データグリッドによる異分野科学データベース統合技術の開発
| Project/Area Number |
19024050
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Review Section |
Science and Engineering
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
松田 秀雄 Osaka University, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹中 要一 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00324830)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥6,200,000 (Direct Cost: ¥6,200,000)
Fiscal Year 2008: ¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
Fiscal Year 2007: ¥3,100,000 (Direct Cost: ¥3,100,000)
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| Keywords | 異種データベース / Webサービス / ワークフロー / データグリッド / 情報システム / バイオインフォマティクス / 大規模ファルシステム |
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| Research Abstract |
本研究では、広域に散在し、大容量化かつ多様化する科学データに対するスケーラブルな情報統合とそれにより得られる異分野科学データベースの横断的検索を、データグリッド技術を基盤としたワークフローによる動的な統合として実現した。
ワークフローに基づく動的なデータベース統合の評価では、データベースの検索を行うサーバ間を接続するためのデータ転送サービスを考案し、この機能を含めたデータベース統合システムを開発した。複数のデータベースをつないで順次統合するワークフローの処理で、従来法では前段のサーバの出力をクライアントに返す必要があったが、提案する方式ではデータ転送サービスを経由して後段のサーバに直接転送することで通信の効率を上げる。これにより、100HBのデータ転送時間が従来法だと277.3秒かかっていたものが、提案法では3.2秒で短縮できた。
スケーラブルなデータベース統合基盤の実現では、データ転送サービスマネージャを導入することで、データ転送サービスの転送の中継・集約を可能とするとともに、中間データ量を絞込みを行えるようにした。従来のワークフローエンジンでは、データベースサーバへの問合せ結果がすべてエンジンに返ってきてしまいメモリオーバフローが発生した。これに対して、データ転送マネージャの導入により、問合せ結果の統合はデータ転送サービスとそのマネージャの問で行われ、エンジンは統合結果だけを受け取るだけとなり、従来のワークフローエンジンでは処理が困難であった700ゲノムの比較ゲノム解析を実行することに成功した。
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Report
(2 results)
Research Products
(9 results)
