| Project/Area Number |
19510208
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Applied genomics
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
REN Fengrong Tokyo Medical and Dental University, 情報処理センター, 特任准教授 (60280989)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
TANAKA Hiroshi 東京医科歯科大学, 大学院疾患生命科学研究部, 教授 (60155158)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2007: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
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| Keywords | HIV宿主内進化 / 連続HIVサンプル / 薬剤耐性変異 / 共進化解析 / SGS法 / 経時的なHIV宿主内進化 / 抗HIV薬剤耐性 / Single Genome Sequencing(SGS)法 / HIV遺伝子の共進化 / 決定木構築法 / 相互情報量 / vSPAアルゴリズム / 決定木構築アルゴリズム / Single Genome Sequencing (SGS)法 / env遺伝子の多様性進化 |
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| Research Abstract |
HIV宿主内進化過程を推定するための計算アルゴリズムvSPAを開発した。AIDS患者2症例から経時的に得られた1000個近いHIV-1サンプルへ適用した結果、薬剤耐性獲得に関連する突然変異などを検出することができた。
バイオインフォマティクス手法を用いて、抗HIV剤治療を受けた1症例より経時的に採取したHIV-1サンプルから、GagとPR遺伝子間の共進化突然変異を推定した。さらにin vitro実験を行い、これらの同時変異が機能的に有意であることを確認した。
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