Development of a tracking method for minor group in microbial community and its industrial application
| Project/Area Number |
19360374
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Biofunction/Bioprocess
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| Research Institution | Sojo University (2008)
Osaka University (2007) |
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Principal Investigator |
SHIOYA Suteaki Sojo University, 生物生命学部, 教授 (50026259)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
KATAKURA Yoshio 大阪大学, 大学院工学研究科, 准教授 (50263207)
NINOMIYA Kazuaki 金沢大学, 環日本海域環境研究センターー, 助教 (10379125)
YAMAMOTO Shinjiro 崇城大学, 生物生命学部, 准教授 (40262307)
HAYASHI Shuhei 崇城大学, 生物生命学部, 助教 (30389522)
FUJII Takao 崇城大学, 生物生命学部, 教授 (80165331)
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| Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) |
NINOMIYA Kazuaki 金沢大学, 環日本海域環境研究センターー, 助教 (10379125)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥18,590,000 (Direct Cost: ¥14,300,000、Indirect Cost: ¥4,290,000)
Fiscal Year 2008: ¥8,450,000 (Direct Cost: ¥6,500,000、Indirect Cost: ¥1,950,000)
Fiscal Year 2007: ¥10,140,000 (Direct Cost: ¥7,800,000、Indirect Cost: ¥2,340,000)
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| Keywords | 微生物 / 共生 / サブトラクション / 16SrRNA / TGGE / セルロース分解菌 |
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| Research Abstract |
マイナーな微生物を追跡するためのPopulation-Normalization by RNA Subtraction法(PNS法)を開発した。この方法では、試料から抽出した全16S rRNAから逆転写PCRによって得られるcDNAをリガンドとして固相に固定し、試料中のメジャーな16S rRNAを除去する。メジャーな16S rRNAほどリガンド濃度が高く、除去率が高くなり、16S rRNAのポピュレーョンは均一化され、Temperature Gradient Gel Electrophoresis により16S r DNAを指標とした菌叢解析が可能となる。そこで、16S rRNAの可変領域のうち、最も短いV1またはV5領域を増幅し、そのアンチセンス鎖を磁気ビーズに固定し、PCRに用いた共通配列部分を相補鎖でマスクすることによってアフィニティ担体を調製し、これを用いてメジャーな菌群のRNAを除去し、構成比の平滑化が出来た。応用例としてセルロース分解に焦点を当て、その共生微生物を単離し、またその役割を明らかにし、工業利用として発展させた。また、Annamox菌による嫌気性脱窒反応の共生系の解析をした。
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Report
(3 results)
Research Products
(13 results)
