Study on the functional network of the bacterial uncharacterized essential genes

• Project/Area Number: 19510198
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: 基礎ゲノム科学
• Research Institution: Tokyo Metropolitan University
• Principal Investigator: KATO Jun-ichi Tokyo Metropolitan University, 大学院・理工学研究科, 准教授 (10194820)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2008: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000); Fiscal Year 2007: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
• Keywords: 微生物ゲノム / 大腸菌 / 光合成 / 光合成細菌 / ゲノム / クロロフィル / 最小必須遺伝子群 / 必須遺伝子 / 染色体 / 欠失変異 / 分子生物学

Research Abstract

大腸菌の機能未知必須遺伝子の機能解析を行い、リポ多糖(LPS)、ペプチドグリカンの基質の輸送に関与すると考えられる遺伝子群、転写に必須と考えられる新規DNA 分解酵素コードする遺伝子群を同定した。また染色体大規模欠失株を用いて野生株では難しい定常期における生存に関与する遺伝子群の解析を行い、ヌクレオプロテイン複合体を形成し、多くのストレスからDNA を保護しているDps タンパク質が増殖、生存に重要であることを明らかにした

Research Products

• [Journal Article] Involvement of an essential gene, mviN, in murein synthesis in Escherichia coli (2008)
  • Author(s): Inoue, A., Murata, Y., Takahashi, H., Tsuji, N., Fujisaki, S., and Kato, J.
  • Journal Title: J. Bacteriol 190 Pages: 7298-7301
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Superpositioning of deletions promotes growth of Escherichia coli with a reduced genome (2008)
  • Author(s): Mizoguchi, H., Sawano, Y., Kato, J., and Mori, H.
  • Journal Title: DNA Research 15 Pages: 277-284
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of consecutive deletions of the Escherichia coli chromosome (2007)
  • Author(s): Kato, J. and Hashimoto, M.
  • Journal Title: Mol. Syst. Biol 3 Pages: 132-132
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Construction of consecutive deletions of the Escherichia coli chromosome (2007)
  • Author(s): Kato, J.
  • Journal Title: Mol. Syst. Biol. 3
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Construction of Escherichia coli long chromosomaldeletion mutants and genome minimization. (2009)
  • Author(s): Kato, J.
  • Organizer: The 82nd Annual Congress of Japanese Society for Bacteriology
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2009-03-13
• [Presentation] Construction of Escherichia coli long chromosomal deletion mutants and genome minimization (2009)
  • Author(s): Kato, J.
  • Organizer: The 82nd Annual Congress of Japanese Society for Bacteriology
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] 大腸菌染色体大規模欠失株の作製と解析 (2009)
  • Author(s): 加藤潤一、本多弘典、大森拓磨、金 景順、蔡安蓉、橋本 昌征、樽谷愛理
  • Organizer: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] 大腸菌の染色体大規模欠失変異株の作製とその性質 (2008)
  • Author(s): 加藤潤一
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2008-12-13
• [Presentation] 大腸菌の染色体大規模欠失変異株の作製とその性質 (2008)
  • Author(s): 加藤潤一
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2008-12-11
• [Presentation] 大腸菌の染色体大規模欠失変異株の作製とその性質 (2008)
  • Author(s): 加藤潤一、本多 弘典、大森拓磨、金景順、蔡安蓉、橋本昌征、樽谷愛理
  • Organizer: 第31 回日本分子生物学会年会・第81 回日本生化学会大会合同大会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] 大腸菌の外膜タンパク質の膜局在化に必須なyfiO遺伝子の遺伝学的解析 (2008)
  • Author(s): 立川智章、加藤潤一
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 大阪
• [Presentation] 大腸菌の染色体大規模欠失変異株の作製とその性質 (2008)
  • Author(s): 加藤潤一、本多 弘典、馬鳥裕史、橋本昌征, 金景順
  • Organizer: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • Place of Presentation: 大阪
• [Presentation] 大腸菌の外膜タンパク質の膜局在化に必須なyfiO遺伝子の遺伝学的解析 (2007)
  • Author(s): 立川智章、加藤潤一
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] 大腸菌の染色体大規模欠失変異株の作製とその性質 (2007)
  • Author(s): 加藤潤一、本多 弘典、馬鳥裕史、橋本昌征, 金景順
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 横浜
• [Book] Construction of long chromosomal deletion mutants of Escherichia coli and minimization of the genome. Methods in Molecular Biology (Microbial Gene Essentiality - Protocols and Bioinformatics)(Osterman, A. L. and Gerdes, S. Y. (ed.) (2008)
  • Author(s): Kato, J. and Hashimoto, M.
  • Publisher: Humana Press, Totowa, New Jersey
• [Book] Methods in Molecular Biology 416(Microbial Gene Essentiality: Protocols and Bioinformatics) (2007)
  • Author(s): Kato, J.
  • Total Pages: 15
  • Publisher: Humana Press Inc.,
• [Remarks]
  • URL: http://dept.biol.metro-u.ac.jp/labo.asp?ID=molgen
• [Remarks]
  • URL: http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp