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染色体ダイナミクスの生化学・構造生物学的解析

Research Project

Project/Area Number 19038022
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  Waseda University, 理工学術院, 教授 (80300870)

Project Period (FY) 2007 – 2008
Project Status Completed (Fiscal Year 2008)
Budget Amount *help
¥8,900,000 (Direct Cost: ¥8,900,000)
Fiscal Year 2008: ¥4,500,000 (Direct Cost: ¥4,500,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,400,000 (Direct Cost: ¥4,400,000)
Keywordsヒストンバリアント / 染色体 / クロマチン / ヌクレオソーム / 結晶構造解析 / ヒストンシャペロン / ピストン結合 / ヒストン / 遺伝子及び染色体 / タンパク質と酵素 / 生体高分子 / 構造活性相関 / 生体機能関連物質 / 構造生物学 / 生体分子立体構造解析及び予測 / X線結晶解析
Research Abstract

染色体の構造は細胞周期を通してダイナミックに変動している。近年、この染色体構造のダイナミクスが、遺伝子の発現制御、DNA複製、DNA組換えなどを調節するために重要な役割を果たしていることが示されてきた。本研究では、染色体ダイナミクスとDNAの機能発現との相関を、精製タンパク質群による試験管内再構成系を用いた生化学的および構造生物学的解析によって明らかにすることを目的とする。染色体高次構造の変動は、染色体の主要な構成因子である、ヒストンタンパク質群と、ヒストンに直接結合するストンシャペロンが中心的な役割を果たす。そこで、本研究では、ヒストンシャペロンとして、ヒトNAP1、NAP2、PP2Cγを選定し、これらをリコンビナントタンパク質として精製した。そして、すでに確立した精製ヒストンを用いた試験管内再構成系によって、ヒストンシャペロンのクロマチン構造形成機構を、ヌクレオソームレベルで解析した。その際、ピストンH3として、ヒトで見いだされている5種類のヒストンH3バリアント、H3.1、H3.2、H3.3、H3t、CENP-Aのすべてを精製して用いた。その結果、NAP2およびPP2Cγにはヒストンバリアント特異性が認められなかったが、NAP1はH3tによるヌクレオソーム形成に欠損を持つことが明らかになった。並行して、ピストンH3バリアントを含むヌクレオソームの結晶化を行い、精巣特異的に発現が認められるH3tを含むヌクレオソームの立体構造を決定することに成功した。また、新規ヒストン結合タンパク質を、HeLa細胞抽出液と精製ヒストンを結合したビーズを用いたプロテオミクス解析によって検索し、ヒストン結合タンパク質群のカタログを作成した。

Report

(2 results)
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2008 2007

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (11 results)

  • [Journal Article] Nucleosome formation with the testis-specific histone H3 variant, H3t, By human nucleosome assembly nroteins in vitro2008

    • Author(s)
      Tachiwana, H., Osakabe, A., Kimura, H., Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 36

      Pages: 2208-2218

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The actin-related protein hArp8 accumulate on the mitotic chromosome and functions in chromosome alignment2008

    • Author(s)
      Aoyama, N., Oka, A., Kitayama, K., Kurumizaka, H., Harata, M.
    • Journal Title

      Experimental Cell Research 314

      Pages: 859-868

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      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vivo and in vitro footprinting of nucleosomes and transcriptional activators using an infrared-fluorescence DNA sequencer2008

    • Author(s)
      Morohashi, N., Nakajima, K., Kuwana, S., Tachiwana, H., Kurumizaka, H., Shimizu, M.
    • Journal Title

      Biol. Pharm. Bull. 31

      Pages: 187-192

    • NAID

      110006570553

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nucleosome formation with the testis-specific histone H3 variant, H3t, by human nucleosome assembly proteins in vitro2008

    • Author(s)
      Tachiwana, H., Osakabe, A., Kimura, H., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. (in press)

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A common mechanism for the ATP-DnaA-dependent formation of open complexes at the replication origin2008

    • Author(s)
      Ozaki, S. et al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. (in press)

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The actin-related protein hArp8 accumulate on the mitotic chromosomes and functions in chromosome alignment2008

    • Author(s)
      Aoyama, N., Oka, A., Kitayama, K., Kurumizaka, H., and Harata, M.
    • Journal Title

      Exp. Cell Res. 314

      Pages: 859-868

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  • [Journal Article] In vivo and in vitro footprinting of nucleosomes and transcriptional activators using an infrared-fluorescence DNA sequencer2008

    • Author(s)
      Morohashi, N, et al.
    • Journal Title

      Biol. Pharm. Bull. 31

      Pages: 187-192

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      2007 Annual Research Report
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  • [Journal Article] The Lys313 residue of the human Rad51 protein negatively regulates the strand-exchange activity2008

    • Author(s)
      Ishida, T., Takizawa, Y., Sakane, I., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Genes Cells 13

      Pages: 91-103

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      2007 Annual Research Report
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  • [Journal Article] The interaction of DiaA and DnaA regulates the replication cycle in E. coli by directly promoting ATP-DnaA-specific initiation complexes2007

    • Author(s)
      Keyamura, K. et. al.
    • Journal Title

      Genes & Development 21

      Pages: 2083-2099

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Altered DNA binding by the human Rad51-R150Q mutant found in breast cancer patients.2007

    • Author(s)
      Ishida, T., Takizawa, Y., Sakane, I., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Biol. Pharm. Bull. 30

      Pages: 1374-1378

    • NAID

      110006366785

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Biochemical analyses of human H3 variant, H3t2008

    • Author(s)
      Tachiwana, H., Osakabe, A., Kimura, H., Kurumizaka, H.
    • Organizer
      33^<rd> FEBS congress & 11th IUBMB conference
    • Place of Presentation
      アテネ、ギリシャ
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] ピストンH3バリアントと相互作用する因子のプロテオーム解析2008

    • Author(s)
      越阪部晃永、野澤竜介、立和名博昭、川口紘一郎、木村宏、小布施力史、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、兵庫
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] セントロメア特異的H3バリアントCENP-Aを含むヌクレオソームの結晶化2008

    • Author(s)
      立和名博昭、川口紘一郎、越阪部晃永、香川亘、藤川乃り映、横山茂之、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、兵庫
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] H2AXを含むヌクレオソームの再構成とX線結晶構造解析2008

    • Author(s)
      藤川乃り映、香川亘、川口紘一郎、立和名博昭、笹沼麻貴、胡桃坂仁志、横山茂之
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、兵庫
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 出芽酵母におけるヒト由来ピストンH3バリアントの発現2008

    • Author(s)
      早川新一、諸橋伸行、茂呂綾子、山本周作、立和名博昭、胡桃坂仁志、清水光弘
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、兵庫
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントの生化学的・物理化学的解析2008

    • Author(s)
      越阪部晃永、他
    • Organizer
      染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      修善寺、静岡
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒト由来ヒストンH3バリアントの機能解析2008

    • Author(s)
      胡桃坂仁志、他
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      染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      修善寺、静岡
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] S. pombe Rap1のS. pombe Bqt1-Bqt2複合体との結合領域同定2007

    • Author(s)
      田渕 英莉、他
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] シャペロン依存的なヒストンH3バリアントのヌクレオソーム形成機構2007

    • Author(s)
      立和名博昭、 他
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントの生化学的解析2007

    • Author(s)
      越阪部晃永、他
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
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      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] ヒストン交換と修飾のダイナミクス2007

    • Author(s)
      木村宏、他
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会、第80回日本生化学大会 合同大会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2007-04-01   Modified: 2018-03-28  

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