Prediction of protein folding sites based on the interresidue average distance statistics

• Project/Area Number: 19510202
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: 基礎ゲノム科学
• Research Institution: Ritsumeikan University
• Principal Investigator: KIKUCHI Takeshi Ritsumeikan University, 生命科学部, 教授 (90195206)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2008: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2007: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
• Keywords: バイオインフォマティクス / タンパク構造予測 / 残基間平均距離統計 / 残基対コンタクト頻度 / 立体構造形成部位 / コンタクトマップ / φ値解析 / モンテカルロ法 / タンパク立体構造 / 立体構造形成 / 構造予測 / 残基対コンタクト / 疎水性パッキング / ADM

Research Abstract

本研究においてはタンパクの立体構造の精密予測を目標として、まずタンパク立体構造形成部位の位置や構造形成にかかわるアミノ酸の予測を試みるものである。研究期間において、タンパクにおけるアミノ酸間平均距離統計に基づくコンタクトマップ(平均距離図、Average Distance Map)などを用い、グロビンや免疫グロブリン結合タンパクといったタンパクの実験結果と予測結果を詳細に比較・精査を行い本研究の有効性を示すことができた。

Research Products

• [Journal Article] Spin correlations in a no frustrated one-dimensional spin system and the formation of the ground state as a model of protein folding (2009)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Journal Title: Physica A : Statistical Mechanics and its Applications 388 Pages: 129-136
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of 3D structural differences in the IgG-binding domains based on the interresidue average-distance statistics (2008)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Journal Title: Amino Acids 5 Pages: 541-549
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of 3D structural differences in the IgG binding domains based on the average-distance statistics (2008)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Journal Title: Amino Acids (掲載確定)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics (2007)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Journal Title: the 10th International Congress on Amino Acids and Proteins(ICAAP)(August 2007, Kallithea, Greece)Amino Acids 33
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理を用いたFKBP阻害剤の結合エネルギー予測とリガンドの分類 (2008)
  • Author(s): 南康智, 菊地武司
  • Organizer: 第46回に本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(福岡)
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] グロビンフォールドヘリックスE-H単位の立体構造の普遍性-残基間平均距離を用いた解析- (2008)
  • Author(s): 菊地武司
  • Organizer: 第46回に本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(福岡)
  • Year and Date: 2008-12-03
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理に基づくFKBP(免疫抑制剤結合タンパク質)阻害剤の結合自由エネルギーの予測 (2008)
  • Author(s): 南康智, 菊地武司
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: タワーホール船橋(東京)
  • Year and Date: 2008-06-10
• [Presentation] グロビンフォールドヘリックスE-H単位の立体構造の普遍性について (2008)
  • Author(s): 永岡清秀, 菊地武司
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会
  • Place of Presentation: タワーホール船橋(東京)
  • Year and Date: 2008-06-10
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理に基づくFKBP(免疫抑制剤結合タンパク質)阻害剤の結合自由エネルギーの予測 (2008)
  • Author(s): 南康智、菊地武司
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p62
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性について (2008)
  • Author(s): 永岡清秀、菊地武司
  • Organizer: 第8回日本蛋白質科学会年会講演要旨集p64
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] グロビンフォールドへリックスE-H単位の立体構造の普遍性-残基間平均距離を用いた解析 (2008)
  • Author(s): 菊地武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S22
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理を用いたFKBP阻害剤の結合自由エネルギーの予測とリガンドの分類 (2008)
  • Author(s): 南康智、菊地武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第46回年会講演予稿集S28
  • Place of Presentation: 福岡
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理に基づく相対的結合自由エネルギー計算とそのFK506結合タンパク阻害剤への応用 (2007)
  • Author(s): 新江 雄一、南康 智、菊地 武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-22
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理に基づくジヒドロ葉酸還元酵素の相対結合自由エネルギー計算 (2007)
  • Author(s): 坂本 龍則、菊地 武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] IgG結合ドメインの立体構造の違いについて-残基間平均距離統計に基づく解析 (2007)
  • Author(s): 菊地 武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-21
• [Presentation] Prediction of Protein Folding Properties Based on Interresidue Average Distance Statistics (2007)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Organizer: the 10th International Congress on Amino Acids and Proteins
  • Place of Presentation: Kallithea, Greece
  • Year and Date: 2007-08-23
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理を用いた相対的結合自由エネルギー計算とジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤への応用 (2007)
  • Author(s): 新江 雄一、菊地 武司
  • Organizer: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2007-05-25
• [Presentation] 残基間平均距離統計ポテンシャルによるIgG結合ドメイン類縁蛋白の構造の差異に関する解析 (2007)
  • Author(s): 菊地 武司、原田 織江
  • Organizer: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 仙台
  • Year and Date: 2007-05-25
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理を用いた相対的結合自由エネルギー計算とジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤への応用 (2007)
  • Author(s): 新江雄一、菊地武司
  • Organizer: 第7回蛋白質科学会講演要旨集
  • Place of Presentation: 仙台
• [Presentation] 残基間平均距離統計ポテンシャルによるIgG結合ドメイン類縁タンパクの構造の差異に関する解析 (2007)
  • Author(s): 原田織江、菊地武司
  • Organizer: 第7回蛋白質科学会講演要旨集
  • Place of Presentation: 仙台
• [Presentation] Prediction of protein folding properties based on interresidue average distance statistics (2007)
  • Author(s): Takeshi Kikuchi
  • Organizer: International Conference of Amino acid and Porteins
  • Place of Presentation: Tessalloniki, Greece
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理の基づくジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤の相対的結合自由エネルギー計算 (2007)
  • Author(s): 坂本龍則、菊地武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S26
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] IgG結合ドメインの立体構造の違いについて-残基間平均距離に基づく解析- (2007)
  • Author(s): 菊地武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S27
  • Place of Presentation: 横浜
• [Presentation] 自由エネルギー変分原理の基づく相対的結合自由エネルギー計算とそのFKBP結合タンパク阻害剤への応用 (2007)
  • Author(s): 新江雄一、菊地武司
  • Organizer: 日本生物物理学会第45回年会講演予稿集S114
  • Place of Presentation: 横浜