転写開始点の超高速決定法の開発と植物ゲノム研究への応用
| Project/Area Number |
19657016
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
植物生理・分子
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
小保方 潤一 Nagoya University, 遺伝子実験施設, 招へい教員 (50185667)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2008
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
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| Budget Amount *help |
¥3,600,000 (Direct Cost: ¥3,600,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,900,000 (Direct Cost: ¥1,900,000)
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| Keywords | 転写開始点 / 植物ゲノム / プロモーター / トランスクリプトーム / MPSS法 |
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| Research Abstract |
初年度に開発・実施したCT-MPSS法によって、シロイヌナズナの転写開始点タグ配列を38万ほど決定した。本年度は、それらの配列情報を用いて、植物の転写開始点に関する情報生物学的解析を進めたところ、以下のような研究成果が得られた。
(1)高等植物のコアプロモーター領域では、ヒトやマウスのコアプロモーターにはみられない配列要素やコンテキストが使われている。
(2)植物のプロモーターは、転写開始点がブロードに広がるタイプと、数塩基に集中するタイプに大きく分けられた。
(3)このうち、TATAボックスを持つ遺伝子は、一般に、発現量が大きく、また、転写開始点の収斂度が高かった。
(4)転写開始点は一般にプリンとピリミジンの境界に出現するが、発現量の多い遺伝子では、その周辺にさらに特徴があり、所謂イニシエーター(Inr)のコンセンサス配列により近づく傾向が見られた。
(5)遺伝子の発現量と、TATAボックスの存在、Inr類縁配列のコンセンサス配列への収斂度、の3者には正の相関がみられた。
(6)一方、ブロード型のプロモーターはTATAボックスやInrの代わりに、GA因子をもつ傾向があった。
(7)植物のブロード型プロモーターには、動物のブロード型プロモーターにみられるようなCpGモチーフがみられなかった。従って、植物では、動物のCpGモチーフが果たしている役割を、GA因子が代わりに果たしているのかもしれない。
(8)TATAボックス型プロモーターは、環境応答系の遺伝子に比較的多い傾向があった。
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Report
(2 results)
Research Products
(25 results)
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[Journal Article] Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches.2009
Author(s)
Takabayashi, A., Ishikawa, N., Obayashi, T., Ishida, S., Obokata, J, Endo, T., Sato, F.
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Journal Title
Plant J 57
Pages: 207-219
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Heterogeneity of Arabidopsis core promoters revealed by high density TSS analysis.2009
Author(s)
Yamamoto, YY., Yoshitsugu, T., Sakurai, T., Seki, M., Shinozaki, K., Obokata, J.
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Journal Title
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Two RNA editing sites with cis-acting elements of moderate sequence identity are recognized by an identical site-recognition protein in tobacco chloroplasts.2008
Author(s)
Kobayashi, Y., Matsuo, M., Sakamoto, K., Wakasugi, T., Yamdada, K., Obokata, J.
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Journal Title
Nucleic Acids Res 36
Pages: 311-318
Related Report
Peer Reviewed
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