• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Roles of hyper-anisotropic dynamics and frustration on protein function investigated in sub-msec order

Research Project

Project/Area Number 19370062
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

KITAO Akio  The University of Tokyo, 分子細胞生物学研究所, 准教授 (30252422)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 城地 保昌  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (30360415)
Project Period (FY) 2007 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥18,200,000 (Direct Cost: ¥14,000,000、Indirect Cost: ¥4,200,000)
Fiscal Year 2010: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2009: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2008: ¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2007: ¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Keywordsタンパク質 / 超異方性 / 動態 / 機能 / フラストレーション / 動態.
Research Abstract

To elucidate the detailed protein functional principle in broad time and space ranges, we focused on the dynamics of nano to sub-milli sec order, observed function relevant protein dynamics by molecular simulation, and studied the hyper anisotropy and frustration of the systems. We also have developed the methods to calculate free energy landscape from massive parallel simulations and to extract correlated motions in high dimensional dynamics and used them to investigate the relation between protein dynamics and function.

Report

(6 results)
  • 2010 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2009 Annual Research Report   Self-evaluation Report ( PDF )
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (183 results)

All 2011 2010 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (45 results) (of which Peer Reviewed: 40 results) Presentation (134 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Multi-scale free energy landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models2011

    • Author(s)
      Ryuhei Harada, Akio Kitao
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 503(1-3)

      Pages: 145-152

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein upon ligand binding2011

    • Author(s)
      Mariko Higuchi, Jumpei Fujii, Yoshiteru, Yonetani, Akio Kitao, Nobuhiro Go
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology 173

      Pages: 20-28

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein unon ligand binding2011

    • Author(s)
      Mariko Higuchi
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology

      Volume: 173 Pages: 20-28

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multi-scale free energy landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models2011

    • Author(s)
      Ryuhei Harada
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 503(1-3) Pages: 145-152

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis2010

    • Author(s)
      Shun Sakuraba, Yasumasa Joti, Akio Kitao
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics 133(18)

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Effect of End Constraints on Protein Loop Kinematics2010

    • Author(s)
      Steven Hayward, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys.J. 98(9)

      Pages: 1976-1985

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export2010

    • Author(s)
      Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
    • Journal Title

      Mol.Microbiol. 76(1)

      Pages: 260-268

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation2010

    • Author(s)
      Choon-Peng Chng, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Mol.Graph.Model. 28

      Pages: 548-554

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Effect of End Constraints on Protein Lop Kinematics2010

    • Author(s)
      Steven Hayward
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 98(9) Pages: 1976-1985

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis2010

    • Author(s)
      Shun Sakuraba
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 133(18)

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export2010

    • Author(s)
      Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
    • Journal Title

      Mol.Microbiol. V76(1)

      Pages: 260-268

    • Related Report
      2009 Self-evaluation Report
  • [Journal Article] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation2010

    • Author(s)
      Choon-Peng Chng
    • Journal Title

      J.Mol. Graph. Model. 28

      Pages: 548-554

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export2010

    • Author(s)
      Yumiko Saijyo-Hamano
    • Journal Title

      Molecular Microbiology 76

      Pages: 260-268

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure2009

    • Author(s)
      Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys.J. Vol.97

      Pages: 2541-2549

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2009

    • Author(s)
      Shun Sakuraba, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Comp.Chem. 30

      Pages: 1850-1858

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins2009

    • Author(s)
      Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao
    • Journal Title

      Bioinformatics 25(5)

      Pages: 628-635

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA_NEST) : Insights into Functional Dynamics2009

    • Author(s)
      Lee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao
    • Journal Title

      Bioinformatics 25(5)

      Pages: 606-614

    • Related Report
      2010 Final Research Report 2009 Self-evaluation Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure2009

    • Author(s)
      Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys.J. V97

      Pages: 2541-2549

    • Related Report
      2009 Self-evaluation Report
  • [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2009

    • Author(s)
      Shun Sakuraba, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Comp.Chem. V30

      Pages: 1850-1858

    • Related Report
      2009 Self-evaluation Report
  • [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2009

    • Author(s)
      Shun Sakuraba
    • Journal Title

      J.Comp.Chem. 30

      Pages: 1850-1858

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure2009

    • Author(s)
      Hannes H.Loeffler
    • Journal Title

      Biophys J. 97

      Pages: 2541-2549

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA NEST): Insights into Functional Dynamics2009

    • Author(s)
      Yang, Lee-Wei
    • Journal Title

      Bioinformatics 25

      Pages: 606-614

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins2009

    • Author(s)
      Nishima, Wataru
    • Journal Title

      Bioinformatics 25

      Pages: 628-635

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2009

    • Author(s)
      Sakuraba, Shun
    • Journal Title

      J. Comp. Chem. (published on line)

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics2008

    • Author(s)
      Hiroshi Nakagawa, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Mikio Kataoka
    • Journal Title

      Biophys.J. 95

      Pages: 2916-2923

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する2008

    • Author(s)
      北尾彰朗,今田勝巳,難波啓一
    • Journal Title

      生物物理 40(1)

      Pages: 11-17

    • Related Report
      2010 Final Research Report
  • [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra2008

    • Author(s)
      Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys.J. 94

      Pages: 4435-4443

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin : Insight into its Refolding before Assembly2008

    • Author(s)
      Choon-Peng Chng, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys.J. 94

      Pages: 3858-3871

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease2008

    • Author(s)
      Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B 112

      Pages: 3522-3528

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease2008

    • Author(s)
      Joti, Yasumasa
    • Journal Title

      Phys. Chem. B 112

      Pages: 3522-3528

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly2008

    • Author(s)
      Chng, Choon-Peng
    • Journal Title

      Biophys. J. 94

      Pages: 3858-3861

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra2008

    • Author(s)
      Joti, Yasumasa
    • Journal Title

      Biophys. J. 94

      Pages: 4435-4443

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics2008

    • Author(s)
      Nakagawa, Hiroshi
    • Journal Title

      Biophys. J. 95

      Pages: 2916-2923

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease2008

    • Author(s)
      Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B 112

      Pages: 3522-3528

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly2008

    • Author(s)
      Choon-Peng Chng and Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys. J (in press)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra2008

    • Author(s)
      Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys. J (in press)

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗, 今田 勝巳, 難波 啓一
    • Journal Title

      生物物理 Vol.40,No.1

      Pages: 11-17

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperature molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S2007

    • Author(s)
      Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H.Zewail
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104(44)

      Pages: 17261-17265

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions2007

    • Author(s)
      Kazuhiro Takemura, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B 111

      Pages: 11870-11872

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation2007

    • Author(s)
      Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
    • Journal Title

      Phys.Rev.E 75

      Pages: 41912-41912

    • Related Report
      2010 Final Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation2007

    • Author(s)
      Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H. Zewail
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104(44)

      Pages: 17261-17265

    • Related Report
      2009 Self-evaluation Report
  • [Journal Article] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint2007

    • Author(s)
      Taaomi Furuta, Hieyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba and Akio Kitao
    • Journal Title

      Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol Vol.l57

      Pages: 481-491

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Non-Gaussian behavior of elasticincoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation2007

    • Author(s)
      Atsusi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata Mikio Kataoka
    • Journal Title

      Phys. Rev. E Vol.75

      Pages: 41912-41912

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions2007

    • Author(s)
      Kazuhiro Takemura and Akio Kitao
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B Vol.111

      Pages: 11870-11872

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meillhold. S2007

    • Author(s)
      Jeremy C. Smith, Akio Kitao and Ahmed H. Zewail
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol.104,No.4

      Pages: 17261-17265

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 異方性の高いシステムのためのTransforn and Relax Sampling2011

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第66回日本物理学会年次大会(2011年)
    • Place of Presentation
      新潟県新潟市/新潟大学五十嵐北キャンパス
    • Year and Date
      2011-03-28
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 構造変化が生みだすタンパク質機能:理論からのアプローチ2011

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      日本化学会第9春季年会(2011年)
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市/神奈川大学横浜キャンパス
    • Year and Date
      2011-03-27
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス2011

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウィアの研究開発」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
    • Year and Date
      2011-02-23
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 超並列マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形2011

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
    • Year and Date
      2011-02-23
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 独立部分空間分析を用いたタンパク質運動の解析2011

    • Author(s)
      桜庭俊
    • Organizer
      「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
    • Year and Date
      2011-02-23
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] T4ファージタンパク質gp5の脂質2重膜貫通シミューレーション2011

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
    • Year and Date
      2011-02-22
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Expectation to detect correlated dynamics in protein2011

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      nDDB Workshop Grenoble
    • Place of Presentation
      Grenobel/France
    • Year and Date
      2011-01-11
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] ウイルスT4ファージ先端タンパク質gP5の膜貫通シミュレーション2011

    • Author(s)
      二島渉
    • Organizer
      物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
    • Place of Presentation
      千葉県柏市/東京大学物性研究所
    • Year and Date
      2011-01-06
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 超並列マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形2011

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
    • Place of Presentation
      千葉県柏市東京大学物性研究所
    • Year and Date
      2011-01-05
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Free energy landscape analysis of biomolecules by massive parallel multi-scale simulation2010

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第4回国際公開シンポジウム新学術領域研究「揺らぎが機能を決める生命分子の科学」
    • Place of Presentation
      滋賀県大津市/ピァザ淡海
    • Year and Date
      2010-11-30
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子モデリングによる細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の立体構造予測2010

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      名古屋大学理学部セミナー
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市/名古屋大学理学部
    • Year and Date
      2010-11-25
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形2010

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第24回分子シュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県福井市/福井県県民ホール
    • Year and Date
      2010-11-25
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 可塑性を巧緻に利用するタンパク質の構造機能制御2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第10回生命・情報セミナー
    • Place of Presentation
      東京都文京区/東京大学理学部
    • Year and Date
      2010-11-12
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Multi-scale free energy calculation method with the combination of coarse-grained and all-atom models2010

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第48回日本物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-22
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の分子モデリング2010

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-22
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによる高圧における深海魚のαアクチンの構造変化の解析2010

    • Author(s)
      若井信彦
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-21
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Docking study to investigate the complex between p53 domains and Azurin2010

    • Author(s)
      Raghunadha Reddy Burri
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-21
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合および膜変形分子ダイナミクス2010

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-20
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質界面と分子間相互作用のダイナミクス2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      ワークショソプ「ソフト界面と水」
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市/九州大学箱崎キャンパス
    • Year and Date
      2010-08-11
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 細菌ベン毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング2010

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2010-06-18
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] ロボット工学の手法を用いたタンパク質シミュレーション2010

    • Author(s)
      山守優
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2010-06-18
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス2010

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年
    • Place of Presentation
      北海道札幌市札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2010-06-16
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス2010

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第10回東京大学生命科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京都文京区/東京大学安田講堂
    • Year and Date
      2010-05-01
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(注:シンポジウムの概略説明含む)2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
    • Year and Date
      2010-03-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果2010

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
    • Year and Date
      2010-03-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] いくつかの蛋白質でのリガンド結合に伴う構造変化の詳細メカニズム2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      量子生命フロンティア研究特定ユニット第8回勉強会
    • Place of Presentation
      日本原子力研究機構システム計算科学センター(東京都)
    • Year and Date
      2010-03-17
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング2010

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      2009年度べん毛研究交流会
    • Place of Presentation
      松風園(愛知県)
    • Year and Date
      2010-03-15
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス2010

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2010-03-04
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法2010

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2010-03-04
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 生体超分子の立体構造変化と機能2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      分野間連携プロジェクト「巨大計算の新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会及成果報告
    • Place of Presentation
      分子科学研究所 研究棟301(愛知県)
    • Year and Date
      2010-02-15
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス-計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル-2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第1回テラヘルツーバイオ研究会
    • Place of Presentation
      情報通信研究機構神戸研究所未来ICT研究センター(兵庫県)
    • Year and Date
      2010-02-08
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      スーパーコンピューターワークショップ2010「大規模並列分子シミュレーションの最前線」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2010-01-13
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 集団座標による分子シミュレーションの解析2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第5回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座「第3回 分子シミュレーションスクール」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2009-12-15
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス-現状と今後への期待-2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      JSNS2009-中性子科学会/第9回年会
    • Place of Presentation
      いばらき量子ビーム研究センター(茨城県)
    • Year and Date
      2009-12-09
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング2009

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • Year and Date
      2009-12-02
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの脂質膜結合過程2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • Year and Date
      2009-12-02
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 生体超分子機能解明のための大規模分子シミュレーション2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • Year and Date
      2009-12-01
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 独立部分空間分析によるタンパク質集団運動の解析2009

    • Author(s)
      桜庭俊
    • Organizer
      第23回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      中小企業振興会館吹上ホール(愛知県)
    • Year and Date
      2009-11-30
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      理研シンポジウム「動的水和構造と分子過程研究会III」
    • Place of Presentation
      理化学研究所Spring8上坪講堂(兵庫県)
    • Year and Date
      2009-11-25
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      JST-CREST「マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション」研究領域 平成21年度 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東洋大学(東京都)
    • Year and Date
      2009-11-12
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第47回2009年度日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-11-01
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果2009

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      第47回2009年度日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-11-01
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] The effect of bound water molecules on binding orientations in DCK2 inhibitors2009

    • Author(s)
      Raghunadha Reddy Burri
    • Organizer
      第47回2009年度日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-10-30
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Seeing is believing:コンピューターでみてわかるバイオ分子2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      夏の学校2009「日本バイオインフォマティクス学会」
    • Place of Presentation
      時の栖(静岡県)
    • Year and Date
      2009-09-13
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Motional correlation in protein dynamics2009

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
    • Place of Presentation
      Telluride/CO(USA)
    • Year and Date
      2009-08-05
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの脂質膜結合過程2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
    • Place of Presentation
      湘南国際村センター(神奈川県)
    • Year and Date
      2009-07-27
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発2009

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
    • Place of Presentation
      湘南国際村センター(神奈川県)
    • Year and Date
      2009-07-27
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Multi-scale dynamics of protein complex formation2009

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • Place of Presentation
      The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
    • Year and Date
      2009-07-16
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Flexible protein-protein docking investigations on Cc-COX complex2009

    • Author(s)
      Hao Guo
    • Organizer
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • Place of Presentation
      The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
    • Year and Date
      2009-07-14
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションで探るバイオの世界:蛋白質から生体超分子まで2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスへの招待」
    • Place of Presentation
      お茶の水女子大学理学部 2号館(東京都)
    • Year and Date
      2009-06-25
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築2009

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      第4回特定領域研究「革新的ナノバイオ」班会議
    • Place of Presentation
      万国津梁館(沖縄県)
    • Year and Date
      2009-06-18
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of Simulation Box Size and Water Model on Protein Internal Dynamics2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学 西9号館ディジタル多目的ホール(東京都)
    • Year and Date
      2009-06-05
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] Cellプロセッサを用いた編集距離計算の高速化2009

    • Author(s)
      桜庭俊
    • Organizer
      SACSIS2009(先進的計算基盤システムシンポジウム)
    • Place of Presentation
      広島国際会議場(広島県)
    • Year and Date
      2009-05-28
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] A Combined Knowledge Based Scoring Function for Protein-Protein Docking2009

    • Author(s)
      郭皓
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • Year and Date
      2009-05-22
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] ミオグロビン内のリガンド移動に連動したタンパク質の集団運動2009

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • Year and Date
      2009-05-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質の分子運動におけるシミュレーションボックスサイズと水モデルの影響2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • Year and Date
      2009-05-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発2009

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
    • Year and Date
      2009-05-20
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データ2009

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      日本物理学会2009年第64回年次大会
    • Place of Presentation
      立教大学 / 東京都豊島区
    • Year and Date
      2009-03-28
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発2009

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第64回日本物理学会2009年次大会
    • Place of Presentation
      立教大学 / 東京都豊島区
    • Year and Date
      2009-03-27
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Dynamics of Protein Hydration Water Studied from The Simulated Coherent Neutron Scatterring Spectra2009

    • Author(s)
      Joti, Yasumasa
    • Organizer
      特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-03-16
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Structure and Dynamics of The Protein Hydration Water at The Protein Dynamical Transition2009

    • Author(s)
      Nakagawa, Hiroshi
    • Organizer
      特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-03-16
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
    • Place of Presentation
      学士会館 / 東京都千代田
    • Year and Date
      2009-03-11
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーショシソフトウェアの研究開発;第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-03-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] バクテリオファージT4の感染初期過程2009

    • Author(s)
      二島渉
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発;第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-03-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Free Energy Landscape of Biomolecules from Multiple Non-Equilibrium Molecular Simulations2009

    • Author(s)
      Sakuraba, Shun
    • Organizer
      Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
    • Place of Presentation
      The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
    • Year and Date
      2009-03-03
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Linear Response of Biomolecules To External Perturbations: Revisit Induce-fit2009

    • Author(s)
      Yang, Lee-Wei
    • Organizer
      Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
    • Place of Presentation
      The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
    • Year and Date
      2009-03-01
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins2009

    • Author(s)
      Kitao, Akio
    • Organizer
      Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experi ments and Simulations
    • Place of Presentation
      KIAS / KOREA. Soul
    • Year and Date
      2009-02-28
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 大規模分子シミュレーションの現状と細菌べん毛系の機能研究2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      連続研究会「イオンチャンネル」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-02-17
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 同時ブロック対角比に基づく非線形相関モードの抽出2009

    • Author(s)
      桜庭俊
    • Organizer
      計算科学研究センターワークショップ「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセ・ンター / 愛知県岡崎市
    • Year and Date
      2009-01-19
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] T4ファージ蛋白質gp5の脂質2重膜貫通シミュレーション2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      次世代スパコン「ナノ統合拠点」連続研究会-ウイルス分子科学-
    • Place of Presentation
      東京大学 / 東京都文京区
    • Year and Date
      2009-01-06
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス2008

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
    • Year and Date
      2008-12-19
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 超並列計算機に適した生体分子シミュレーション法の開発2008

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
    • Year and Date
      2008-12-18
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発2008

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
    • Year and Date
      2008-12-18
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成2008

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化2008

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の効率的自由エネルギー地形探索2008

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス2008

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス2008

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-04
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 時間依存・非依存線形応答理論を用いた誘導適合のメカニズムの解析2008

    • Author(s)
      楊立威
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-04
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] ミオグロビン内のリガンド移動の解析:線形応答理論と主成分解析の応用2008

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 / 福岡県博多市
    • Year and Date
      2008-12-03
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質表面の水和水のネットワーク形成とダイナミクス2008

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      日本中性子科学会第8回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 / 愛知県名古屋市
    • Year and Date
      2008-12-01
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Independent subspace Analysisによるタンパク質の非線形モードの解析2008

    • Author(s)
      桜庭俊
    • Organizer
      第22回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学 / 岡山県岡山市
    • Year and Date
      2008-11-17
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Induce-fit Revisit: Protein Conformational Changes in Response to External Perturbations2008

    • Author(s)
      Yang, Lee-Wei
    • Organizer
      Examined Using Linear Response Theories (LRT), InCoB 2008
    • Place of Presentation
      National Yang Ming University / TAIWAN, Taipei
    • Year and Date
      2008-10-23
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング2008

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      戦略的創造研究推進事業CREST平成20年度公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東洋大学 / 東京都文京区
    • Year and Date
      2008-10-20
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] A New Flexible Protein-Protein Docking Method2008

    • Author(s)
      Guo, Hao
    • Organizer
      CREST Annual Meeting, University of Tokyo
    • Place of Presentation
      東京大学 / 東京都支京区
    • Year and Date
      2008-10-20
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] A New Hierarchic Protein-Protein Docking Method2008

    • Author(s)
      Guo, Hao
    • Organizer
      Life Science Research in University of Tokyo
    • Place of Presentation
      東京大学 / 東京都文京区
    • Year and Date
      2008-09-23
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察2008

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      日本物理学会2008年秋季大会
    • Place of Presentation
      岩手大学 / 岩手県盛岡市
    • Year and Date
      2008-09-22
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Effect of hydration, temperature and pressure on protein dynamics2008

    • Author(s)
      Kitao, Akio
    • Organizer
      5th International HPBB 2008
    • Place of Presentation
      Scripps Inst.of Oceanography / California, USA
    • Year and Date
      2008-09-15
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛋白質gp5三量体の脂質2重膜貫通シミュレーション2008

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
    • Year and Date
      2008-06-18
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の新規自由エネルギー計算手法の開発2008

    • Author(s)
      原田隆平
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台国際会議場 / 兵庫県淡路市
    • Year and Date
      2008-06-16
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化2008

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
    • Year and Date
      2008-06-10
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析方法2008

    • Author(s)
      二島渉
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
    • Year and Date
      2008-06-10
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] MDシミュレーションを用いたユビキチン主鎖N-HダイナミクスとNMR緩和2008

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
    • Year and Date
      2008-06-10
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting protein conformational motions by coherent neutron scattering2008

    • Author(s)
      Joti, Yasumasa
    • Organizer
      The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
    • Place of Presentation
      日本科学未来館 / 東京都江東区
    • Year and Date
      2008-06-05
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular Mechanisms That Control Structure of Flexible Bio-nanomachines2008

    • Author(s)
      Kitao, Akio
    • Organizer
      The 1st International Conference of the Grand Challen ge to Next-Generation Integrated Nanoscience
    • Place of Presentation
      日本科学未来館 / 東京都江東区
    • Year and Date
      2008-06-04
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] NMR Relaxation and backbone N-H dynamics of Ubiquitin Insight from Molecular Dynamics Simulation2008

    • Author(s)
      Takemura, Kazuhiro
    • Organizer
      The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
    • Place of Presentation
      日本科学未来館 / 東京都江東区
    • Year and Date
      2008-06-04
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] Multiple Markov transition Matrix Method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2008

    • Author(s)
      Sakuraba, Shun
    • Organizer
      The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
    • Place of Presentation
      日本科学未来館 / 東京都江東区
    • Year and Date
      2008-06-04
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] やわらかい生体分子が形を制御する仕組み2008

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      東大/駒場/2008年度物性セミナー
    • Place of Presentation
      東京大学 / 東京都文京区
    • Year and Date
      2008-05-23
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】分子シミュレーションで探る生体高分子系のダイナミクス2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      千葉県船橋市日本大学理工学部
    • Year and Date
      2008-03-27
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面2008

    • Author(s)
      櫻庭 俊、北尾 彰朗
    • Organizer
      日本物理学会2008春季大会
    • Place of Presentation
      大阪府東大阪市近畿大学
    • Year and Date
      2008-03-23
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      第24回ライフサイエンス&HPC天城セミナー
    • Place of Presentation
      静岡県伊豆市天城ホームステッド
    • Year and Date
      2008-03-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      ナノタク研究会;平成19年度シンポジウム「近未来ナノテクノロジ技術シーズ」
    • Place of Presentation
      群馬県桐生市群馬大学工学部
    • Year and Date
      2008-03-19
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化2008

    • Author(s)
      城地 保昌、北尾 彰朗
    • Organizer
      文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-03-05
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】全原子モデルと粗視化モデルを組み合わせた生体高分子系のマルチスケールシミュレーション2008

    • Author(s)
      原田 隆平、北尾 彰朗
    • Organizer
      文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-03-05
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面2008

    • Author(s)
      櫻庭 俊、北尾 彰朗
    • Organizer
      文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-03-05
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程2008

    • Author(s)
      二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
    • Organizer
      文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-03-05
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】大規模分子動力学シミュレーションで探るべん毛繊維とフックの構造多型2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      2008べん毛研究交流会ICORP超分子ナノマシンプロジェクト終了報告会
    • Place of Presentation
      京都府京都市関西セミナーハウス
    • Year and Date
      2008-03-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】タンパク質拡散運動における水モデルとシミュレーションボックスサイズの影響2008

    • Author(s)
      竹村 和浩、北尾 彰朗
    • Organizer
      文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-03-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】大規模分子動力学法による生体超分子の立体構造変化と機能2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-02-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】タンパク質拡散における水モデルとシミュレーションボックスサイズ2008

    • Author(s)
      竹村 和浩、北尾 彰朗
    • Organizer
      スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
    • Place of Presentation
      愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2008-02-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】生体超分子の立体構造変化と機能2008

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      第4回連携研究会;分野間連携プロジェクト「巨大計算新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成
    • Place of Presentation
      愛知県岡崎市自然科学研究機構
    • Year and Date
      2008-02-13
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】Hydration effects on protein dynamics studied by molecular dynamics simulation of a crystalline2008

    • Author(s)
      城地 保昌、北尾 彰朗
    • Organizer
      第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
    • Place of Presentation
      奈良県奈良市奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2008-01-24
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】Effects of water model and simulation box size on protein diffusional motions2008

    • Author(s)
      竹村 和浩、北尾 彰朗
    • Organizer
      第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
    • Place of Presentation
      奈良県 奈良市奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2008-01-24
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】Molecular Dynamics Simulations of the Periplasmic Glutamine Binding Protein2008

    • Author(s)
      Hannes H. Loeffler、北尾 彰朗
    • Organizer
      Biomolecular Simulation2008:frontiers of biomolecular
    • Place of Presentation
      Bristrol Zoo,UK
    • Year and Date
      2008-01-07
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション2007

    • Author(s)
      竹村 和浩、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフイコ横浜)
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】生体分子の自由エネルギー地形の解析2007

    • Author(s)
      櫻庭 俊、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】Dynomics portal-An integral effort ond eveloping and organizing dynamics webservers/databases2007

    • Author(s)
      Yang Lee-Wei、二島 渉、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】バクテリオファージT4の感染初期過程2007

    • Author(s)
      二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】aPCA analysis of NMR on ubiquitin proteins and the webserver tool2007

    • Author(s)
      Yang Lee-Wei、Eran Eyal、Ivet Bahar、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動2007

    • Author(s)
      城地 保昌、北尾 彰朗
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】Conformational changes in proteins and nucleic acids which constitute biological macro-molecules2007

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      Japan-UK Symposium
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2007-12-20
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程シミュレーション2007

    • Author(s)
      二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      2007-12-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】粗視化シミュレーションと並列全原子シミュレーションを組み合わせた生体高分子系の効率的構造空間探索2007

    • Author(s)
      原田 隆平、北尾 彰朗
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      2007-12-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】細菌べん毛蛋白質flagellinのアンフォールディングシミュレーション:繊維形成過程の理解を目指して2007

    • Author(s)
      Chng Choon-peng、北尾 彰朗
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      2007-12-18
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】サブマイクロ秒領域での蛋白質に揺らぎと機能2007

    • Author(s)
      北尾 彰朗
    • Organizer
      一回論理創薬研究会
    • Place of Presentation
      岐阜県岐阜市岐阜大学医学部
    • Year and Date
      2007-12-05
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】Role of energy frustration in function of protein and supramolecule2007

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      The 7th KIAS-Soongsil Conference on Protein Structure and Function
    • Place of Presentation
      Soongsil University,Seoul,KOREA
    • Year and Date
      2007-11-04
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【口頭】Dynomicsera:How inforamation on conformational dynamics can be used to gain a deeper understanding of biologicalevents at themolecular level2007

    • Author(s)
      YangLee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J.Jursa, Chakra Chennubhotla, MarkHolliman, Shann Ching Chen
    • Organizer
      ISMB/ECCB2007
    • Place of Presentation
      Vienna,Austria
    • Year and Date
      2007-07-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】Dynomics Era:Eortsinconstructinga PDB-commensurate dynamics dataase and web servers-How dynamics data can be of use to gain insights into biomolecular function2007

    • Author(s)
      Yang Lee-Wei, A. J.Rader, EranEyal, Xiong Liu, h.ristopher J. Jursa, Chakra Chemubhotla, .hark Holliman, Shann Ching Chen
    • Organizer
      ISMB/ECCB2007, Vienna Austria, July 2007
    • Place of Presentation
      Vienna,Austria
    • Year and Date
      2007-07-22
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】The dynamic predisisposision of(the location of)enzyme active sites2007

    • Author(s)
      Yang Lee-Wei, Akio Kitao, Lvet Bahar
    • Organizer
      AFP/Biosapien
    • Place of Presentation
      Vienna,Austria
    • Year and Date
      2007-07-19
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染機構2007

    • Author(s)
      二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
    • Organizer
      第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
    • Place of Presentation
      静岡県熱海市ホテルニューアカオ
    • Year and Date
      2007-07-11
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】生体分子の自由エネルギー地形の解析2007

    • Author(s)
      櫻庭 俊、北尾 彰朗、有坂 文雄
    • Organizer
      第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
    • Place of Presentation
      静岡県熱海市ホテルニューアカオ
    • Year and Date
      2007-07-11
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【招待講演】Polyrnorphic Supercoiling Mechanism of Bacterial Flagellar Fllamentand Hook2007

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      Theoretical Colloquia Series
    • Place of Presentation
      Los Alamos,USA
    • Year and Date
      2007-06-21
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】分子シミュレーションによるタンパク質分子間ドッキング計算手法の開発2007

    • Author(s)
      竹村 和浩、北尾 彰朗
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市仙台国際センター
    • Year and Date
      2007-05-24
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 【ポスター】バクテリオファージT4尾部の膜貫通機構2007

    • Author(s)
      二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市仙台国際センター
    • Year and Date
      2007-05-24
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Remarks] ホームページ

    • URL

      http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/

    • Related Report
      2010 Final Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      http://dynamics.iam,u-tokyo,ac.jp/

    • Related Report
      2008 Annual Research Report

URL: 

Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi