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新規核内RNAノックダウン法の確立

Research Project

Project/Area Number 19657054
Research Category

Grant-in-Aid for Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Molecular biology
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

廣瀬 哲郎  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (30273220)

Project Period (FY) 2007 – 2009
Project Status Completed (Fiscal Year 2008)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Keywords遺伝子発現制御 / RNA / ゲノム機能 / 分子生物学 / 遺伝子発現 / ノックダウン解析 / 細胞核 / non-coding RNA / 細胞周期
Research Abstract

前年度に引き続きヒトの培養細胞に合成キメラオリゴヌクレオチドを導入することによって、核内RNAを特異的にノックダウンする実験系の条件至適化などを行った。ノックダウン用のアンチセンス・キメラオリゴヌクレオチドの標的特異性を実験的に証明するために、標的とのミスマッチを1塩基ずつ増やしたオリゴヌクレオチドを用いてノックダウン効率を測定したところ、非常に特異性が高く標的RNAを認識し分解できることが示された。ノックダウンを標的核内ノンコーディングRNAに対して引き続き試行し、新たに10種類以上の新しいncRNA種のノックダウンに成功した。一方で、マイナースプライセオソームを構成するU11,U12,U4atac,U6atacは、ノックダウンの効率が著しく低い事も同時に明らかになった。これらのsnRNPは非常にコンパクトなRNA-タンパク質複合体であるので、結合蛋白質によってアンチセンスオリゴヌクレオチドの結合が阻害された可能性が高い。この他にノックダウン効果による細胞表現型の変化をU7 snRNAと核内構造体に局在するMENαとMENε/βについて解析した。その結果U7 snRNAのノックダウンでは、昨年度報告した異常なヒストンmRNAの蓄積と細胞周期の遅延、さらに新たにS期外でのヒストンmRNAの異常な蓄積が観察された。MENαのA549細胞でのノックダウンでは、近傍のMENε/βncRNAの蓄積量が減少することが示された。MENε/βのノックダウンでは、このRNAの局在場部位である構造体が消失することが明らかになった。こうして2年間に渡る解析によって、アンチセンスキメラオリゴヌクレオチドによる核内ノックダウンの実験系は、その効率、特異性、更に引き起こされる効果の確実性などにおいて解析系として有用である事が示された(論文をminor revision中)。

Report

(2 results)
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (37 results)

All 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (21 results)

  • [Journal Article] MENε/β noncoding RNAs are strucutural integrator of the nuclear body, paraspeckle2009

    • Author(s)
      佐々木保典, ら
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      Proceedings of National Academy of Science USA 106

      Pages: 2525-2530

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    • Author(s)
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      RNA実験ノート上(試験管内スプライシング反応)

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      佐々木保典, ら
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      佐々木 保典
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      Biophysica Biochemica Research Communication 357

      Pages: 724-730

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      野島 孝之
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      Journal of Biological Chemistry 282

      Pages: 15645-15651

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      福村 和宏
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      Nucleic Acids Research 35

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      廣瀬 哲郎
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      Pages: 41-44

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      日野公洋, ら
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      遺伝子医学MOOK15号 (印刷中)

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      廣瀬哲郎
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      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
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      2008-12-10
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      廣瀬哲郎
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      第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会大会合同大会
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      2008-12-09
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  • [Presentation] 哺乳類 non-coding RNAの細胞内動態と機能2008

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      廣瀬哲郎
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      千里ライフサイエンスセミナーシリーズ「機能的 non-coding RNA-古典的なセントラルドグマへの挑戦」
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      大阪
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      2008-10-16
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  • [Presentation] Identification of a non-coding RNA as a structural integrator of the nuclear body, Paraspeckle2008

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      The 2008 CSHL meeting on Dynamic Organizaion of Nuclear Function
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      Cold Spring Harbor
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      2008-09-28
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  • [Presentation] Interaction between RNA-binding proteins with MENε/β non-coding RNA establishes the integrity of the nuclear body, paraspeckle2008

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      佐々木保典, ら
    • Organizer
      RNA2008, 13th Annual meeting of the RNA soicty
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      Berlin
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  • [Presentation] Expression and intracellular localization of complicatedly spliced thymus-specific non-coding RNA, Thy-ncl2008

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      青木一真, ら
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      RNA2008, 13th Annual meeting of the RNA society
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      Berlin
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      2008-07-30
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  • [Presentation] U7 snRNAはS期以外でのヒストン遺伝子発現を負に制御する2008

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      佐々木保典, ら
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      第10回日本RNA学会年会
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      札幌
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      2008-07-23
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      井手上 賢
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      2007-12-11
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  • [Presentation] 胸腺特異的ノンコーディングRNA Thy-nc1の性状解析2007

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      横浜
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  • [Presentation] 新しいRNA解析系によるオーファンsnoRNA標的遺伝子の探索2007

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      RNA研究若手の会2007
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      2007-09-11
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  • [Presentation] 胸腺特異的な新規non-coding様RNA Thy-nclの解析2007

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      RNA研究若手の会2007
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      2007-07-29
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    • Author(s)
      佐々木 保典
    • Organizer
      日本RNA学会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2007-07-29
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  • [Presentation] Expression Profile and intracellular localization of putative non-coding RNAs in human cells2007

    • Author(s)
      廣瀬 哲郎
    • Organizer
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      Madison, USA
    • Year and Date
      2007-05-30
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  • [Presentation] Identification and characterization of human non-coding RNAs with tissue specific expression2007

    • Author(s)
      佐々木 保典
    • Organizer
      The 7th MBSJ spring symposium
    • Place of Presentation
      淡路島
    • Year and Date
      2007-04-23
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Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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