Computation of the free-energy landscape of a protein involving α and β secondary-structure elements
| Project/Area Number |
19570156
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Biophysics
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
HIGO Junichi Osaka University, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任研究員 (80265719)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2008: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2007: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
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| Keywords | フォールディング / 自由エネルギー地形 / マルチカノニカル / WWドメイン / ヒューマニン |
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| Research Abstract |
α/βの両方の二次構造を含む50残基のタンパク質Pina WW domain の自由エネルギー地形を求めるために、水をあらわに取り込んだ全原子タンパク質モデルでマルチカノニカル分子動力学計算を行った。天然構造から変性構造までを含む多様な立体構造集団を得て、自由エネルギー地形を求めた。シミュレーションは安価な小規模クラスターマシンを使用した。また、多数本のマルチカノニカルランを統合し、構造探索の効率を高める手法を開発した
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Report
(3 results)
Research Products
(35 results)
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[Book] 物性研究2008
Author(s)
肥後順一
Total Pages
4
Publisher
京都大学物性研究刊行会
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