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Studies on population structures and their statistical modeling

Research Project

Project/Area Number 19500235
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Statistical science
Research InstitutionTokyo University of Marine Science and Technology

Principal Investigator

KITAKADO Toshihide  Tokyo University of Marine Science and Technology, 海洋科学部, 助教 (40281000)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) KITADA Shuichi  東京海洋大学, 海洋科学部, 助教 (10262338)
岸野 洋久  国立大学法人東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987)
Project Period (FY) 2007 – 2009
Project Status Completed (Fiscal Year 2009)
Budget Amount *help
¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2009: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords統計遺伝 / 集団構造 / 遺伝的差異 / 積分尤度 / 経験ベイズ法 / メタポピュレーション / 統計遺伝学 / 階層モデル / 尤度推測
Research Abstract

水産生物などの生物資源の保全や管理を実践するうえで,繁殖単位の特定(すなわち遺伝的集団構造の把握)が重要となる.この目的のためには,得られる遺伝的データに対して,適切なモデルと推測方法が必要となる.本研究では,集団間の遺伝的差異の推測において従来の方法を凌駕する方法を開発し,その方法を実装したプログラムをフリーソフトPOPDIF として提供可能とした.

Report

(4 results)
  • 2009 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2010 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (5 results) Book (3 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Genetic effects of the long-term stock enhancement programs2009

    • Author(s)
      Kitada S., H. Shishidou, T. Sugaya, T. Kitakado, K. Hamasaki, H. Kishino
    • Journal Title

      Aquaculture 290

      Pages: 69-79

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      2009 Final Research Report
  • [Journal Article] Genetic effects of the long-term stock enhancement programs2009

    • Author(s)
      Kitada S., H.Shishidou, T.Sugaya, T.Kitakado, K.Hamasaki, H.Kishino
    • Journal Title

      Aquaculture 290

      Pages: 69-79

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      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 集団間の遺伝的分化の経験ベイズ推定.2008

    • Author(s)
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • Journal Title

      水産育種 38

      Pages: 41-50

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      2009 Final Research Report
  • [Journal Article] マイクロサテライトDNA変異から推定した日本沿岸における太平洋ニシンの集団構造.2008

    • Author(s)
      根本雄太, 菅谷琢磨, 大河内裕之, 北門利英, 浜崎活幸, 北田修一
    • Journal Title

      水産育種 37

      Pages: 51-59

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      2009 Final Research Report
  • [Journal Article] 集団間の遺伝的分化の経験ベイズ推定2008

    • Author(s)
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • Journal Title

      水産育種 38

      Pages: 41-50

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      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 水産資源の管理と保全におけるサンプリング調査と統計遺伝2007

    • Author(s)
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • Journal Title

      計量生物 28SpecialIssue1

      Pages: 35-55

    • NAID

      10019757706

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      2009 Final Research Report
  • [Journal Article] Empirical Bayes inference of pairwise FST and its distribution in the genome2007

    • Author(s)
      Kitada, S., T. Kitakado, H. Kishino
    • Journal Title

      Genetics 177

      Pages: 861-873

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  • [Journal Article] Empirical Bayes inference of pairwise FST and its distribution in the genome2007

    • Author(s)
      Shuichi Kitada, Toshihide Kitakado and Hirohisa Kishino
    • Journal Title

      Genetics 177

      Pages: 861-873

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      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 遺伝的集団解析と水産資源への応用2010

    • Author(s)
      北門利英
    • Organizer
      マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺
    • Place of Presentation
      統計数理研究所
    • Year and Date
      2010-02-20
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      2009 Annual Research Report 2009 Final Research Report
  • [Presentation] Statistical genetic approaches for estimating population structures with applications to fisheries populations2009

    • Author(s)
      Kitakado, T., S. Kitada, H. Kishino
    • Organizer
      Australia-Japan Workshop on Data Science
    • Place of Presentation
      慶應大学理工学部
    • Year and Date
      2009-03-25
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      2009 Final Research Report
  • [Presentation] Statistical genetic approaches for estimating population structures with applications to fisheries populations2008

    • Author(s)
      Toshihide Kitakado, Shuichi Kitada, Hirohisa Kishino
    • Organizer
      Australia-Japan Workshop on Data Science
    • Place of Presentation
      慶応大学
    • Year and Date
      2008-03-25
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      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 遺伝情報を利用した集団構造の統計的推測2007

    • Author(s)
      北門利英
    • Organizer
      日本水産増殖学会第6回大会サテライトシンポジウム
    • Place of Presentation
      東京海洋大学
    • Year and Date
      2007-07-19
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  • [Presentation] 種苗放流の遺伝的影響2007

    • Author(s)
      北田修一
    • Organizer
      日本水産増殖学会第6回大会サテライトシンポジウム
    • Place of Presentation
      東京海洋大学
    • Year and Date
      2007-07-19
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      2009 Final Research Report
  • [Book] 「集団構造の統計的推測」,水産資源の増殖と保全2008

    • Author(s)
      北門利英, 北田修一, ら(編)
    • Publisher
      成山堂書店
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      2009 Final Research Report
  • [Book] 種苗放流の遺伝的影響-実データによる検証-2008

    • Author(s)
      北田修
    • Publisher
      成山堂書店
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      2009 Final Research Report
  • [Book] 水産資源の増殖と保全2008

    • Author(s)
      北田修一ほか編著(第8章北門利英, 第10章北田修一)
    • Total Pages
      234
    • Publisher
      成山堂書店
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  • [Remarks] 開発したソフトウエアのホームページPOPDIF (遺伝的差異を推定するためのフリープログラム)

    • URL

      http://popgene.co-site.jp/software.html

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      2009 Final Research Report
  • [Remarks] ソフトウエアのホームページ

    • URL

      http://popgene.co-site.jp/software.html

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      2009 Annual Research Report

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Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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