Comprehensive search for plant alternative promoters

• Project/Area Number: 19570035
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: 植物生理・分子
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: YAMAMOTO Yoshiharu Nagoya University, 遺伝子実験施設, 研究員 (50301784)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): OBOKATA Junichi 京都府立大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (50185667)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2008: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000); Fiscal Year 2007: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
• Keywords: 環境応答 / プロモーター / ゲノム / 転写

Research Abstract

代表者が開発した高速シークエンサーを用いた転写開始点の大量同定法をシロイヌナズナに適用し、16万もの転写開始点タグを同定した。この解析結果を統計解析することで、植物コアプロモーターの多様性を初めて解明できた。16万の転写開始点タグは24,453の転写開始点クラスター、すなわちプロモーターとして認識されその過半数はこれまで知られていなかったものである。そのうち、10,285のプロモーターが9,627の遺伝子(CDS)に関連づけられ、差分の658がプロモーターを複数持つ遺伝子として同定することができた。この結果は代表者らが作成した植物プロモーターデータベースppdbにより検索可能である。

Research Products

• [Journal Article] Live imaging of chloroplast FtsZ1 filaments, rings, spirals, and motile dot structures in the AtMinE1 mutant and overexpressor of Arabidopsis thaliana. (2009)
  • Author(s): Fujiwara M, Sekine K, Yamamoto YY, Abe T, Sato N, Itoh R
  • Journal Title: Plant Cell Physiol (印刷中)
  • NAID: 130006995093
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Widespread translational inhibition by plant miRNAs and siRNAs (2008)
  • Author(s): Brodersen P, Sakvarelidze-Achard L, Bruun-Rasmussen M, Dunoyer P, Yamamoto YY, Sieburth L, Voinnet O.
  • Journal Title: Science 320 Pages: 1185-1190
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana (2008)
  • Author(s): Kazama Y, Saito H, Yamamoto YY, Hayashi Y, Ichida H, Ryuto H, Fukunishi N, Abe T.
  • Journal Title: Plant Biotech 25 Pages: 113-117
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ppdb, a plant promoter database (2008)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 36 Pages: 977-981
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ppdb, a plant promoter database. (2008)
  • Author(s): Yamamoto YY. Obkata J
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 36
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana. (2008)
  • Author(s): Kazama Y, Saito H, Yamamoto YY, Hayashi Y, Ichida H, Ryuto H, Fukunishi N, Abe T
  • Journal Title: Plant Biotech 25 Pages: 113-117
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Widespread translational inhibition by plant miRNAs and siRNAs. (2008)
  • Author(s): Brodersen P, Sakvarelidze-Achard L, Bruun-Rasmussen M, Dunoyer P, Yamamoto YY, Sieburth L, Voinnet O
  • Journal Title: Science 320 Pages: 1185-1190
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] LET-dependent effects of heavy-ion beam irradiation in Arabidopsis thaliana. (2008)
  • Author(s): Kazama Y, Saito H, Yamamoto YY, Hayashi Y, Ichida H, Ryoto H, Fukunishi N, Abe T.
  • Journal Title: Plant Biotech 25 Pages: 113-117
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Differentiation of core promoter architecture between plants and mammals revealed by LDSS analysis (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY, Ichida H, Abe T, Suzuki Y, Sugano S, Obokata J
  • Journal Title: Nucleic Acids Res 35 Pages: 6219-6226
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of plant promoter constituents by analysis of local dstribution of short sequences (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY, Ichida H, Matsui M, Obokata J, Sakurai T, Satou M, Seki M, Shinozaki K, Abe T.
  • Journal Title: BMC Genomics 8 Pages: 67-67
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification of plant promoter constituents by analysis of local distribution of short sequences (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY, Ichida H, Matsui M, Obokata J, Sakurai T, Satou M, Seki M, Shinozaki K, Abe T
  • Journal Title: BMC Genomics 8 Pages: 67-67
  • Peer Reviewed
• [Presentation] コアプロモーターのタイプと遺伝子構造との相関関係 (2009)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第50回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2009-03-21
• [Presentation] 植物プロモーターの構造 (2009)
  • Author(s): 山本義治
  • Organizer: 第四回「光計測技術と生物発光リアルタイム測定システムの応用」
  • Place of Presentation: 名古屋
  • Year and Date: 2009-03-06
• [Presentation] ppdb 2.0 : 植物プロモーターデータベース (2008)
  • Author(s): 山本義治, 佐藤直樹, 西山智明, 長谷部光泰, ダニエル・ランク, ステファン・レンシング, 小保方潤一
  • Organizer: 日本分子生物学会第31回大会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2008-12-10
• [Presentation] ppdb:植物プロモーターデータベース (2008)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 日本植物生理学会第49回年会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-03-20
• [Presentation] 高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性 (2008)
  • Author(s): 山本義治、吉次友昭、櫻井哲也、関原明、篠崎一雄、小保方潤一
  • Organizer: 日本植物生理学会第49回年会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 2008-03-20
• [Presentation] ppdb2.0 : 植物プロモーターデータベース (2008)
  • Author(s): 山本義治、佐藤直樹、西山智明、長谷部光泰、ダニエル・ラング、ステファン・レンシング、小保方潤一
  • Organizer: 日本分子生物学会第31回大会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] コード領域の上流近傍における転写開始位置の決定機構 (2008)
  • Author(s): 工藤久幸、山本義治、中邨真之、大谷将人、長谷川桂子、小保方潤一
  • Organizer: 日本分子生物学会第31回大会
  • Place of Presentation: 神戸
• [Presentation] 高等植物におけるコアプロモーターと遺伝子機能・構造の関係 (2008)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 日本遺伝学会第80会大会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] プロモーター下流の転写領域による転写開始位置制御機構 (2008)
  • Author(s): 工藤久幸, 山本義治, 中邨真之, 大谷将人, 長谷川桂子, 小保方潤一
  • Organizer: 日本遺伝学会第80会大会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] シロイヌナズナへの重イオンビーム変異誘発におけるLET効果とDNA変異 (2008)
  • Author(s): 風間裕介、斉藤宏之、山本義治、林依子、阿部知子
  • Organizer: 日本育種学会第113回講演会
  • Place of Presentation: 川崎
• [Presentation] Promoter Prediction from Genome Sequence (2008)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J.
  • Organizer: The 55th NIBBConference
  • Place of Presentation: Okazaki
• [Presentation] 『盗葉緑体』によって光合成を行う嚢舌目ウミウシの探索 (2008)
  • Author(s): 山本義治, 種村尚典, 遊佐陽一, 平野弥生, 平野義明, 本村泰三, 小保方潤一
  • Organizer: 光合成研究会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] 高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性 (2008)
  • Author(s): 山本義治, 吉次友昭, 櫻井哲也, 関原明, 篠崎一雄, 小保方潤一
  • Organizer: 第49回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] 光合成核遺伝子群にみられるTATA-less型プロモーターの転写開始位置決定機構 (2008)
  • Author(s): 工藤久幸, 山本義治, 中邨真之, 大谷将人, 長谷川桂子, 小保方潤一
  • Organizer: 第49回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] ppdb : 植物プロモーターデータベース (2008)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第49回日本植物生理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌
• [Presentation] シロイヌナズナヘの重イオンビーム変異誘発におけるLET効果とDNA変異 (2008)
  • Author(s): 風間裕介, 斉藤宏之, 山本義治, 林依子, 阿部知子
  • Organizer: 日本育種学会第113回講演会
  • Place of Presentation: 東京
• [Presentation] Promoter Prediction from Genome Sequence (2008)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J
  • Organizer: The 55th NIBBConference, "Frontier of Plant Science in the 21st Century"
  • Place of Presentation: 岡崎
• [Presentation] 『盗葉緑体』によって光合成を行う_舌目ウミウシの探索 (2008)
  • Author(s): 山本義治, 種村尚典, 遊佐陽一, 平野弥生, 平野義明, 本村泰三, 小保方潤一
  • Organizer: 光合成研究会
  • Place of Presentation: 名古屋
• [Presentation] ppdb:植物プロモーターデータベース (2007)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
  • Organizer: 第30回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-12
• [Presentation] シロイヌナズナコアプロモーター因子間の相関関係 (2007)
  • Author(s): 山本義治
  • Organizer: シロイヌナズナワークショップ2007
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-10
• [Presentation] シロイヌナズナコアプロモーター因子間の相関関係 (2007)
  • Author(s): 山本義治
  • Organizer: シロイヌナズナワークショップ
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2007-12-10
• [Presentation] Identification and characterization of promoters scattered in the Arabidopsis genome (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY
  • Organizer: 10th International Congress of Endocytobiology and Symbiosis
  • Place of Presentation: Gmunden, Austria
  • Year and Date: 2007-09-12
• [Presentation] 高密度転写開始点解析から明らかになったシロイヌナズナのコアプロモーター構造の多様性 (2007)
  • Author(s): 山本義治, 吉次友昭, 櫻井哲也, 関原明, 篠崎一雄, 小保方潤一
  • Organizer: 日本遺伝学会第79回大会
  • Place of Presentation: 岡山
• [Presentation] Effects of ion beam irradiation on mutation induction in Arabidopsis thaliana (2007)
  • Author(s): Kazama Y, Saito H, Hayashi Y, Ichida H, Ohbu S, Ryuto H, Fukunishi N, Abe T, Yamamoto YY.
  • Organizer: CYCLOTRONS 2007
  • Place of Presentation: Giardini Naxos, Italy
• [Presentation] ppdb : a plant promoter database for rice and Arabidopsis (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY, Oboakata J.
  • Organizer: 5th International Symposium on Rice Functional Genomics (ISRFG2007)
  • Place of Presentation: Tsukuba
• [Presentation] Identification and characterization of promoters scattered in the Arabidopsis genome (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY.
  • Organizer: 10th International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis
  • Place of Presentation: Gmunden, Austria
• [Presentation] ppdb, a plant promoter database for rice and Arabidopsis (2007)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J
  • Organizer: The 5th International Symposium of Rice Functional Genomics
  • Place of Presentation: Tsukuba
• [Book] Extraction of position-sensitive promoter constituents. In "Computational biology : new research", Russe AS (ed), Hauppauge, NY (2009)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J.
  • Publisher: Nova Science Publishers(印刷中)
• [Book] Extraction of position-sensitive promoter constituents. In "Computational biology : new research" (2009)
  • Author(s): Yamamoto YY, Obokata J.
  • Total Pages: 14
  • Publisher: Nova Science Publishers
• [Book] 「植物・藻類・細菌の材料の入手と栽培・培養 タバコ」低温科学vol 67「光合成研究法」 (2008)
  • Author(s): 山本義治、小保方潤一
• [Book] 「タバコ形質転換法 : 核ゲノム」低温科学vol 67「光合成研究法」617 (2008)
  • Author(s): 長尾一生、山本義治、小保方潤一
• [Book] 「光合成をするウミウシ」うみうし通信 (2008)
  • Author(s): 山本義治、種村尚典、遊佐陽一、平野弥生、平野義明、本村泰三、小保方潤一
  • Publisher: 財団法人水産無脊椎動物研究所
• [Book] 「盗葉緑体により光合成する嚢舌目ウミウシ」光合成研究 (2008)
  • Author(s): 山本義治
• [Book] 植物・藻類・細菌の材料の入手と栽培・培養 : タバコ」 低温科学vol 67「光合成研究法 (2008)
  • Author(s): 山本義治, 小保方潤一
  • Total Pages: 5
  • Publisher: 北海道大学低温科学研究所
• [Book] 植物・藻類・細菌の材料の入手と栽培・培養 : タバコ」 低温科学vol 67「光合成研究法 (2008)
  • Author(s): 長尾一生, 山本義治, 小保方潤一
  • Total Pages: 6
  • Publisher: 北海道大学低温科学研究所
• [Book] 「光合成をするウミウシ」 うみうし通信 (2008)
  • Author(s): 4. 山本義治, 種村尚典, 遊佐陽一, 平野弥生, 平野義明, 本村泰三, 小保方潤一
  • Total Pages: 2
  • Publisher: 財団法人水産無脊椎動物研究所
• [Book] 盗葉緑体により光合成する_舌目ウミウシ」 光合成研究 (2008)
  • Author(s): 山本義治
  • Total Pages: 4
  • Publisher: 日本光合成研究会
• [Book] Effects of ion beam irradiation on mutation induction in Arabidopsis thaliana. In : CYCLOTRONS 2007 (2007)
  • Author(s): Kazama Y, Saito H, Hayashi Y, Ichida H, Ohbu, S., Ryuto, H., Fukunishi N, Abe T, Yamamoto YY
• [Remarks] 研究成果データベースppdb : plant promoter database作成者 : 山本義治、小保方潤一
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
• [Remarks] 植物プロモーターデータベースppdb
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
• [Remarks]
  • URL: http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
• [Remarks]
  • URL: http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~obokata-g/yyy/yamHP.html