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非修飾RNAをプローブとした遺伝子配列センシングと細胞間相違解析への展開

Research Project

Project/Area Number 19655063
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Chemistry related to living body
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

山東 信介  Kyoto University, 工学研究科, 助教 (20346084)

Project Period (FY) 2007 – 2008
Project Status Completed (Fiscal Year 2008)
Budget Amount *help
¥3,200,000 (Direct Cost: ¥3,200,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
Keywords生細胞内遺伝子診断 / RNA / 核酸 / 蛋白質 / 大腸菌
Research Abstract

従来の修飾人工核酸を用いるアプローチとは一線を画し、「非修飾RNAを利用した新しい診断・検出系の構築」を目指し、下記2テーマに関する実験を実施した。(目的1:原核細胞適合型プローブ:非修飾RNA(MB-mRNA)を用いた細胞適合型遺伝子診断。検出系の構築)ゲノム・プラスミドから直接転写可能な天然型RNAをプローブとするモレキュラービーコン(MB)-RNA最適化に向け、大腸菌を用いたin vivoセレクションを実施してきた。一方、本システムはリボソーム結合サイトへのアクセシビリティーを利用しており原核システムにのみ適応可能であった。そこで、上記に加え、真核システムにも同コンセプトを拡張した新しいMB-RNAの構築と実証を行った。具体的には細胞内機能であるRNAiに着目したプローブ設計を実施した。(目的2:RNA特定配列結合型蛍光性小分子の設計ストラテジー)昨年度までに、第一世代であるHoechst形色素を用いた蛍光RNAアプタマーの創製、及び、結合解析に成功している。本年度は、得られた修飾Hoechst-RNAアプタマーペアを用いたmRNA検出系への応用展開を実施するとともに、細胞内応用に向けた種々の条件検討を実施した。また、蛍光強度だけでなく、Hoechst-RNA結合時における蛍光寿命変化にも着目した研究を展開した。本結果をもとに、より長波長域で駆動する蛍光色素をクロモフォアとする光る核酸材料創製に向けた研究にも着手した。

Report

(2 results)
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2009 2008 2007

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Transcription Monitoring Using Fused RNA with a Dye-Binding Light-Up Aptamer as a Tag : A Blue Fluorescent2008

    • Author(s)
      Shinsuke Sando, Atsushi Narita, Masayoshi Hayami, Yasuhiro
    • Journal Title

      Chem. Commun

      Pages: 3858-3860

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-Up Hoechst-DNA Aptamer Pair: Generation of an Aptamer-Selective Fluorophore from a Conventional DNA-Staining Dye2007

    • Author(s)
      Shinsuke Sando, Atsushi Narita, Yasuhiro Aoyama
    • Journal Title

      ChemBioChem 8

      Pages: 1795-1803

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] In-Cell Organic Chemistry : Chemical Tools for In Cell Analysis of Nucleic Acids2009

    • Author(s)
      Shinsuke Sando, Yasuhiro Aoyama
    • Organizer
      Asian International Symposium, division of organic chemistry
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      2009-03-29
    • Related Report
      2008 Annual Research Report
  • [Presentation] 合理的設計に基づく核酸機能の拡張と生命化学への展開2008

    • Author(s)
      山東信介
    • Organizer
      日本化学会第88春季年会(2008)
    • Place of Presentation
      立教大学
    • Year and Date
      2008-03-27
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞間相違解析を目指した核酸動的イメージング分子素子の開発2008

    • Author(s)
      山東信介
    • Organizer
      第5回ライフサーベイヤシンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2008-01-31
    • Related Report
      2007 Annual Research Report
  • [Presentation] Sensing of Nucleic Acid Sequences Using Unmodified Nucleic Acid as a Probe2007

    • Author(s)
      山東信介
    • Organizer
      The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • Place of Presentation
      早稲田大学
    • Year and Date
      2007-09-06
    • Related Report
      2007 Annual Research Report

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Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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