RNAタグ法を用いたsmallRNAとRNA結合蛋白の分離法の開発
| Project/Area Number |
19657043
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Functional biochemistry
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
三戸部 治郎 National Institute of Infectious Diseases, 細菌第一部, 主任研究官 (40333364)
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| Project Period (FY) |
2007
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2007)
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| Budget Amount *help |
¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,000,000 (Direct Cost: ¥1,000,000)
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| Keywords | RNA / クロスリンク / 赤痢菌 / 転写後調節 |
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| Research Abstract |
モデルケースとして、当研究部門で解析中の、温度により発現が転写後制御される、赤痢菌の病原性プラスミド上の制御因子invE遺伝子の5'-non coding regionにboxB配列を導入した。この1コピーのboxB配列がinvEの発現制御に影響しないことを確認した後、InvE蛋白が転写後調節で抑制される30℃で培養し培養液にフォルマリンを終濃度1%に加えることで、タグの付加されたinvE-mRNAとその結合蛋白Hfqならびに未知の調節RNA分子クロスリンクさせた。この細胞抽出液にタグ配列に特異的に結合するビオチン付加λNペプチドを作用させ、目的とするRNA複合体をストレプトアビジン磁気ビーズで精製した。得られた複合体は70℃の熱処理で、クロスリンクによる共有結合を可逆的に外し、プロテアーゼKで処理して得られたsRNAをポリA化し、オリゴdTプライマーを用いてcDNAを合成し、pGEM-Tベクターにクローニングし、シーケンスを行った。
多数シーケンスした結果、残念ながら全て16S並びに23Sリボゾームの断片配列が得られ、その理由として、機能的にリボゾームが結合した時点で翻訳が中断しているか、λNペプチドの認識する配列が甘いため、細胞内に多量に存在するリボゾームを非特異的に結合してしまう可能性が示唆された。後者の可能性を否定するため、染色体上のRNA結合蛋白Hfqにヒスチジンタグを付加し、フォルマリン処理後、Ni-NTAビーズでRNA-Hfq複合体を精製した後、λNペプチドで再抽出する系を作製し、解析中である。副次的ながらこの系を用いて、Hfqがin vivoでinvE-mRNAに結合していることを証明することが出来た。当初計画された、大腸菌の既知のmRNA-sRNAペアである鉄結合蛋白のsodB-mRNAに関しては上記理由から、invEの系で良好な結果が得られた場合に追試することとした。
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Report
(1 results)
Research Products
(6 results)
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[Journal Article] Molecular Characterization of Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 Isolates Dispersed across Japan by Pulsed-Field Gel Electrophoresis and Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis.2008
Author(s)
Pei Y., Terajima J., Saito Y., Suzuki R., Takai N., Izumiya H., Morita-Ishihara T., Ohnishi M., Miura M., Iyoda S., Mitobe J., Wang B., Watanabe H.
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Journal Title
Japanese Journal of Infectious Diseases 61
Pages: 58-64
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Peer Reviewed
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