High-resolution epigenome analysis of cancer of the digestive system using tiling array

• Project/Area Number: 19390345
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Digestive surgery
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: KANEDA Atsushi The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): TSUTSUMI Shuichi 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (30345152) ; UOZAKI Hiroshi 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (10296246)
• Project Period (FY): 2007 – 2009
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2009)
• Budget Amount: ¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000); Fiscal Year 2009: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000); Fiscal Year 2008: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000); Fiscal Year 2007: ¥6,890,000 (Direct Cost: ¥5,300,000、Indirect Cost: ¥1,590,000)
• Keywords: 胃十二指腸外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ / 情報工学

Research Abstract

Genome-wide mapping of DNA methylation using tiling array and quantitative analysis using MALDI-TOF mass spectrometry (MassARRAY), revealed three distint epigenotypes in colorectal cancer and genes methylated preferentially in HCV-related hepatocellular carcinoma.

Research Products

• [Journal Article] Three DNA methylation epigenotypes in human colorectal cancer (2010)
  • Author(s): Yagi K, Akagi K, Hayashi H, Nagae G, Tsuji S, Isagawa T, Midorikawa Y, Nishimura Y, Sakamoto H, Seto Y, Aburatani H, Kaneda A.
  • Journal Title: Clin Cancer Res 16(Epub) Pages: 21-33
• [Journal Article] Identification of genes preferentially methylated in hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma (2010)
  • Author(s): Deng YB, Nagae G, Midorikawa Y, Yagi K, Tsutsumi S, Yamamoto S, Hasegawa K, Kokudo N, Aburatani H, Kaneda A.
  • Journal Title: Cancer Sci (Epub)
  • NAID: 10026593919
• [Journal Article] Three DNA methylation epigenotypes in human colorectal cancer. (2010)
  • Author(s): Koichi Yagi, et al., At sushi Kaneda
  • Journal Title: Clin Cancer Res 16 Pages: 21-33
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of genes preferentially methylated in hepatit is C virus-related hepatocellular carcinoma. (2010)
  • Author(s): Ying-Bing Deng, et al., Atsushi Kaneda
  • Journal Title: Cancer Sci (Epub2010Feb27)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DNAメチローム解析研究の最新動向 (2010)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 実験医学 (掲載確定In press)
• [Journal Article] 質量分析機 (MassARRAY) によるDNAメチル化定量解析 (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 実験医学 別冊 Pages: 92-103
• [Journal Article] エピゲノミクス―転写レギュローム (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 医学の歩み 別冊 Pages: 57-64
• [Journal Article] 胃癌のepigenetic change (2008)
  • Author(s): 金田篤志ら
  • Journal Title: 消化器外科 31 Pages: 610-616
• [Journal Article] MassARRAYによるDNAメチル化解析 (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 遺伝子医学MOOK 10 Pages: 168-175
• [Journal Article] エピゲノミクス--転写レギュローム (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 医学の歩み 219 Pages: 57-64
• [Journal Article] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化定量解析 (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 実験医学 別冊 Pages: 92-103
• [Journal Article] 胃癌の epigenetic change (2008)
  • Author(s): 金田篤志, ら
  • Journal Title: 消化器外科 ((印刷中)掲載確定)
• [Journal Article] MassARRAYによるDNAメチル化解析 (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 遺伝子医学MOOK ((印刷中)掲載確定)
• [Journal Article] アレイを必要としないゲノム網羅的DNAメチル化解析法 (2007)
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: バイオテクノロジージャーナル 7 Pages: 416-21
• [Journal Article] Enhanced sensitivity to IGF-II signaling links loss of imprinting of IGF2 to increased cell pr (2007)
  • Author(s): Kaneda A, et al.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA 104 Pages: 20926-31
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] DNAメチローム解析研究の最新動向
  • Author(s): 金田篤志
  • Journal Title: 実験医学 (in press)
• [Presentation] 定量的メチル化解析により大腸癌は3群のエピジェノタイプに分類される (2009)
  • Author(s): 八木浩一, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-02
• [Presentation] 肝癌におけるゲノム・エピゲノム異常の包括的解析 (2009)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-02
• [Presentation] 癌エピジェノタイピング (2009)
  • Author(s): 金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-01
• [Presentation] 胃癌におけるDNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • Author(s): 松坂恵介, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-01
• [Presentation] 肝癌過程におけるDNAメチル化の変化と肝炎ウィルスの関係 (2009)
  • Author(s): 〓穎氷, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-01
• [Presentation] 口腔癌における網羅的異常メチル化遺伝子の解析 (2009)
  • Author(s): 葭葉清香、金田篤志, ら
  • Organizer: 第68回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2009-10-01
• [Presentation] Cancer Epigenotyping. Epigenomics (2009)
  • Author(s): Atsushi Kaneda
  • Organizer: Sequencing and SNiPomics-2009
  • Place of Presentation: Boston, USA
  • Year and Date: 2009-07-14
• [Presentation] Cancer Epigenotyping (2009)
  • Author(s): Atsushi Kaneda
  • Organizer: Epigenomics, Sequencing and SNiPomics-2009
  • Place of Presentation: Boston, USA
  • Year and Date: 2009-07-14
• [Presentation] ヒトゲノムにおける網羅的メチル化解析法の比較検討 (2009)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-05-22
• [Presentation] 肝癌発癌過程におけるDNAメチル化の変化と肝炎ウィルスの関係 (2009)
  • Author(s): 〓穎氷, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-05-22
• [Presentation] 大腸癌は3群のエピジェノタイプに分類される (2009)
  • Author(s): 八木浩一, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-05-22
• [Presentation] 胃癌におけるDNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • Author(s): 松坂恵介, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-05-22
• [Presentation] MassARRAYを用いた定量的メチル化解析による大腸癌の epigenotyping (2009)
  • Author(s): 八木浩一, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第109回日本外科学会定期学術集会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-04-02
• [Presentation] MassARRAYを用いた定量的メチル化解析による大腸癌のepigenotyping (2009)
  • Author(s): 八木浩一、金田篤志, ら
  • Organizer: 第109回日本外科学会定期学術集会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 2009-04-02
• [Presentation] 早期細胞老化と癌化機構 (2009)
  • Author(s): 金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] 縮小手術を目指した胃癌リンパ節転移イメージング (2009)
  • Author(s): 金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] 定量的メチル化解析による大腸癌のEpigenotyping (2009)
  • Author(s): 八木浩一、金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] Comprehensive analysis of aberrantly suppressed genes due to promoter hypermethylation in Liver Cancer (2009)
  • Author(s): Yingbing Deng、金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] ES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化プロファイリング (2009)
  • Author(s): 砂河孝行、金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] Comprehensive analysis of DNA methylation of human cancer cell using massively parallel sequencing system (2008)
  • Author(s): 永江玄太、金田篤志ら
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-12-11
• [Presentation] Chemoprevention strategy of intestinal tumor based on enhanced sensitivity to IGF2 signaling in IGF2 loss of imprinting (2008)
  • Author(s): Atsushi Kaneda
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-29
• [Presentation] Chemoprevention strategy of intestinal tumor based on enhanced sensitivity to IGF2 signaling in IGF2 loss of imprinting (2008)
  • Author(s): Atsushi Kaneda
  • Organizer: 第67回日本群会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-29
• [Presentation] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer (2008)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-28
• [Presentation] Comprehensive analysis of transcriptionally repressed genes due to aberrant promoter hypermethylation in liver cancer (2008)
  • Author(s): 〓頴氷, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-28
• [Presentation] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY (2008)
  • Author(s): 八木浩一, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-28
• [Presentation] Comprehensive analysis of transcriptionally repressed genesdue to aberrant promoter hypermethylation in liver cancer (2008)
  • Author(s): 郵頴氷、金田篤志ら
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-28
• [Presentation] Comprehensive DNA methylation analysis in Epstein-Barr virus associated gastric carcinoma (2008)
  • Author(s): 松坂恵介、金田篤志ら
  • Organizer: 第67回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 愛知県名古屋市
  • Year and Date: 2008-10-28
• [Presentation] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY (2008)
  • Author(s): 八木浩一、金田篤志ら
  • Organizer: 第9回文部科学省特定領域研究「がん」5領域若手研究者ワークショップ
  • Place of Presentation: 長野県蓼科
  • Year and Date: 2008-09-04
• [Presentation] IGF2遺伝子LOIによる腸管腫瘍リスクと腫瘍リスク低減モデル (2008)
  • Author(s): 金田篤志ら
  • Organizer: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 静岡県三島
  • Year and Date: 2008-05-19
• [Presentation] 肝癌におけるゲノム・エピゲノム異常の統合的解析 (2008)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 静岡県三島
  • Year and Date: 2008-05-09
• [Presentation] 肝癌における異常メチル化に伴った遺伝子発現抑制の網羅的解析 (2008)
  • Author(s): 〓頴氷, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 静岡県三島
  • Year and Date: 2008-05-09
• [Presentation] MassARRAYによる大腸癌の定量的メチル化解析 (2008)
  • Author(s): 八木浩一, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 静岡県三島
  • Year and Date: 2008-05-09
• [Presentation] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer (2008)
  • Author(s): Genta Nagae,Atsushi Kanedaら
  • Organizer: 99th AACR Annual Meeting
  • Place of Presentation: 静岡県三島
  • Year and Date: 2008-04-13
• [Presentation] Genome-wide profiling of aberrantly methylated genes in oral cancer (2008)
  • Author(s): Sayaka Yoshiba, Atsushi Kaneda ら
  • Organizer: 1st Retreat Meeting of the IMSUT & RCAST Global COE
  • Place of Presentation: Jeju, Korea
  • Year and Date: 2008-03-27
• [Presentation] 肝癌のゲノム・エピゲノム異常の統合的解析 (2008)
  • Author(s): 永江玄太、金田篤志ら
  • Organizer: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2008-03-13
• [Presentation] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドプロファイリング (2007)
  • Author(s): 砂河孝行, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-13
• [Presentation] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • Author(s): Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 7th International Workshop on Advanced Genomics
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2007-11-28
• [Presentation] Comprehensive epigenomic analysis of colorectal cancer using immunoprecipitation technique and tiling array (2007)
  • Author(s): Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] Comprehensive epigenomic analysis of colorectal cancer using immunoprecipitation techniqu (2007)
  • Author(s): Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] A global epigenetic map in Human Genome using tiling arrays (2007)
  • Author(s): Shuichi Tsutsumi, Atsushi Kaneda, et
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • Author(s): Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] Gene expression signatures to predict the response to chemotherapy in ovarian cancer (2007)
  • Author(s): Yuriko Uehara, Atsushi Kaneda, et al
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] Gene expression signaturesfor prediction of chemotherapy sensitivityof breast cancer (2007)
  • Author(s): Kenji Tatsuno, Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-04
• [Presentation] DNA methylation profiling along with mouse ES cell differentiation (2007)
  • Author(s): Takayuki Isagawa, Atsushi Kaneda, et
  • Organizer: 第66回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-10-03
• [Presentation] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌メチル化解析 (2007)
  • Author(s): 金田篤志, ら
  • Organizer: 東京大学生命科学研究ネットワークシンポジウム
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2007-09-15
• [Presentation] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第8回がん若手ワークショップ
  • Place of Presentation: 長野県茅野市
  • Year and Date: 2007-08-30
• [Presentation] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌DNAメチル化解析 (2007)
  • Author(s): 金田篤志, ら
  • Organizer: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2007-06-16
• [Presentation] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドマッピング (2007)
  • Author(s): 砂河孝行, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2007-06-16
• [Presentation] タイリングアレイを用いた肝癌の網羅的メチル化解析 (2007)
  • Author(s): 永江玄太, 金田篤志, ら
  • Organizer: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 2007-06-15
• [Presentation] Comprehensive DNA methylation analysis in human cancer using oligonucleotide tiling array (2007)
  • Author(s): Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • Organizer: 98th AACR Annual Meeting
  • Place of Presentation: Los Angeles, USA
  • Year and Date: 2007-04-15
• [Book] 第2章-III発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-. in「がんプロフェッショナル養成講座 腫瘍病理学」(編 : 深山正久) (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Publisher: 株式会社文光堂
• [Book] 第1章4-1) 胃癌の epigenetic change. 消化器外科, 特集「胃癌のすべて」(編 : 上西紀夫) (2008)
  • Author(s): 金田篤志, 八木浩一
  • Publisher: 株式会社へるす出版
• [Book] 第2章1-4) MassARRAYによるDNAメチル化解析, 遺伝子医学MOOK特集「DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実験」(編 : 油谷浩幸) (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Publisher: 株式会社メディカルドゥ
• [Book] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深由正久編 腫瘍病理学 第2章III) (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Total Pages: 28
  • Publisher: 文光堂
• [Book] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深山正久編 腫瘍病理学 第2章 (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Total Pages: 28
  • Publisher: 文光堂(掲載確定)
• [Book] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化解析(牛島俊和編 エピジェネティクス実験プロトコール) (2008)
  • Author(s): 金田篤志
  • Total Pages: 12
  • Publisher: 羊土社(掲載確定)
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [Patent(Industrial Property Rights)] 特許 (2010)
  • Inventor(s): 金田篤志, ら
  • Industrial Property Rights Holder: 東京大学
  • Filing Date: 2010-02-26
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] 癌細胞の存否を判定する方法および癌患者の予後を判定する方法 (2009)
  • Inventor(s): 金田篤志, 八木浩一, 油谷浩幸
  • Industrial Property Rights Holder: 国立大学法人東京大学、シスメックス株式会社
  • Filing Date: 2009-07-03
• [Patent(Industrial Property Rights)] 特許 (2009)
  • Inventor(s): 金田篤志, ら
  • Industrial Property Rights Holder: 東京大学
  • Industrial Property Number: 2009-158873
  • Filing Date: 2009-07-03