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A new strategy for anthropological studies applying genomeinformation

Research Project

Project/Area Number 19570226
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Anthropology
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

OOTA Hiroki  The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教 (40401228)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) ODA Shoji  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 講師 (50266714)
KAWAMURA Shoji  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40282727)
Research Collaborator MATSUKUSA Hirotaka  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 修士課程(当時)
MATSUMOTO Yoshifumi  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 日本学術振興会特別研究員(当時)(現在 : 理化学研究所・脳科学研究センター)
NAKAGOME Shigeki  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 博士課程3年
KATSUMURA Takafumi  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 博士課程1年
KENNETH K. Kidd  Yale University, School of Medicine, Professor
Project Period (FY) 2007 – 2008
Project Status Completed (Fiscal Year 2008)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2007: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Keywords分子人類学 / ゲノム人類学 / 適応進化 / 多型 / 生体機能解析 / 多因子疾患 / ゲノム多様性 / SNP / HapMap / モデル生物 / 地域差 / メダカ
Research Abstract

ゲノム情報からヒトにおいて環境適応に関連してきた可能性のある多型が見つかる。これらについて(1)機能解析を行うための実験モデル生物としてメダカ(Oryzias latipes)が有望であることが明らかになった。また(2)ゲノム中で人類集団間での対立遺伝子(アレル)頻度が大きく異なることが知られていたアルコール脱水素酵素(ADH)遺伝子クラスターについて、全ヒト多様性のうち、東アジアにおいて正の自然淘汰の強い証拠が検出された。これらの成果はヒトゲノム多様性の進化的意義を知る上で有用な知見である。

Report

(3 results)
  • 2008 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (63 results)

All 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (44 results) Book (3 results) Remarks (5 results)

  • [Journal Article] a promising model animal forcomparative population genomics2009

    • Author(s)
      Y. Matsumoto, H. Oota, Y. Asaoka, H. Nishina, K. Watanabe, J. M. Bujnicki, S.Oda, S. Kawamura, H. Mitani Medaka
    • Journal Title

      BMC Research Notes 2

      Pages: 88-96

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  • [Journal Article] Origin and dispersal of atypical aldehyde dehydrogenase2009

    • Author(s)
      H. R. Luo, G. S. Wu, A. J. Pakstis, L. Tong, H. Oota, K. K. Kidd, Y. P. Zhang
    • Journal Title

      ALDH2487Lys Gene 435

      Pages: 96-103

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  • [Journal Article] Medaka:a promising model animal for comparative population genomics2009

    • Author(s)
      Y. Matsumoto#, H.Oota*#, Y. Asaoka, H. Nishina, K. Watanabe, J. M. Bujnicki, S. Oda, S. Kawamura, H. Mitani* (*:責任著者,#:同等貢献)
    • Journal Title

      BMC Research Notes (印刷中)

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  • [Journal Article] Genetic differentiation among local populations of medaka fish (Oryziaslatipes) evaluated through grid-and deme-based sampling2009

    • Author(s)
      T.Katsumura, S. Oda, S. Mano,N. Suguro, K. Watanabe, H. Mitani, H. Oota*, S. Kawamura
    • Journal Title

      Gene (印刷中)

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      H. R. Luo, G. S. Wu, A. J. Pakstis, L.Tong, H. Oota, K. K. Kidd, Y. P. Zhang*
    • Journal Title

      Gene 435

      Pages: 96-103

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      太田 博樹
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      Pages: 15-17

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    • Author(s)
      Y. Han, S. Gu, H. Oota, M. V. Osier, A. J. Pakstis, W. C. Speed, J. R. Kidd, K. K. Kidd
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      American Journal of Human Genetics 80

      Pages: 441-456

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      H. Oota, C. W. Dunn, W. C. Speed, A. J. Pakstis, M. A. Palmatier, J. R. Kidd, K. K. Kidd
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      Gene 392

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      H.Oota*, C.W.Dunn, W.C.Speed, A.J.Pakstis, M.A.Palmatier, J.R.Kidd, K.K.Kidd*(*は責任著者)
    • Journal Title

      Gene 392

      Pages: 64-76

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    • Author(s)
      太田 博樹
    • Journal Title

      人類学雑誌Anthropological Sciences (Japanese Series) 115

      Pages: 73-83

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      T. Katsumura, S. Oda, S. Mano, N. Suguro, K. Watanabe, H. Mitani, H. Oota, S. Kawamura
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      太田博樹
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      東京大学・大学院新領域創成科学研究科人類学関連学会協議会第3回交流会
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      柏
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      日本人類遺伝学会第53回大会(ポスター)
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      横浜
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      日本人類遺伝学会第53回大会
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      横浜
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      2008-09-29
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      勝村啓史、尾田正二、勝呂尚之、渡辺幸治、三谷啓志、太田博樹、河村正二
    • Organizer
      第14回小型魚類研究会(口頭)
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      岡崎
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      ○勝村啓史、尾田正二、勝呂尚之、渡辺幸治、三谷啓志、太田博樹、河村正二
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      第14回小型魚類研究会
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      岡崎
    • Year and Date
      2008-09-21
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      太田博樹
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      佐賀大学医学部分子生命科学セミナー
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      佐賀
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      勝村啓史、尾田正二、勝呂尚之、渡辺幸治、三谷啓志、太田博樹、河村正二
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      名古屋
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      日本遺伝学会第80回大会
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      名古屋
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      長崎
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      2008-04-24
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      太田博樹、松本圭史、仁科博史、浅岡洋一、渡辺幸治、尾田正二、河村正二、三谷啓志
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      日本分子生物学会(第30回)日本生化学会(第80回)合同大会(ポスター)
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      H. Oota, A. J. Pakstis, M. -Y. Lee, J. R. Kidd, K. K. Kidd
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      The American Society of Human Genetics, 57th Annual Meeting(Poster)
    • Place of Presentation
      San Diego, U.S.A
    • Year and Date
      2007-10-25
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      H. Oota, A.J.Pakstis, M.-Y. Lee, J.R.Kidd, K.K.Kidd
    • Organizer
      The American Society of Human Genetics, 57th Annual Meeting
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      San Diego, U.S.A.
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      2007-10-25
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      日本人類学会第61回大会(口頭)
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      新潟
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      2007-10-04
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      2007-09-15
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      太田博樹
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      霊長類ゲノムと脳・感覚研究の最前線
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      犬山
    • Year and Date
      2007-09-06
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  • [Presentation] 霊長類ゲノム種内種間比較の新展開2007

    • Author(s)
      太田博樹(招待講演)
    • Organizer
      京都大学霊長類研究所共同利用プログラムシンポジウム『霊長類ゲノムと脳・感覚研究の最前線』
    • Place of Presentation
      犬山
    • Year and Date
      2007-09-06
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  • [Presentation] Title : 高Fst値非同義置換をもつヒトの遺伝子はメダカ近縁種内でも多様か?2007

    • Author(s)
      太田博樹、松本圭史、渡辺幸治、尾田正二、河村正二、三谷啓志
    • Organizer
      日本進化学会第9回大会(口頭)
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2007-08-31
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  • [Presentation] 高Fst値非同義置換をもつヒトの遺伝子はメダ力近縁種内でも多様か?2007

    • Author(s)
      太田博樹、松本圭史、渡辺幸治、尾田正二、河村正二、三谷啓志
    • Organizer
      日本進化学会 第9回大会(口頭)
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2007-08-31
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  • [Presentation] Title : ゲノム科学における「ヒト」の位置日本霊長類学会第23 回大会人類学関連学会協議会合同シンポジウム2007

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      人間=ヒトの謎をめぐって
    • Place of Presentation
      彦根
    • Year and Date
      2007-07-16
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  • [Presentation] ゲノム科学における「ヒト」の位置2007

    • Author(s)
      太田博樹(招待講演)
    • Organizer
      日本霊長類学会 第23回大会 人類学関連学会協議会合同シンポジウム「人間=ヒトの謎をめぐって」
    • Place of Presentation
      彦根
    • Year and Date
      2007-07-16
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  • [Presentation] Title : Human genome diversity inEast/Southeast Asia 21st Pacific Science Congress.2007

    • Author(s)
      H. Oota
    • Organizer
      Diversityand Change : Challenges and opportunities for managing natural and social systems inAsia-Pacific
    • Place of Presentation
      Naha, Okinawa,Japan
    • Year and Date
      2007-06-14
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  • [Presentation] Human genome diversity in East/Southeast Asia2007

    • Author(s)
      Hiroki OOTA (Invited Speaker)
    • Organizer
      21st Pacific Science Congress. Diversity and Change: Challenges and opportunities for managing natural and social systems in Asia-Pacific
    • Place of Presentation
      Naha, Okinawa, Japan
    • Year and Date
      2007-06-14
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  • [Presentation] Title : Anthropological view ofpersonarized medicine- How to use genomediversity data?2007

    • Author(s)
      H. Oota
    • Organizer
      IBC' s 2nd Annual InternationalConference and Exhibition. Drug Discoveryand Development Partnering, Licensing and R&D Innovation Summit. Focus Session : Pharmacogenomics and Personalized Medicine
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2007-04-27
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  • [Presentation] Anthropological view of personarized medicine-How to use genome diversity data?2007

    • Author(s)
      Hiroki OOTA (Invited Speaker)
    • Organizer
      IBC's 2nd Annual International Conference and Exhibition. Drug Discovery and Development Partnering, Licensing and R&D Innovation Summit. Focus Session: Pharmacogenomics and Personalized Medicine
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2007-04-27
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  • [Presentation] Title : 自然人類学的視点-ゲノム医学・創薬に生かすには?2007

    • Author(s)
      太田博樹
    • Organizer
      第一製薬株式会社研究開発本部 創薬研究室主催セミナー
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-01-25
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  • [Book] ゲノムが語るメダカとヒトの多様性総研大ジャーナル『メダカの科学』(No. 13)2008

    • Author(s)
      太田博樹
    • Publisher
      メダカ研究の最前線
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  • [Book] 霊長類-ヒト進化速度のパラドクス : "パラドクス"についてのイントロダクション生物の科学 遺伝進化でどこまでわかるか?(NTS)(別冊No.20)2008

    • Author(s)
      太田博樹
    • Publisher
      日本進化学会2006年大会特集
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  • [Book] ゲノム科学と人類学-世界の動向と今後の展望-/Genome Sciences and Anthropology. (with English abstract)Anthropological Sciences (JapaneseSeries)(第115 巻)2007

    • Author(s)
      太田博樹
    • Publisher
      人類学雑誌
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  • [Remarks]

    • URL

      http://www.jinrui.ib.k.u-tokyo.ac.jp/oota/index.html

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      http://www.jinrui.ib.k.u-tokyo.ac.jp/kawamura-home.html

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    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/index.html

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    • URL

      http://www.jinrui.ib.k.u-tokyo.ac.jp/oota/index.html

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  • [Remarks]

    • URL

      http://www.jinrui.ib.k.u-tokyo.ac.jp/oota/index.html

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Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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