Comprehensive analysis of gene expression in malignant mesothelioma using Affymetrix GeneChip array

• Project/Area Number: 19590350
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Human pathology
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: AMATYA Vishwaj Hiroshima University, 大学院・医歯薬学総合研究科, 助教 (90403625)
• Project Period (FY): 2007 – 2008
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2008)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2008: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000); Fiscal Year 2007: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
• Keywords: 中皮腫 / 遺伝子発現 / GeneChip / マイクロアレイ / Genechip / メチル化

Research Abstract

凍結材料を用いた研究では、中皮腫と肺腺癌の間で統計学的有意差を持って発現異常のみられる遺伝子のクラスター化を行い、中皮腫では肺腺癌と比較して、231遺伝子の過剰発現、64遺伝子の発現低下が見られた。
FFPE材料を用いた研究では、中皮腫と非腫瘍肺組織の間で統計学的に有意差をもって発現異常の見られる遺伝子のクラスター化を行い、中皮腫では266遺伝子の過剰発現と948遺伝子の発現低下があることが判明した。過剰発現のある遺伝子には、Calbindin2(Calretinin)、Keratin5、PDGF、Ki-67などが含まれ、ホルマリン固定パラフィン包埋材料からでも十分に遺伝子異常の有無を検討できることがわかった。これらの遺伝子の中でReal Time定量RT-PCR法にて、NDRG-1、RARRES-1及びHAS-1遺伝子のmRNAの発現が非腫瘍肺組織と比べ中皮腫には過剰であることが判明した。また、Wnt-signal経路に関する遺伝子では、WIF1、MMP7、β-cateninなどの発現低下とCaM kinase、Nemo-like Kinaseなどの過剰発現を認めた。メチル化及び非メチル化特異的プライマーを用いたMethylation Specific PCRでは、中皮腫の76%と非腫瘍性肺組織の32%にはWIF-1プロモーター領域のメチル化を認め、WIF-1の発現減少はメチル化によるものと考えた。

Research Products

• [Journal Article] Caveolin-1 is a novel immunohistochemical marker to differentiate epithelioid mesothelioma from lung adenocarcinoma (2009)
  • Author(s): Amatya VJ, Takeshima Y, Kohno H, Kushitani K, Yamada T, Chikao Morimoto C, Inai K.
  • Journal Title: Histopathology (In Press)
• [Journal Article] Value of immunohistochemistry in the Differential Diagnosis of Pleural Sarcomatoid Mesothelioma from Lung Sarcomatoid Carcinoma (2009)
  • Author(s): Takeshima Y, Amatya VJ, Kushitani K, Kaneko M, Inai K.
  • Journal Title: Histopathology 54 Pages: 667-676
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 中皮腫発生に関わるエピジェネティクス (2009)
  • Author(s): 河野秀和、Amatya VJ、武島幸男、井内康輝
  • Journal Title: MOOK「肺癌の臨床2008~2009」 Pages: 353-360
• [Journal Article] 中皮腫発生に関わるエピジェネティクス (2008)
  • Author(s): 河野秀和
  • Journal Title: MOOK肺癌の臨床2008〜2009 5 Pages: 342-352
• [Journal Article] 中皮腫の遺伝子異常-マイクロアレイを用いた網羅的解析 (2007)
  • Author(s): Amatya VJ、武島幸男、井内康輝
  • Journal Title: MOOK「肺癌の臨床2007~2008」 Pages: 281-291
• [Journal Article] Caveolin-1 is a novel immunohistochemical marker to differentiate epithelioid mesothelioma from lung adenocarcinoma
  • Author(s): AMATYA VISHWA J
  • Journal Title: Histopathology (In press)
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Caveolin-1, a novel marker, differentiated epithelioid mesothelioma from lung adenocarcinoma (2008)
  • Author(s): Vishwa Jeet Amatya、武島幸男、櫛谷桂、河野秀和、井内康輝
  • Organizer: 第49回日本肺癌学会総会演説
  • Place of Presentation: 北九州市
• [Presentation] Caveolin-1 is a novel immunohistochemical marker of malignant mesothelioma and differentiated epithelioid mesothelioma from lung adenocarcinoma (2008)
  • Author(s): Amatya VJ, Takeshima Y, Kohno H, Kushitani K, Yamada T, Morimoto C and Inai K
  • Organizer: The 9th International Conference of the International Mesothelioma Interest Group Congress
  • Place of Presentation: Amsterdam, Netherlands
• [Presentation] Caveolin-1 (CAV1) is novel marker of epithelioid mesothelioma (EM) for differentiating it from lung adenocarcinoma (LAC) (2008)
  • Author(s): Vishwa Jeet Amatya、河野秀和、櫛谷桂、武島幸男、井内康輝
  • Organizer: 第47回日本肺癌学会中国・四国支部会演説
  • Place of Presentation: 高知市
• [Presentation] CD26 and Caveolin-1 expression in malignant mesothelioma and lung adenocarcinoma (2008)
  • Author(s): Vishwa Jeet Amatya、武島幸男、櫛谷桂、河野秀和、金龍男、井内康輝
  • Organizer: 第97回日本病理学会総会示説
  • Place of Presentation: 金沢市
• [Presentation] Gene expression analysis of malignant mesothelioma using FFPE samples (2007)
  • Author(s): Vishwa Jeet Amatya、武島幸男、櫛谷桂、河野秀和、井内康輝
  • Organizer: 第48回日本肺癌学会総会示説
  • Place of Presentation: 名古屋市
• [Presentation] Gene expression analysis of malignant mesothelioma (FFPE samples) using gene chip X3P array (2007)
  • Author(s): Vishwa Jeet Amatya、武島幸男、櫛谷桂、河野秀和、井内康輝
  • Organizer: 第96回日本病理学会総会示説
  • Place of Presentation: 大阪市
• [Presentation] Gene Expression Analysis of malignant mesothelioma using FFPE samples (2007)
  • Author(s): AMATYA Vishwa J
  • Organizer: 第48回日本肺癌学会総会
  • Place of Presentation: 名古屋