics with Japanese fancy chickens (egg production rate: around 32%) and Japanese utility chickens (egg production rate: around 68%), we aimed to reveal what genomic regions were selected via long-term selection for egg production in Japanese indigenous chicken breeds. We have analyzed whole-genome sequencing of two Japanese utility breeds (n = 36) and three Japanese fancy breeds (n = 30). After adding publicly available whole-genome sequencing of wild ancestor (n = 29), we found more than 31,380,000 SNPs. PBE statistics were estimated from three Fst values (fancy vs utility, fancy vs ancestor, and utility vs ancestor) in each 20-kb window. Ultimately, we could achieve high resolution mapping for egg production and identify 48 genomic regions, which have Japanese utility breed-specific variants.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

我が国では、ギフジドリ・ミエジドリ・ショウコク等の観賞用品種が長く維持されており、戦後、産卵性能の向上を目指した本格的な改良が行われ始め、ナゴヤ、ヒナイドリ等の実用鶏品種が作られてきた。本研究では、日本オリジナルの多様な遺伝資源である日本鶏品種から、ギフジドリ・ミエジドリ・ショウコクの観賞用鶏3品種の集団およびナゴヤ・ヒナイドリの実用鶏2品種の集団の計66個体の全ゲノム解析を新規に行い、実用鶏特異的なゲノム変異を有する48の領域を発見した。今後、ニワトリの産卵性能に関わる遺伝的基盤の理解を進め、ゲノム情報を活用した地鶏の産卵性能の遺伝的改良に応用したい。

Report

(4 results)
  • 2020 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report
  • Research Products

    (26 results)

All 2021 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (20 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Analyses of free amino acid and taste sensor traits in egg albumen and yolk revealed potential of value-added eggs in chickens.2021

    • Author(s)
      T. Goto, S. Shimamoto, A. Ohtsuka, D. Ijiri.
    • Journal Title

      Animal Science Journal

      Volume: 92 Issue: 1

    • DOI

      10.1111/asj.13510

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impact on genetic differences among various chicken breeds on free amino acid contents of egg yolk and albumen.2021

    • Author(s)
      T. Goto, S. Shimamoto, M. Takaya, S. Sato, K. Takahashi, K. Nishimura, Y. Morii, K. Kunishige, A. Ohtsuka, D. Ijiri.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 2270-2270

    • DOI

      10.1038/s41598-021-81660-3

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phenotypic analysis of growth and morphological traits in miniature breeds of Japanese indigenous chickens.2021

    • Author(s)
      R. Ono, H. Miyachi, H. Usui, R. Oguchi, K. Nishimura, K. Takahashi, Y. Yamagishi, N. Kawamura, R. Matsushita, T. Goto.
    • Journal Title

      Journal of Poultry Science

      Volume: -

    • NAID

      130008144345

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Breed and feed affect amino acid contents of egg yolk and eggshell color in chickens.2020

    • Author(s)
      H. Mori, M. Takaya, K. Nishimura, T. Goto.
    • Journal Title

      Poultry Science

      Volume: 99 Issue: 1 Pages: 172-178

    • DOI

      10.3382/ps/pez557

    • NAID

      120006949458

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Searching for genes underlying a variety of phenotypes using genetic resource of chickens2021

    • Author(s)
      T. Goto.
    • Organizer
      Research Institute for Sustainable Humanosphere (RISH) in Kyoto University. The 265th Regulaer Open Seminar
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 様々な鶏種が生産する卵黄の遊離アミノ酸含量の比較2021

    • Author(s)
      後藤達彦、西村健志、高谷政宏.
    • Organizer
      日本家禽学会2021年度春季大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] バタリーケージおよび平飼いの飼育形態における鶏卵成分への影響2021

    • Author(s)
      川村野乃花、高谷政宏、林 英明、小口莉奈、大野涼子、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2021年度春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリのヒトに対する従順性行動における品種および性別の差2021

    • Author(s)
      豊田真基、大野涼子、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2021年度春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] トサジドリおよびダルマチャボに基づいた家系における従順性行動の系統および性別の効果2021

    • Author(s)
      大野涼子、宮地悠佳、渡邊萌々佳、神力仁樹、豊田真基、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2021年度春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 卵アミノ酸形質における様々な品種および飼料の効果2021

    • Author(s)
      小口莉奈、川村野乃花、大野涼子、高谷政宏、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2021年度春季大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 卵黄および卵白のメタボローム解析から得られた品種および飼料の効果2021

    • Author(s)
      後藤達彦、森 大輝、塩田駿介、友永省三.
    • Organizer
      日本畜産学会第128回大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 小型日本鶏品種における成長および形態の表現型解析2021

    • Author(s)
      大野涼子、宮地悠佳、臼井陽衣、西村健志、後藤達彦.
    • Organizer
      日本畜産学会第128回大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] バタリーケージおよび平飼いの生産方式の違いによる鶏卵の遊離アミノ酸成分への影響2021

    • Author(s)
      川村野乃花、横山領央、高谷政宏、大野涼子、後藤達彦.
    • Organizer
      日本畜産学会第128回大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリの攻撃行動を制御する分子基盤の解明2021

    • Author(s)
      志村洸平、後藤達彦、坂田涼華、佐藤幹、中村隼明、河上眞一、都築政起、新村毅.
    • Organizer
      日本畜産学会第128回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 鶏卵の味覚特性ならびに遊離アミノ酸における品種および飼料の影響2020

    • Author(s)
      後藤達彦、島元紗希、井尻大地.
    • Organizer
      日本家禽学会2020年度春季大会
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 観賞用および実用鶏における尾羽形質の経時的変化2020

    • Author(s)
      大野涼子、高橋栞奈、西村健志、山岸有里、宮地悠佳、臼井陽衣、松下令実、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2020年度春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 5鶏種における鶏卵の外観と卵白中遊離アミノ酸含量の多様性2020

    • Author(s)
      西村健志、島元紗希、井尻大地、後藤達彦.
    • Organizer
      日本家禽学会2020年度春季大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリ3鶏種における卵黄および卵白アミノ酸形質の特徴2020

    • Author(s)
      後藤達彦、大矢康成、高谷政宏.
    • Organizer
      日本動物遺伝育種学会第21回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] トサジドリおよびオヒキの尾部形質における表現型解析2020

    • Author(s)
      大野涼子、近藤大輔、後藤達彦.
    • Organizer
      日本動物遺伝育種学会第21回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ニワトリの卵および成長形質を支配する遺伝的基盤の解明2020

    • Author(s)
      後藤達彦.
    • Organizer
      2020年度(第19回)日本農学進歩賞授賞式・受賞者講演会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 全ゲノム情報を用いたナゴヤ種の産卵数に関するゲノム領域の探索2019

    • Author(s)
      西村健志、國重享子、佐藤 駿、後藤達彦
    • Organizer
      北海道畜産草地学会第8回大会
    • Related Report
      2019 Research-status Report
  • [Presentation] 鶏卵の生産性および品質向上を目指したニワトリの集団ゲノム解析2019

    • Author(s)
      後藤達彦
    • Organizer
      スクラム十勝シンポジウム2019帯広市民大学講座・道民カレッジ連携講座『食と農に貢献する遺伝子データの活用』
    • Related Report
      2019 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 全ゲノム情報を用いた名古屋種の産卵数に関する遺伝子の探索2019

    • Author(s)
      西村健志、国重享子、佐藤 駿、後藤達彦
    • Organizer
      日本家禽学会2019年度春季大会
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Presentation] 行動遺伝学に向けた多様なニワトリ品種の集団ゲノム解析2018

    • Author(s)
      後藤達彦
    • Organizer
      2018年度 遺伝研研究会「遺伝要因と環境要因の相互作用による行動決定のメカニズム」
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.nougaku.jp/award/award2.2020.html

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://jsas-org.jp/about/winners/132.html

    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2018-04-23   Modified: 2022-01-27  

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